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万見
- EMDB-5548: Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5548
タイトルSignaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - high kinase activity state - tsr mutant QEQE
マップデータSubvolume average of chemoreceptor wild-type tsr QEQE/CheA/CheW
試料
  • 試料: chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE
  • タンパク質・ペプチド: tsr QEQE
  • タンパク質・ペプチド: CheW
  • タンパク質・ペプチド: CheA
キーワードchemotaxis / E.coli / CheA
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Briegel A / Ames P / Gumbart JC / Oikonomou CM / Parkinson JS / Jensen GJ
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2013
タイトル: The mobility of two kinase domains in the Escherichia coli chemoreceptor array varies with signalling state.
著者: Ariane Briegel / Peter Ames / James C Gumbart / Catherine M Oikonomou / John S Parkinson / Grant J Jensen /
要旨: Motile bacteria sense their physical and chemical environment through highly cooperative, ordered arrays of chemoreceptors. These signalling complexes phosphorylate a response regulator which in turn ...Motile bacteria sense their physical and chemical environment through highly cooperative, ordered arrays of chemoreceptors. These signalling complexes phosphorylate a response regulator which in turn governs flagellar motor reversals, driving cells towards favourable environments. The structural changes that translate chemoeffector binding into the appropriate kinase output are not known. Here, we apply high-resolution electron cryotomography to visualize mutant chemoreceptor signalling arrays in well-defined kinase activity states. The arrays were well ordered in all signalling states, with no discernible differences in receptor conformation at 2-3 nm resolution. Differences were observed, however, in a keel-like density that we identify here as CheA kinase domains P1 and P2, the phosphorylation site domain and the binding domain for response regulator target proteins. Mutant receptor arrays with high kinase activities all exhibited small keels and high proteolysis susceptibility, indicative of mobile P1 and P2 domains. In contrast, arrays in kinase-off signalling states exhibited a range of keel sizes. These findings confirm that chemoreceptor arrays do not undergo large structural changes during signalling, and suggest instead that kinase activity is modulated at least in part by changes in the mobility of key domains.
履歴
登録2012年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月26日-
マップ公開2013年7月17日-
更新2013年9月11日-
現状2013年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.506
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.506
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5548_1.jpg

emd_5548_2.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subvolume average of chemoreceptor wild-type tsr QEQE/CheA/CheW
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.6 Å/pix.
x 60 pix.
= 396. Å		6.6 Å/pix.
x 60 pix.
= 396. Å		6.6 Å/pix.
x 60 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.506 / ムービー #1: 0.506
最小 - 最大0.0 - 0.67502767
平均 (標準偏差)0.38402802 (±0.16144839)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.66.66.6
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean0.0000.6750.384

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE

全体名称: chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE
要素
  • 試料: chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE
  • タンパク質・ペプチド: tsr QEQE
  • タンパク質・ペプチド: CheW
  • タンパク質・ペプチド: CheA

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超分子 #1000: chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE

超分子名称: chemoreceptor array with mutant receptor tsr QEQE / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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分子 #1: tsr QEQE

分子名称: tsr QEQE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: CheW

分子名称: CheW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: CheA

分子名称: CheA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液詳細: Tryptone Broth (10 g/L Tryptone, 5 g/L NaCl). Cells were incubated with penicillin for 1 hour prior to freezing.
グリッド詳細: R 2/2 copper/rhodium grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年10月1日
撮影平均電子線量: 150 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -62.4 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 63.8 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF-corrected. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 128. Average tomographic tilt angle increment: 1.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / ソフトウェア - 名称: IMOD, tomo3D
CTF補正詳細: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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