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- EMDB-5805: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-F... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5805
タイトルCryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-FMRP Complex map)
マップデータCryo-EM reconstruction of Drosophila 80S ribosome
試料
  • 試料: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-FMRP Complex map)
  • 複合体: 80S ribosome
キーワードDrosophila 80S FMRP
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å
データ登録者Chen E / Sharma M R / Shi X / Agrawal R K / Joseph S
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: Fragile X mental retardation protein regulates translation by binding directly to the ribosome.
著者: Eileen Chen / Manjuli R Sharma / Xinying Shi / Rajendra K Agrawal / Simpson Joseph /
要旨: Fragile X syndrome (FXS) is the most common form of inherited mental retardation, and it is caused by loss of function of the fragile X mental retardation protein (FMRP). FMRP is an RNA-binding ...Fragile X syndrome (FXS) is the most common form of inherited mental retardation, and it is caused by loss of function of the fragile X mental retardation protein (FMRP). FMRP is an RNA-binding protein that is involved in the translational regulation of several neuronal mRNAs. However, the precise mechanism of translational inhibition by FMRP is unknown. Here, we show that FMRP inhibits translation by binding directly to the L5 protein on the 80S ribosome. Furthermore, cryoelectron microscopic reconstruction of the 80S ribosome⋅FMRP complex shows that FMRP binds within the intersubunit space of the ribosome such that it would preclude the binding of tRNA and translation elongation factors on the ribosome. These findings suggest that FMRP inhibits translation by blocking the essential components of the translational machinery from binding to the ribosome.
履歴
登録2013年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2014年7月30日-
現状2014年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5805.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of Drosophila 80S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.78 Å/pix.
x 130 pix.
= 361.4 Å		2.78 Å/pix.
x 130 pix.
= 361.4 Å		2.78 Å/pix.
x 130 pix.
= 361.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 35.0 / ムービー #1: 35
最小 - 最大-216.565719599999994 - 431.13583374000001
平均 (標準偏差)7.88158989 (±44.14071655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 361.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z361.400361.400361.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-216.566431.1367.882

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-F...

全体名称: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-FMRP Complex map)
要素
  • 試料: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-FMRP Complex map)
  • 複合体: 80S ribosome

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超分子 #1000: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-F...

超分子名称: Cryo-EM map of the Drosophila 80S Ribosome (control map for 80S-FMRP Complex map)
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / Number unique components: 1

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly / 組織: embryo / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 3 MDa / 理論値: 3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.7
詳細: 50 mM KOAc, 50 mM Tris acetate, pH 7.7, 10 mM DTT, 5 mM Mg(OAc)2
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 6 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 120 K
日付2011年12月27日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 102 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen-cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using automatic selection and manual screening in SPIDER
CTF補正詳細: each defocus volume
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: CTF corrected volume was enhanced for high spatial frequencies.
使用した粒子像数: 78267
最終 角度割当詳細: SPIDER:theta 15 degrees, phi 15 degrees
最終 2次元分類クラス数: 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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