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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5561 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM map of the Gaalphaq-PLCbeta3 complex. | |||||||||
![]() | Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-terminal helix of Galphaq | |||||||||
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![]() | GTP-binding protein alpha subunits / phospholipase C beta / coiled-coil domain / PH DOMAIN / EF HAND / C2 DOMAIN / TIM BARREL DOMAIN / phospholipase / GTP hydrolysis / G-protein signaling / membrane targeting / lipase / hydrolase / calcium binding / GTP binding / phospholipids / GTP-BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / G-protein alpha subunit, group Q / : / G protein-coupled receptor signaling pathway![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å | |||||||||
![]() | Dutta S / Lyon AM / Tesmer JJG / Skiniotis G | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Full-length Gα(q)-phospholipase C-β3 structure reveals interfaces of the C-terminal coiled-coil domain. 著者: Angeline M Lyon / Somnath Dutta / Cassandra A Boguth / Georgios Skiniotis / John J G Tesmer / ![]() 要旨: Phospholipase C-β (PLCβ) is directly activated by Gαq, but the molecular basis for how its distal C-terminal domain (CTD) contributes to maximal activity is poorly understood. Herein we present ...Phospholipase C-β (PLCβ) is directly activated by Gαq, but the molecular basis for how its distal C-terminal domain (CTD) contributes to maximal activity is poorly understood. Herein we present both the crystal structure and cryo-EM three-dimensional reconstructions of human full-length PLCβ3 in complex with mouse Gαq. The distal CTD forms an extended monomeric helical bundle consisting of three antiparallel segments with structural similarity to membrane-binding bin-amphiphysin-Rvs (BAR) domains. Sequence conservation of the distal CTD suggests putative membrane and protein interaction sites, the latter of which bind the N-terminal helix of Gαq in both the crystal structure and cryo-EM reconstructions. Functional analysis suggests that the distal CTD has roles in membrane targeting and in optimizing the orientation of the catalytic core at the membrane for maximal rates of lipid hydrolysis. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 957 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 34.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-terminal helix of Galphaq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-t...
全体 | 名称: Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-terminal helix of Galphaq |
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要素 |
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-超分子 #1000: Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-t...
超分子 | 名称: Reconstruction of the PLCbeta3 distal CTD in complex with the N-terminal helix of Galphaq タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was monodisperse and had a molecular weight consistent with the theoretical weight. 集合状態: Galphaq-PLCb3 dimer / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 1.8 MDa / 理論値: 1.8 MDa 手法: Size exclusion chromatography and multi-angle light scattering |
-分子 #1: G alpha q
分子 | 名称: G alpha q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: G a q / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 44 KDa / 理論値: 44 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | GO: GO: 0007202 / InterPro: G-protein alpha subunit, group Q |
-分子 #2: phospholipase C beta 3
分子 | 名称: phospholipase C beta 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PLCbeta3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 139 KDa / 理論値: 139 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | GO: G protein-coupled receptor signaling pathway InterPro: Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM HEPES, pH 8, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.9 mM CaCl2, 50 uM GDP, 30 uM AlCl3, 10 mM NaF, 5 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: glow-discharged Quantifoil R2/200 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Vitrification carried out in liquid nitrogen atmosphere. 手法: Blot 3 microliter sample for 2 seconds. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 89 K / 最高: 95 K / 平均: 89 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification. |
日付 | 2011年10月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 350 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 71138 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Used two holders. / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / 使用した粒子像数: 12692 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL |