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万見
- EMDB-5919: Negative stain reconstruction of PGT151 Fab in complex with JR-FL... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5919
タイトルNegative stain reconstruction of PGT151 Fab in complex with JR-FL Env with transmembrane region
マップデータPGT151 Fab in complex with JR-FL Env dCT trimer
試料
  • 試料: Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved JR-FL trimer containing the transmembrane region
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: PGT151 Antibody Fab fragment
キーワードHIV-1 envelope glycoprotein trimer / broadly neutralizing antibody / PGT151
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Lee JH / Blattner C / Wilson IA / Ward AB
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2014
タイトル: Structural delineation of a quaternary, cleavage-dependent epitope at the gp41-gp120 interface on intact HIV-1 Env trimers.
著者: Claudia Blattner / Jeong Hyun Lee / Kwinten Sliepen / Ronald Derking / Emilia Falkowska / Alba Torrents de la Peña / Albert Cupo / Jean-Philippe Julien / Marit van Gils / Peter S Lee / ...著者: Claudia Blattner / Jeong Hyun Lee / Kwinten Sliepen / Ronald Derking / Emilia Falkowska / Alba Torrents de la Peña / Albert Cupo / Jean-Philippe Julien / Marit van Gils / Peter S Lee / Wenjie Peng / James C Paulson / Pascal Poignard / Dennis R Burton / John P Moore / Rogier W Sanders / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: All previously characterized broadly neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) target one of four major sites of vulnerability. Here, we define and structurally characterize a ...All previously characterized broadly neutralizing antibodies to the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) target one of four major sites of vulnerability. Here, we define and structurally characterize a unique epitope on Env that is recognized by a recently discovered family of human monoclonal antibodies (PGT151-PGT158). The PGT151 epitope is comprised of residues and glycans at the interface of gp41 and gp120 within a single protomer and glycans from both subunits of a second protomer and represents a neutralizing epitope that is dependent on both gp120 and gp41. Because PGT151 binds only to properly formed, cleaved trimers, this distinctive property, and its ability to stabilize Env trimers, has enabled the successful purification of mature, cleaved Env trimers from the cell surface as a complex with PGT151. Here we compare the structural and functional properties of membrane-extracted Env trimers from several clades with those of the soluble, cleaved SOSIP gp140 trimer.
履歴
登録2014年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月16日-
マップ公開2014年5月7日-
更新2014年5月28日-
現状2014年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5919.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PGT151 Fab in complex with JR-FL Env dCT trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.69 / ムービー #1: 2.69
最小 - 最大-4.3637991 - 9.73895836
平均 (標準偏差)0.00000001 (±0.65317774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-37-37-37
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-37-37-37
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.3649.7390.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved...

全体名称: Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved JR-FL trimer containing the transmembrane region
要素
  • 試料: Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved JR-FL trimer containing the transmembrane region
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: PGT151 Antibody Fab fragment

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超分子 #1000: Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved...

超分子名称: Fab fragment of HIV-1 Env antibody PGT151 in complex with cleaved JR-FL trimer containing the transmembrane region
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 2 Fabs bind one Env Trimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 535 KDa

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分子 #1: HIV-1 Envelope glycoprotein

分子名称: HIV-1 Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env
詳細: The cleaved JR-FL trimer was selectively isolated using PGT151. The trimer contains E168K mutation for PG9 binding, and the transmembrane domain. It does not include the cytoplasmic domain.
コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: JR-FL / 別称: HIV-1
分子量理論値: 435 MDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: phCMVIII

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分子 #2: PGT151 Antibody Fab fragment

分子名称: PGT151 Antibody Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PGT151 Fab / 詳細: Heavy chain-light chain dimer Fab fragment / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: B-cell
分子量理論値: 49.5 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.1% DDM
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Sample diluted to <0.001% DDM, immediately applied to grid briefly, then stained for 30-45 seconds with 2% uranyl formate.
グリッド詳細: plasma-cleaned carbon coated 400 mesh grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 293 K / 最高: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism corrected at 100,000 times magnification
詳細Data collected in 5 degree increments
日付2012年9月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 460 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: not corrected
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, EMAN, Sparx
詳細: Reference free 2D class averages generated using XMIPP and Sparx to sort particles. RCT model used as initial model and projection matching carried out in EMAN.
使用した粒子像数: 10568

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j5m


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: E / Chain - #3 - Chain ID: F / Chain - #4 - Chain ID: I / Chain - #5 - Chain ID: J
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The PGV04 Fabs in the structure were removed prior to fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4nug


Chain - #0 - Chain ID: H / Chain - #1 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Two Fabs were fit independently of each other into the EM reconstruction.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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