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万見
- EMDB-5581: Negatively Stained TEM structure of trypanosomatid core editing c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5581
タイトルNegatively Stained TEM structure of trypanosomatid core editing complex (L-complex)
マップデータreconstruction of negatively stained L-complex
試料
  • 試料: L-Complex from L. major
  • タンパク質・ペプチド: Core editing complex
キーワードRNA editing
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Li F / Ge P / Hui WH / Atanasov I / Rogersa K / Guo Q / Osatoa D / Falickd AM / Zhou ZH / Simpson L
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Structure of the core editing complex (L-complex) involved in uridine insertion/deletion RNA editing in trypanosomatid mitochondria.
著者: Feng Li / Peng Ge / Wong H Hui / Ivo Atanasov / Kestrel Rogers / Qiang Guo / Daren Osato / Arnold M Falick / Z Hong Zhou / Larry Simpson /
要旨: Uridine insertion/deletion RNA editing is a unique form of posttranscriptional RNA processing that occurs in mitochondria of kinetoplastid protists. We have carried out 3D structural analyses of the ...Uridine insertion/deletion RNA editing is a unique form of posttranscriptional RNA processing that occurs in mitochondria of kinetoplastid protists. We have carried out 3D structural analyses of the core editing complex or "L (ligase)-complex" from Leishmania tarentolae mitochondria isolated by the tandem affinity purification procedure (TAP). The purified material, sedimented at 20-25S, migrated in a blue native gel at 1 MDa and exhibited both precleaved and full-cycle gRNA-mediated U-insertion and U-deletion in vitro activities. The purified L-complex was analyzed by electron tomography to determine the extent of heterogeneity. Three-dimensional structural comparisons of individual particles in the tomograms revealed that a majority of the complexes have a similar shape of a slender triangle. An independent single-particle reconstruction, using a featureless Gaussian ball as the initial model, converged to a similar triangular structure. Another single-particle reconstruction, using the averaged tomography structure as the initial model, yielded a similar structure. The REL1 ligase was localized on the model to the base of the apex by decoration with REL1-specific IgG. This structure should prove useful for a detailed analysis of the editing reaction.
履歴
登録2013年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月13日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年2月13日-
現状2013年2月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5581_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of negatively stained L-complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.82 / ムービー #1: 5.5
最小 - 最大-2.79889107 - 12.01914024
平均 (標準偏差)0.0 (±0.90487319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-44-44-44
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-44-44-44
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-2.79912.0190.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : L-Complex from L. major

全体名称: L-Complex from L. major
要素
  • 試料: L-Complex from L. major
  • タンパク質・ペプチド: Core editing complex

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超分子 #1000: L-Complex from L. major

超分子名称: L-Complex from L. major / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: A single complex / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.0 MDa / 手法: blue native gel

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分子 #1: Core editing complex

分子名称: Core editing complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: L-Complex / コピー数: 1 / 集合状態: complex of many subunits / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Leishmania major (大形リーシュマニア) / 別称: Leishmania / Organelle: Mitochondria
分子量実験値: 1.0 MDa
組換発現生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) / 組換プラスミド: pMRP1-TAP

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.6, 60 mM KCl, 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl acetate for 2 min
グリッド詳細: continuous carbon grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 300 K
日付2008年8月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 26 / 平均電子線量: 400 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 70000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flip
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 12500
最終 2次元分類クラス数: 879

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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