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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5949 | |||||||||
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タイトル | Structural Studies on the Authentic Mumps Virus Nucleocapsid Showing Uncoiling by the Phosphoprotein | |||||||||
マップデータ | Mumps virus nucleocapsid in complex with the mumps virus phosphoprotein C-terminal nucleocapsid binding domain | |||||||||
試料 |
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キーワード | mumps phosphoprotein nucleocapsid virus replication | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mumps virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cox R / Pickar A / Qiu S / Tsao J / Rodenburg CM / Dokland T / Elson A / He B / Luo M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014 タイトル: Structural studies on the authentic mumps virus nucleocapsid showing uncoiling by the phosphoprotein. 著者: Robert Cox / Adrian Pickar / Shihong Qiu / Jun Tsao / Cynthia Rodenburg / Terje Dokland / Andrew Elson / Biao He / Ming Luo / 要旨: Mumps virus (MuV) is a highly contagious pathogen, and despite extensive vaccination campaigns, outbreaks continue to occur worldwide. The virus has a negative-sense, single-stranded RNA genome that ...Mumps virus (MuV) is a highly contagious pathogen, and despite extensive vaccination campaigns, outbreaks continue to occur worldwide. The virus has a negative-sense, single-stranded RNA genome that is encapsidated by the nucleocapsid protein (N) to form the nucleocapsid (NC). NC serves as the template for both transcription and replication. In this paper we solved an 18-Å-resolution structure of the authentic MuV NC using cryo-electron microscopy. We also observed the effects of phosphoprotein (P) binding on the MuV NC structure. The N-terminal domain of P (PNTD) has been shown to bind NC and appeared to induce uncoiling of the helical NC. Additionally, we solved a 25-Å-resolution structure of the authentic MuV NC bound with the C-terminal domain of P (PCTD). The location of the encapsidated viral genomic RNA was defined by modeling crystal structures of homologous negative strand RNA virus Ns in NC. Both the N-terminal and C-terminal domains of MuV P bind NC to participate in access to the genomic RNA by the viral RNA-dependent-RNA polymerase. These results provide critical insights on the structure-function of the MuV NC and the structural alterations that occur through its interactions with P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5949.map.gz | 26.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5949-v30.xml emd-5949.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5949.gif 80_5949.gif | 41.4 KB 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5949 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5949 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mumps virus nucleocapsid in complex with the mumps virus phosphoprotein C-terminal nucleocapsid binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mumps virus nucleocapsid in complex with the C-terminal nucleocap...
全体 | 名称: Mumps virus nucleocapsid in complex with the C-terminal nucleocapsid binding domain of the mumps virus phosphoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mumps virus nucleocapsid in complex with the C-terminal nucleocap...
超分子 | 名称: Mumps virus nucleocapsid in complex with the C-terminal nucleocapsid binding domain of the mumps virus phosphoprotein タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Mumps virus
超分子 | 名称: Mumps virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11161 / 生物種: Mumps virus / Sci species strain: Iowa / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
Host system | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: Vero |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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詳細 | Low-dose imaging |
日付 | 2013年4月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | IHRSR using SPARX/EMAN2 package |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.32 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 28.1 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX |