[日本語] English
万見
- EMDB-5789: Cryo-electron microscopy of an immature 50S ribosomal subunit (45... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5789
タイトルCryo-electron microscopy of an immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
マップデータ3D reconstruction of an immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
試料
  • 試料: Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
  • 複合体: 45 subunit
キーワードRibosome assembly / 50S subunit / RbgA / YlqF / GTPase / 45S subunit
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Jomaa A / Jain N / Davis JH / Williamson JR / Britton RA / Ortega J
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2014
タイトル: Functional domains of the 50S subunit mature late in the assembly process.
著者: Ahmad Jomaa / Nikhil Jain / Joseph H Davis / James R Williamson / Robert A Britton / Joaquin Ortega /
要旨: Despite the identification of many factors that facilitate ribosome assembly, the molecular mechanisms by which they drive ribosome biogenesis are poorly understood. Here, we analyze the late stages ...Despite the identification of many factors that facilitate ribosome assembly, the molecular mechanisms by which they drive ribosome biogenesis are poorly understood. Here, we analyze the late stages of assembly of the 50S subunit using Bacillus subtilis cells depleted of RbgA, a highly conserved GTPase. We found that RbgA-depleted cells accumulate late assembly intermediates bearing sub-stoichiometric quantities of ribosomal proteins L16, L27, L28, L33a, L35 and L36. Using a novel pulse labeling/quantitative mass spectrometry technique, we show that this particle is physiologically relevant and is capable of maturing into a complete 50S particle. Cryo-electron microscopy and chemical probing revealed that the central protuberance, the GTPase associating region and tRNA-binding sites in this intermediate are unstructured. These findings demonstrate that key functional sites of the 50S subunit remain unstructured until late stages of maturation, preventing the incomplete subunit from prematurely engaging in translation. Finally, structural and biochemical analysis of a ribosome particle depleted of L16 indicate that L16 binding is necessary for the stimulation of RbgA GTPase activity and, in turn, release of this co-factor, and for conversion of the intermediate to a complete 50S subunit.
履歴
登録2013年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月25日-
マップ公開2014年1月8日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5789.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of an immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å		2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å		2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-3.86161613 - 11.15494728
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 325.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.120325.120325.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.86211.1550.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subti...

全体名称: Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
要素
  • 試料: Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
  • 複合体: 45 subunit

-
超分子 #1000: Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subti...

超分子名称: Immature 50S ribosomal subunit (45S particle) from Bacillus subtilis depleted of RbgA (YlqF), conformation 1
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.6 MDa

-
超分子 #1: 45 subunit

超分子名称: 45 subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, LSU RNA 23S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: RB419 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 1.6 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 60 mM ammonium chloride, 3 mM 2-mercaptoethanol
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon grids with an additional layer (5-10 nm) of thin carbon. Grids were glow discharged at 5 mA for 15 seconds.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Grids were blotted twice, for 7 seconds each time, before being plunged into liquid ethane.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 77 K / 最高: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 300,000 times magnification
日付2012年2月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 914 cryo-holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

CTF補正詳細: ctFFIND
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 20655

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る