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万見
- EMDB-5913: Cryo-electron tomography map of Leptospira interrogans flagellar ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5913
タイトルCryo-electron tomography map of Leptospira interrogans flagellar motor with 16-fold symmetry imposed
マップデータReconstruction of Leptospira interrogans flagellar motor with 16-fold symmetry imposed
試料
  • 試料: Flagellar motor of Leptospira interrogans
  • 細胞器官・細胞要素: FliY
キーワードflagellar motor / C ring / stator / Leptospira interrogans
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Zhao XW / Norris SJ / Liu J
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2012
タイトル: Three-dimensional structures of pathogenic and saprophytic Leptospira species revealed by cryo-electron tomography.
著者: Gianmarco Raddi / Dustin R Morado / Jie Yan / David A Haake / X Frank Yang / Jun Liu /
要旨: Leptospira interrogans is the primary causative agent of the most widespread zoonotic disease, leptospirosis. An in-depth structural characterization of L. interrogans is needed to understand its ...Leptospira interrogans is the primary causative agent of the most widespread zoonotic disease, leptospirosis. An in-depth structural characterization of L. interrogans is needed to understand its biology and pathogenesis. In this study, cryo-electron tomography (cryo-ET) was used to compare pathogenic and saprophytic species and examine the unique morphological features of this group of bacteria. Specifically, our study revealed a structural difference between the cell envelopes of L. interrogans and Leptospira biflexa involving variations in the lipopolysaccharide (LPS) layer. Through cryo-ET and subvolume averaging, we determined the first three-dimensional (3-D) structure of the flagellar motor of leptospira, with novel features in the flagellar C ring, export apparatus, and stator. Together with direct visualization of chemoreceptor arrays, DNA packing, periplasmic filaments, spherical cytoplasmic bodies, and a unique "cap" at the cell end, this report provides structural insights into these fascinating Leptospira species.
履歴
登録2014年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年4月16日-
更新2014年9月24日-
現状2014年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5913.jpeg

emd_5913.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Leptospira interrogans flagellar motor with 16-fold symmetry imposed
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.46920273 - 0.61992759
平均 (標準偏差)0.00536385 (±0.03701058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1824.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1824.0001824.0001824.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.4690.6200.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar motor of Leptospira interrogans

全体名称: Flagellar motor of Leptospira interrogans
要素
  • 試料: Flagellar motor of Leptospira interrogans
  • 細胞器官・細胞要素: FliY

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超分子 #1000: Flagellar motor of Leptospira interrogans

超分子名称: Flagellar motor of Leptospira interrogans / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: FliY

超分子名称: FliY / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Leptospira interrogans (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2011年5月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 65 / 平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細2 degree tilt angle incrememt
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Protomo / 使用したサブトモグラム数: 65
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4fhr

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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