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- EMDB-5770: Electron cryo-microscopy of a chemical cross-linked K87C/S199C Mm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5770
タイトルElectron cryo-microscopy of a chemical cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated, ATP-AlFx)
マップデータchemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (Illuminated, ATP-AlFx)
試料
  • 試料: chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated, ATP-AlFx)
  • タンパク質・ペプチド: mutant Methanococcus maripaludis chaperonin
キーワードprotein engineering / light-gated nanocage / ABDM cross-linked Mm-cpn
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.6 Å
データ登録者Hoersch D / Roh SH / Chiu W / Kortemme T
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2013
タイトル: Reprogramming an ATP-driven protein machine into a light-gated nanocage.
著者: Daniel Hoersch / Soung-Hun Roh / Wah Chiu / Tanja Kortemme /
要旨: Natural protein assemblies have many sophisticated architectures and functions, creating nanoscale storage containers, motors and pumps. Inspired by these systems, protein monomers have been ...Natural protein assemblies have many sophisticated architectures and functions, creating nanoscale storage containers, motors and pumps. Inspired by these systems, protein monomers have been engineered to self-assemble into supramolecular architectures including symmetrical, metal-templated and cage-like structures. The complexity of protein machines, however, has made it difficult to create assemblies with both defined structures and controllable functions. Here we report protein assemblies that have been engineered to function as light-controlled nanocontainers. We show that an adenosine-5'-triphosphate-driven group II chaperonin, which resembles a barrel with a built-in lid, can be reprogrammed to open and close on illumination with different wavelengths of light. By engineering photoswitchable azobenzene-based molecules into the structure, light-triggered changes in interatomic distances in the azobenzene moiety are able to drive large-scale conformational changes of the protein assembly. The different states of the assembly can be visualized with single-particle cryo-electron microscopy, and the nanocages can be used to capture and release non-native cargos. Similar strategies that switch atomic distances with light could be used to build other controllable nanoscale machines.
履歴
登録2013年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月4日-
マップ公開2013年12月4日-
更新2013年12月18日-
現状2013年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5770_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (Illuminated, ATP-AlFx)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å		2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å		2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-0.45049468 - 1.81363273
平均 (標準偏差)0.02580749 (±0.19224788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-98-98-98
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 425.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z425.320425.320425.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-98-98-98
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.4501.8140.026

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated,...

全体名称: chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated, ATP-AlFx)
要素
  • 試料: chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated, ATP-AlFx)
  • タンパク質・ペプチド: mutant Methanococcus maripaludis chaperonin

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超分子 #1000: chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated,...

超分子名称: chemically cross-linked K87C/S199C Mm-cpn with ABDM (illuminated, ATP-AlFx)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexadecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 1 MDa / 手法: size exclusion column

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分子 #1: mutant Methanococcus maripaludis chaperonin

分子名称: mutant Methanococcus maripaludis chaperonin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: mutant Mm-cpn / 詳細: ATP-AlFx / 集合状態: 16-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌)
分子量実験値: 1 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 20 mM HEPES, 10% glycerol, 0.1% OG, 1% PEG8000
グリッド詳細: 200-mesh R1.2/1.3 holey-carbon grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 100 K
日付2012年11月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 54 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 55000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 single tilt cryo transfer holder (70)
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細EMAN2 standard package
CTF補正詳細: particle based
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 3718

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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