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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5718 | |||||||||
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タイトル | The structure of Sinorhizobium meliloti phage phiM12, a novel T=19 icosahedral phage that is the founder of a new group of T4-like phages | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of phiM12, emptied of DNA | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage / phiM12 / Sinorhizobium meliloti / T=19 / rhizobia | |||||||||
生物種 | Sinorhizobium phage phiM12 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Stroupe ME / Brewer TE / Sousa DR / Jones KM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2014 タイトル: The structure of Sinorhizobium meliloti phage ΦM12, which has a novel T=19l triangulation number and is the founder of a new group of T4-superfamily phages. 著者: M Elizabeth Stroupe / Tess E Brewer / Duncan R Sousa / Kathryn M Jones / 要旨: ΦM12 is the first example of a T=19l geometry capsid, encapsulating the recently sequenced genome. Here, we present structures determined by cryo-EM of full and empty capsids. The structure reveals ...ΦM12 is the first example of a T=19l geometry capsid, encapsulating the recently sequenced genome. Here, we present structures determined by cryo-EM of full and empty capsids. The structure reveals the pattern for assembly of 1140 HK97-like capsid proteins, pointing to interactions at the pseudo 3-fold symmetry axes that hold together the asymmetric unit. The particular smooth surface of the capsid, along with a lack of accessory coat proteins encoded by the genome, suggest that this interface is the primary mechanism for capsid assembly. Two-dimensional averages of the tail, including the neck and baseplate, reveal that ΦM12 has a relatively narrow neck that attaches the tail to the capsid, as well as a three-layer baseplate. When free from DNA, the icosahedral edges expand by about 5nm, while the vertices stay at the same position, forming a similarly smooth, but bowed, T=19l icosahedral capsid. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5718.map.gz | 19.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5718-v30.xml emd-5718.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5718.gif 80_5718.gif | 79.2 KB 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5718 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5718_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5718_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5718_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5718 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of phiM12, emptied of DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Empty T=19 icosahedral shell from phiM12, a bacteriophage of Sino...
全体 | 名称: Empty T=19 icosahedral shell from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti |
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要素 |
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-超分子 #1000: Empty T=19 icosahedral shell from phiM12, a bacteriophage of Sino...
超分子 | 名称: Empty T=19 icosahedral shell from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Sinorhizobium phage phiM12
超分子 | 名称: Sinorhizobium phage phiM12 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 1357423 / 生物種: Sinorhizobium phage phiM12 / Sci species strain: phiM12 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 19 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 10 mM Na2HPO4, 1 mM MgSO4 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh 2/2 Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot 4 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2013年5月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 1000 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 65555 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Images were selected by hand; initial model determined in EMAN and refined in EMAN and Frealign |
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CTF補正 | 詳細: micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, FREALIGN / 使用した粒子像数: 2038 |