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万見
- EMDB-5717: The structure of Sinorhizobium meliloti phage phiM12, a novel T=1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5717
タイトルThe structure of Sinorhizobium meliloti phage phiM12, a novel T=19 icosahedral phage that is the founder of a new group of T4-like phages
マップデータCryo-EM reconstruction of phiM12, packed with DNA
試料
  • 試料: T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti
  • ウイルス: Sinorhizobium phage phiM12 (ファージ)
キーワードbacteriophage / phiM12 / Sinorhizobium meliloti / T=19 / rhizobia
生物種Sinorhizobium phage phiM12 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Stroupe ME / Brewer TE / Sousa DR / Jones KM
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: The structure of Sinorhizobium meliloti phage ΦM12, which has a novel T=19l triangulation number and is the founder of a new group of T4-superfamily phages.
著者: M Elizabeth Stroupe / Tess E Brewer / Duncan R Sousa / Kathryn M Jones /
要旨: ΦM12 is the first example of a T=19l geometry capsid, encapsulating the recently sequenced genome. Here, we present structures determined by cryo-EM of full and empty capsids. The structure reveals ...ΦM12 is the first example of a T=19l geometry capsid, encapsulating the recently sequenced genome. Here, we present structures determined by cryo-EM of full and empty capsids. The structure reveals the pattern for assembly of 1140 HK97-like capsid proteins, pointing to interactions at the pseudo 3-fold symmetry axes that hold together the asymmetric unit. The particular smooth surface of the capsid, along with a lack of accessory coat proteins encoded by the genome, suggest that this interface is the primary mechanism for capsid assembly. Two-dimensional averages of the tail, including the neck and baseplate, reveal that ΦM12 has a relatively narrow neck that attaches the tail to the capsid, as well as a three-layer baseplate. When free from DNA, the icosahedral edges expand by about 5nm, while the vertices stay at the same position, forming a similarly smooth, but bowed, T=19l icosahedral capsid.
履歴
登録2013年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月21日-
マップ公開2014年4月23日-
更新2014年4月30日-
現状2014年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0284
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0284
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5717.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of phiM12, packed with DNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.4 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.1 / ムービー #1: 0.0284
最小 - 最大-0.06335218 - 0.28843483
平均 (標準偏差)0.04192379 (±0.09811363)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 1209.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.45.45.4
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1209.6001209.6001209.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0630.2880.042

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriopha...

全体名称: T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti
要素
  • 試料: T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti
  • ウイルス: Sinorhizobium phage phiM12 (ファージ)

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超分子 #1000: T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriopha...

超分子名称: T=19 icosahedral shell packed with DNA from phiM12, a bacteriophage of Sinorhizobium meliloti
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 2

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超分子 #1: Sinorhizobium phage phiM12

超分子名称: Sinorhizobium phage phiM12 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 1357423 / 生物種: Sinorhizobium phage phiM12 / Sci species strain: phiM12 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 19

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 10 mM Na2HPO4, 1 mM MgSO4
グリッド詳細: 200 mesh 2/2 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot 4 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年5月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1000 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 65555 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were selected by hand; initial model determined in EMAN and refined in EMAN and Frealign.
CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, FREALIGN / 使用した粒子像数: 2038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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