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万見
- EMDB-5727: Three-dimensional Structure of Victorivirus HvV190S -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5727
タイトルThree-dimensional Structure of Victorivirus HvV190S
マップデータReconstruction of HvV190S Virus Like Particle lacking dsRNA genome and RNA-dependent RNA polymerase
試料
  • 試料: Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C
  • ウイルス: Helminthosporium victoriae virus 190S (ウイルス)
生物種Helminthosporium victoriae virus 190S (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Dun SE / Li H / Cardone G / Nibert ML / Gabrial SA / Baker TS
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional structure of victorivirus HvV190S suggests coat proteins in most totiviruses share a conserved core.
著者: Sarah E Dunn / Hua Li / Giovanni Cardone / Max L Nibert / Said A Ghabrial / Timothy S Baker /
要旨: Double-stranded (ds)RNA fungal viruses are currently assigned to six different families. Those from the family Totiviridae are characterized by nonsegmented genomes and single-layer capsids, 300-450 ...Double-stranded (ds)RNA fungal viruses are currently assigned to six different families. Those from the family Totiviridae are characterized by nonsegmented genomes and single-layer capsids, 300-450 Å in diameter. Helminthosporium victoriae virus 190S (HvV190S), prototype of recently recognized genus Victorivirus, infects the filamentous fungus Helminthosporium victoriae (telomorph: Cochliobolus victoriae), which is the causal agent of Victoria blight of oats. The HvV190S genome is 5179 bp long and encompasses two large, slightly overlapping open reading frames that encode the coat protein (CP, 772 aa) and the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp, 835 aa). To our present knowledge, victoriviruses uniquely express their RdRps via a coupled termination-reinitiation mechanism that differs from the well-characterized Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ScV-L-A, prototype of genus Totivirus), in which the RdRp is expressed as a CP/RdRp fusion protein due to ribosomal frameshifting. Here, we used transmission electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction to determine the structures of HvV190S virions and two types of virus-like particles (capsids lacking dsRNA and capsids lacking both dsRNA and RdRp) at estimated resolutions of 7.1, 7.5, and 7.6 Å, respectively. The HvV190S capsid is thin and smooth, and contains 120 copies of CP arranged in a "T = 2" icosahedral lattice characteristic of ScV-L-A and other dsRNA viruses. For aid in our interpretations, we developed and used an iterative segmentation procedure to define the boundaries of the two, chemically identical CP subunits in each asymmetric unit. Both subunits have a similar fold, but one that differs from ScV-L-A in many details except for a core α-helical region that is further predicted to be conserved among many other totiviruses. In particular, we predict the structures of other victoriviruses to be highly similar to HvV190S and the structures of most if not all totiviruses including, Leishmania RNA virus 1, to be similar as well.
履歴
登録2013年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月18日-
マップ公開2013年9月18日-
更新2013年9月18日-
現状2013年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5727_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 234.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstruction of HvV190S Virus Like Particle lacking dsRNA genome and RNA-dependent RNA polymerase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 501 pix.
= 536.07 Å		1.07 Å/pix.
x 501 pix.
= 536.07 Å		1.07 Å/pix.
x 501 pix.
= 536.07 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-41.0 - 59.0
平均 (標準偏差)-1.50735343 (±5.71934509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-250-250-250
サイズ501501501
Spacing501501501
セルA=B=C: 536.07 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z501501501
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z536.070536.070536.070
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-250-250-250
NC/NR/NS501501501
D min/max/mean-41.00059.000-1.507

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C

全体名称: Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C
要素
  • 試料: Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C
  • ウイルス: Helminthosporium victoriae virus 190S (ウイルス)

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超分子 #1000: Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C

超分子名称: Helminthosporium victoriae virus 190S VLP-C / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Helminthosporium victoriae virus 190S

超分子名称: Helminthosporium victoriae virus 190S / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HvV190S-VLP-C / NCBI-ID: 45237 / 生物種: Helminthosporium victoriae virus 190S / Sci species strain: B-2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: HvV190S-VLP-C
宿主生物種: Cochliobolus victoriae (菌類) / 別称: FUNGI
Host system生物種: unidentified (未定義)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 462 Å / T番号(三角分割数): 2

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.8
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were adsorbed to continuous carbon grids that had been glow-discharged for ~25 seconds in an Emitech K350 evaporation unit. Samples were subsequently stained with 1% aqueous uranyl ...詳細: Samples were adsorbed to continuous carbon grids that had been glow-discharged for ~25 seconds in an Emitech K350 evaporation unit. Samples were subsequently stained with 1% aqueous uranyl acetate and rinsed with ddH2O.
グリッド詳細: 200 mesh carbon grid with thin carbon support.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Vitrification carried out after applying sample to carbon-coated grids and waiting 5 minutes before inserting the grid into the Vitrobot.
手法: Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 90 K / 最高: 92 K / 平均: 91 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification using FFT.
日付2009年8月26日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.07 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 24 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.88 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.43 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: ROBEM
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 6294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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