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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5589 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of the yeast Mediator Cdk8 kinase module | |||||||||
![]() | A map of a complex formed by yeast Mediator and Cdk8 kinase module | |||||||||
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![]() | Mediator / kinase module / CDK8 / Med12 / Med13 / CycC | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
![]() | Tsai KL / Sato S / Tomomori-Sato C / Conaway RC / Conaway JW / Asturias FJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A conserved Mediator-CDK8 kinase module association regulates Mediator-RNA polymerase II interaction. 著者: Kuang-Lei Tsai / Shigeo Sato / Chieri Tomomori-Sato / Ronald C Conaway / Joan W Conaway / Francisco J Asturias / ![]() 要旨: The CDK8 kinase module (CKM) is a conserved, dissociable Mediator subcomplex whose component subunits were genetically linked to the RNA polymerase II (RNAPII) C-terminal domain (CTD) and ...The CDK8 kinase module (CKM) is a conserved, dissociable Mediator subcomplex whose component subunits were genetically linked to the RNA polymerase II (RNAPII) C-terminal domain (CTD) and individually recognized as transcriptional repressors before Mediator was identified as a pre-eminent complex in eukaryotic transcription regulation. We used macromolecular EM and biochemistry to investigate the subunit organization, structure and Mediator interaction of the Saccharomyces cerevisiae CKM. We found that interaction of the CKM with Mediator's middle module interferes with CTD-dependent RNAPII binding to a previously unknown middle-module CTD-binding site and with the holoenzyme formation process. Taken together, our results reveal the basis for CKM repression, clarify the origin of the connection between CKM subunits and the CTD and suggest that a combination of competitive interactions and conformational changes that facilitate holoenzyme formation underlie the mechanism of transcription regulation by Mediator. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A map of a complex formed by yeast Mediator and Cdk8 kinase module | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : A complex between the yeast Mediator and Cdk8 kinase module complexes
全体 | 名称: A complex between the yeast Mediator and Cdk8 kinase module complexes |
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要素 |
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-超分子 #1000: A complex between the yeast Mediator and Cdk8 kinase module complexes
超分子 | 名称: A complex between the yeast Mediator and Cdk8 kinase module complexes タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The complex was formed by incubating purified Mediator and Cdk8 kinase module Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: Mediator complex
分子 | 名称: Mediator complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.1 MDa |
-分子 #2: Cdk8 kinase module
分子 | 名称: Cdk8 kinase module / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.020 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20mM HEPES, 200mM potassium acetate, 5mM beta-mercaptoethanol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein were stained with a drop of 2% uranyl acetate for about 30 sec and then covered with a second thin carbon layer |
グリッド | 詳細: 300 mesh Cu/Rh grids with continuous carbon, glow discharged in amylamine atmosphere |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 125,000 times magnification using a CCD camera |
日付 | 2012年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 200 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX, SPIDER / 使用した粒子像数: 2000 |
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