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- EMDB-5944: Pyruvate Carboxylase tetramer in symmetric architecture -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5944
タイトルPyruvate Carboxylase tetramer in symmetric architecture
マップデータThree-dimensional map of Pyruvate Carboxylase tetramer in the symmetric architecture after sorting of catalytically active population.
試料
  • 試料: Pyruvate Carboxylase
  • タンパク質・ペプチド: pyruvate carboxylate
キーワードenzyme / tetrameric / biotin carboxylase
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Lasso G / Yu LPC / Gil D / Lazaro M / Tong L / Valle M
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Functional conformations for pyruvate carboxylase during catalysis explored by cryoelectron microscopy.
著者: Gorka Lasso / Linda P C Yu / David Gil / Melisa Lázaro / Liang Tong / Mikel Valle /
要旨: The tetrameric enzyme pyruvate carboxylase (PC), a biotin-dependent carboxylase, produces oxaloacetate by two consecutive reactions that take place in distant active sites. Previous crystal ...The tetrameric enzyme pyruvate carboxylase (PC), a biotin-dependent carboxylase, produces oxaloacetate by two consecutive reactions that take place in distant active sites. Previous crystal structures revealed two different configurations for PC tetramers, the so-called symmetric and asymmetric, which were understood as characteristic molecular architectures for PC from different organisms. We have analyzed PC samples from Staphylococcus aureus while the enzyme generates oxaloacetate, expecting PC tetramers to display the conformational landscape relevant for its functioning. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM) and sorting techniques, we detect previously defined symmetric and asymmetric architectures, demonstrating that PC maps both arrangements by large conformational changes. Furthermore, we observe that each configuration is coupled to one of the two consecutive enzymatic reactions. The findings describe the structural transitions relevant for the allosteric control of the multifunctional PC and demonstrate that by cryo-EM and classification, we can characterize freely working macromolecules.
履歴
登録2014年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月14日-
マップ公開2014年8月27日-
更新2014年8月27日-
現状2014年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5944.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three-dimensional map of Pyruvate Carboxylase tetramer in the symmetric architecture after sorting of catalytically active population.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å		1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å		1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.000573 - 0.01577
平均 (標準偏差)0.00026511 (±0.00140827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 332.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z190190190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.500332.500332.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS190190190
D min/max/mean-0.0010.0160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyruvate Carboxylase

全体名称: Pyruvate Carboxylase
要素
  • 試料: Pyruvate Carboxylase
  • タンパク質・ペプチド: pyruvate carboxylate

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超分子 #1000: Pyruvate Carboxylase

超分子名称: Pyruvate Carboxylase / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homotetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 520 KDa

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分子 #1: pyruvate carboxylate

分子名称: pyruvate carboxylate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 520 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 Star (DE3) / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 16.6 mM Tris-HCl, 1.7 mM acetyl-CoA, 15.7 mM pyruvate, 4.1 mM MgCl2, 1.7 mM DTT, 166.6 mM NaCl, 8.3 mM KHCO3, 1.66 mM ATP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega in-column
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Volume correction in defocus groups
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, Spider / 使用した粒子像数: 14080

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3bg5

ソフトウェア名称: MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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