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万見
- EMDB-5697: Electron cryo-microscopy of human cytomegalovirus SCP-deficient p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5697
タイトルElectron cryo-microscopy of human cytomegalovirus SCP-deficient particles
マップデータReconstruction of human cytomegalovirus (HCMV) SCP-deficient particles. The viral particles were harvested from cells expressing a ribozyme targeting HCMV smallest capsid protein (SCP) mRNA.
試料
  • 試料: Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HCMV) particles
  • ウイルス: Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
キーワードherpesvirus / betaherpesvirus / human cytomegalovirus / smallest capsid protein / ribozyme
生物種Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Dai XH / Yu XK / Gong H / Jiang XH / Abenes G / Liu HR / Shivakoti S / Britt W / Zhu H / Liu FY / Zhou ZH
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: The smallest capsid protein mediates binding of the essential tegument protein pp150 to stabilize DNA-containing capsids in human cytomegalovirus.
著者: Xinghong Dai / Xuekui Yu / Hao Gong / Xiaohong Jiang / Gerrado Abenes / Hongrong Liu / Sakar Shivakoti / William J Britt / Hua Zhu / Fenyong Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous herpesvirus that causes birth defects in newborns and life-threatening complications in immunocompromised individuals. Among all human herpesviruses, HCMV ...Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous herpesvirus that causes birth defects in newborns and life-threatening complications in immunocompromised individuals. Among all human herpesviruses, HCMV contains a much larger dsDNA genome within a similarly-sized capsid compared to the others, and it was proposed to require pp150, a tegument protein only found in cytomegaloviruses, to stabilize its genome-containing capsid. However, little is known about how pp150 interacts with the underlying capsid. Moreover, the smallest capsid protein (SCP), while dispensable in herpes simplex virus type 1, was shown to play essential, yet undefined, role in HCMV infection. Here, by cryo electron microscopy (cryoEM), we determine three-dimensional structures of HCMV capsid (no pp150) and virion (with pp150) at sub-nanometer resolution. Comparison of these two structures reveals that each pp150 tegument density is composed of two helix bundles connected by a long central helix. Correlation between the resolved helices and sequence-based secondary structure prediction maps the tegument density to the N-terminal half of pp150. The structures also show that SCP mediates interactions between the capsid and pp150 at the upper helix bundle of pp150. Consistent with this structural observation, ribozyme inhibition of SCP expression in HCMV-infected cells impairs the formation of DNA-containing viral particles and reduces viral yield by 10,000 fold. By cryoEM reconstruction of the resulting "SCP-deficient" viral particles, we further demonstrate that SCP is required for pp150 functionally binding to the capsid. Together, our structural and biochemical results point to a mechanism whereby SCP recruits pp150 to stabilize genome-containing capsid for the production of infectious HCMV virion.
履歴
登録2013年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月16日-
マップ公開2013年10月16日-
更新2013年10月16日-
現状2013年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5697.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human cytomegalovirus (HCMV) SCP-deficient particles. The viral particles were harvested from cells expressing a ribozyme targeting HCMV smallest capsid protein (SCP) mRNA.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.789 Å
密度
表面レベル登録者による: 12.5 / ムービー #1: 12.5
最小 - 最大-14.40537834 - 20.163827900000001
平均 (標準偏差)0.9467631 (±4.10478497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-127-303
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 1818.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.7893.7893.789
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1818.7201818.7201818.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-127-127-303
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-14.40520.1640.947

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HC...

全体名称: Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HCMV) particles
要素
  • 試料: Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HCMV) particles
  • ウイルス: Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HC...

超分子名称: Smallest capsid protein (SCP) deficient human cytomegalovirus (HCMV) particles
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 5

超分子名称: Human herpesvirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: human cytomegalovirus
詳細: Cultured with cells expressing ribozyme targeting the smallest capsid protein (SCP) mRNA of the virus. So the viral particles are SCP-deficient.
NCBI-ID: 10359 / 生物種: Human herpesvirus 5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: human cytomegalovirus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1350 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Phosphate buffered saline (pH=7.4): 144 mg/L KH2PO4, 795 mg/L Na2HPO4-7H2O, 0.9% (w/w) NaCl
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 Cu-200mesh grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot force = 0, blot time = 20s

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification.
詳細Parallel beam illumination
日付2010年11月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 730 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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