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- EMDB-5600: Penicillium Chrysogenum Virus (PcV) capsid structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5600
タイトルPenicillium Chrysogenum Virus (PcV) capsid structure
マップデータReconstruction of Penicillium Chrysogenum Virus at near-atomic resolution
試料
  • 試料: Penicillium Chrysogenum Virus
  • ウイルス: Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)
キーワードdouble-stranded RNA / fungal virus / viral structure / T=1 virus / duplicated helical fold
機能・相同性: / : / Fungal virus Capsid protein, N-terminal domain / Fungal virus Capsid protein, C-terminal domain / T=1 icosahedral viral capsid / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Luque D / Gomez-Blanco J / Garriga D / Brilot A / Gonzalez JM / Havens WH / Carrascosa JL / Trus BL / Verdaguer N / Grigorieff N ...Luque D / Gomez-Blanco J / Garriga D / Brilot A / Gonzalez JM / Havens WH / Carrascosa JL / Trus BL / Verdaguer N / Grigorieff N / Ghabrial SA / Caston JR
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM near-atomic structure of a dsRNA fungal virus shows ancient structural motifs preserved in the dsRNA viral lineage.
著者: Daniel Luque / Josué Gómez-Blanco / Damiá Garriga / Axel F Brilot / José M González / Wendy M Havens / José L Carrascosa / Benes L Trus / Nuria Verdaguer / Said A Ghabrial / José R Castón /
要旨: Viruses evolve so rapidly that sequence-based comparison is not suitable for detecting relatedness among distant viruses. Structure-based comparisons suggest that evolution led to a small number of ...Viruses evolve so rapidly that sequence-based comparison is not suitable for detecting relatedness among distant viruses. Structure-based comparisons suggest that evolution led to a small number of viral classes or lineages that can be grouped by capsid protein (CP) folds. Here, we report that the CP structure of the fungal dsRNA Penicillium chrysogenum virus (PcV) shows the progenitor fold of the dsRNA virus lineage and suggests a relationship between lineages. Cryo-EM structure at near-atomic resolution showed that the 982-aa PcV CP is formed by a repeated α-helical core, indicative of gene duplication despite lack of sequence similarity between the two halves. Superimposition of secondary structure elements identified a single "hotspot" at which variation is introduced by insertion of peptide segments. Structural comparison of PcV and other distantly related dsRNA viruses detected preferential insertion sites at which the complexity of the conserved α-helical core, made up of ancestral structural motifs that have acted as a skeleton, might have increased, leading to evolution of the highly varied current structures. Analyses of structural motifs only apparent after systematic structural comparisons indicated that the hallmark fold preserved in the dsRNA virus lineage shares a long (spinal) α-helix tangential to the capsid surface with the head-tailed phage and herpesvirus viral lineage.
履歴
登録2013年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2014年5月14日-
更新2014年6月25日-
現状2014年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-3j3i
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  • 原子モデルPDB-3j3i
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 231.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Penicillium Chrysogenum Virus at near-atomic resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 396 pix.
= 487.08 Å		1.23 Å/pix.
x 396 pix.
= 487.08 Å		1.23 Å/pix.
x 396 pix.
= 487.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.05330282 - 0.04782657
平均 (標準偏差)0.00010026 (±0.00569365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-198-198-198
サイズ396396396
Spacing396396396
セルA=B=C: 487.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z396396396
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z487.080487.080487.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-198-198-198
NC/NR/NS396396396
D min/max/mean-0.0530.0480.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Penicillium Chrysogenum Virus

全体名称: Penicillium Chrysogenum Virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Penicillium Chrysogenum Virus
  • ウイルス: Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Penicillium Chrysogenum Virus

超分子名称: Penicillium Chrysogenum Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1
分子量理論値: 6.5 MDa

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超分子 #1: Penicillium chrysogenum virus

超分子名称: Penicillium chrysogenum virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 158372 / 生物種: Penicillium chrysogenum virus / Sci species strain: from ATCC 9480 host / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Penicillium chrysogenum (菌類) / 株: ATCC 9480 / 別称: FUNGI
分子量理論値: 6.5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl , 150 mM NaCl, 5 mM EDTA
グリッド詳細: C flat CF 1/2 4C grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
手法: Samples were applied to grids, blotted 7 seconds, and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2012年2月23日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 650 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 56910 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 58333
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 27566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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