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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5681
タイトルProtein-Ligand Interactions by Electron Microscopy: a Disaccharide receptor analog complex of Adeno-Associated Virus
マップデータReconstruction of Adeno-Associated Virus DJ
試料
  • 試料: Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
キーワードAdeno-Associated Virus / contrast transfer function / heparin-binding domain / heparan sulfate proteoglycan / Virus-like particle
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Xie Q / Spilman M / Meyer N / Lerch T / Stagg S / Chapman M
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Electron microscopy analysis of a disaccharide analog complex reveals receptor interactions of adeno-associated virus.
著者: Qing Xie / Michael Spilman / Nancy L Meyer / Thomas F Lerch / Scott M Stagg / Michael S Chapman /
要旨: Mechanistic studies of macromolecular complexes often feature X-ray structures of complexes with bound ligands. The attachment of adeno-associated virus (AAV) to cell surface glycosaminoglycans (GAGs) ...Mechanistic studies of macromolecular complexes often feature X-ray structures of complexes with bound ligands. The attachment of adeno-associated virus (AAV) to cell surface glycosaminoglycans (GAGs) is an example that has not proven amenable to crystallography, because the binding of GAG analogs disrupts lattice contacts. The interactions of AAV with GAGs are of interest in mediating the cell specificity of AAV-based gene therapy vectors. Previous electron microscopy led to differing conclusions on the exact binding site and the existence of large ligand-induced conformational changes in the virus. Conformational changes are expected during cell entry, but it has remained unclear whether the electron microscopy provided evidence of their induction by GAG-binding. Taking advantage of automated data collection, careful processing and new methods of structure refinement, the structure of AAV-DJ complexed with sucrose octasulfate is determined by electron microscopy difference map analysis to 4.8Å resolution. At this higher resolution, individual sulfate groups are discernible, providing a stereochemical validation of map interpretation, and highlighting interactions with two surface arginines that have been implicated in genetic studies. Conformational changes induced by the SOS are modest and limited to the loop most directly interacting with the ligand. While the resolution attainable will depend on sample order and other factors, there are an increasing number of macromolecular complexes that can be studied by cryo-electron microscopy at resolutions beyond 5Å, for which the approaches used here could be used to characterize the binding of inhibitors and other small molecule effectors when crystallography is not tractable.
履歴
登録2013年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年10月16日-
更新2013年11月20日-
現状2013年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j4p
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j4p
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5681_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Adeno-Associated Virus DJ
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 272 pix.
= 355.422 Å		1.31 Å/pix.
x 272 pix.
= 355.422 Å		1.31 Å/pix.
x 272 pix.
= 355.422 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-5.81486082 - 12.86448002
平均 (標準偏差)0.26637372 (±1.47994912)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-136-136-136
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 355.4224 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30669852941181.30669852941181.3066985294118
M x/y/z272272272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.422355.422355.422
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-136-136-136
NC/NR/NS272272272
D min/max/mean-5.81512.8640.266

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate

全体名称: Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate
要素
  • 試料: Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)

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超分子 #1000: Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate

超分子名称: Recombinant Adeno-Associated virus DJ with Sucrose Octasulfate
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one virus subunit binds to one molecule of sucrose octasulfate
Number unique components: 2
分子量実験値: 3.7 MDa / 理論値: 3.7 MDa

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Recombinant Adeno-Associated Virus DJ, AAVDJ / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Syn species name: Recombinant Adeno-Associated Virus DJ, AAVDJ
Sci species serotype: DJ
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: sf9 / 組換プラスミド: pAVDJ
分子量実験値: 3.7 MDa / 理論値: 3.7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 275 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 10 mM Tris, 125 mM NaCl, 1 mM MgCl2
グリッド詳細: 400 mesh carbon-coated grids (C-flat) glow-discharged for 5 seconds (Gatan Model 950)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Both sides of the grid were blotted for 2.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2013年4月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 5207 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were processed semi-automatically using Appion for picking, contrast transfer function (CTF) estimation, and stack making. Particles were selected automatically using template matching.
CTF補正詳細: CTF correction of each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 詳細: Final map was amplitude corrected using embfactor. / 使用した粒子像数: 45000
最終 角度割当詳細: Frealign convention

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j1q


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 25 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-3j4p:
Electron Microscopy Analysis of a Disaccharide Analog complex Reveals Receptor Interactions of Adeno-Associated Virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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