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万見
- EMDB-5588: Electron cryo-microscopy of the yeast Mediator Cdk8 kinase module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5588
タイトルElectron cryo-microscopy of the yeast Mediator Cdk8 kinase module
マップデータMap of the CDK8 kinase module including Med12, Med13, Cdk8, and CycC
試料
  • 試料: Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex
  • タンパク質・ペプチド: Med12
  • タンパク質・ペプチド: Med13
  • タンパク質・ペプチド: Cdk8
  • タンパク質・ペプチド: CycC
キーワードMediator / kinase module / CDK8 / Med12 / Med13 / CycC
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Tsai KL / Sato S / Tomomori-Sato C / Conaway RC / Conaway JW / Asturias FJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: A conserved Mediator-CDK8 kinase module association regulates Mediator-RNA polymerase II interaction.
著者: Kuang-Lei Tsai / Shigeo Sato / Chieri Tomomori-Sato / Ronald C Conaway / Joan W Conaway / Francisco J Asturias /
要旨: The CDK8 kinase module (CKM) is a conserved, dissociable Mediator subcomplex whose component subunits were genetically linked to the RNA polymerase II (RNAPII) C-terminal domain (CTD) and ...The CDK8 kinase module (CKM) is a conserved, dissociable Mediator subcomplex whose component subunits were genetically linked to the RNA polymerase II (RNAPII) C-terminal domain (CTD) and individually recognized as transcriptional repressors before Mediator was identified as a pre-eminent complex in eukaryotic transcription regulation. We used macromolecular EM and biochemistry to investigate the subunit organization, structure and Mediator interaction of the Saccharomyces cerevisiae CKM. We found that interaction of the CKM with Mediator's middle module interferes with CTD-dependent RNAPII binding to a previously unknown middle-module CTD-binding site and with the holoenzyme formation process. Taken together, our results reveal the basis for CKM repression, clarify the origin of the connection between CKM subunits and the CTD and suggest that a combination of competitive interactions and conformational changes that facilitate holoenzyme formation underlie the mechanism of transcription regulation by Mediator.
履歴
登録2013年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年4月17日-
更新2013年5月15日-
現状2013年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the CDK8 kinase module including Med12, Med13, Cdk8, and CycC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 144 pix.
= 302.4 Å		2.1 Å/pix.
x 144 pix.
= 302.4 Å		2.1 Å/pix.
x 144 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.00105 / ムービー #1: 0.001
最小 - 最大-0.01605716 - 0.03793941
平均 (標準偏差)0.00001135 (±0.00171779)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.12.12.1
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0160.0380.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex

全体名称: Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex
要素
  • 試料: Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex
  • タンパク質・ペプチド: Med12
  • タンパク質・ペプチド: Med13
  • タンパク質・ペプチド: Cdk8
  • タンパク質・ペプチド: CycC

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超分子 #1000: Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex

超分子名称: Cdk8 kinase module of yeast Mediator complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4
分子量実験値: 430 KDa / 理論値: 430 KDa

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分子 #1: Med12

分子名称: Med12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Srb8 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量実験値: 167 KDa / 理論値: 167 KDa

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分子 #2: Med13

分子名称: Med13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Srb9 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量実験値: 160 KDa / 理論値: 160 KDa

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分子 #3: Cdk8

分子名称: Cdk8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Srb10 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量実験値: 63 KDa / 理論値: 63 KDa

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分子 #4: CycC

分子名称: CycC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Srb11 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量実験値: 38 KDa / 理論値: 38 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.020 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20mM HEPES, 200mM potassium acetate, 5mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: 300 mesh Cu/Rh grids with continuous carbon, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 80 K / 最高: 110 K / 平均: 105 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 125,000 times magnification using a CCD camera
日付2011年12月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 154 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX, SPIDER / 使用した粒子像数: 70000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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