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- EMDB-55309: Human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55309
タイトルHuman ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
    • タンパク質・ペプチド: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
  • リガンド: COENZYME A
キーワードSuccinate / Complex / ATP / ADP / Coenzyme A / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA pathway / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA metabolic process ...succinyl-CoA pathway / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA metabolic process / succinate metabolic process / Citric acid cycle (TCA cycle) / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial matrix / nucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site ...Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bailey HJ / McCorvie TJ / Shrestha L / Rembeza E / Strain-Damerell C / Burgess-Brown N / Yue WW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
著者: Bailey HJ / McCorvie TJ / Yue WW
履歴
登録2025年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55309.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.49038672 - 0.695265
平均 (標準偏差)0.00027187206 (±0.016000982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_55309_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_55309_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_55309_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A

全体名称: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
要素
  • 複合体: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
    • タンパク質・ペプチド: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
  • リガンド: COENZYME A

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超分子 #1: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A

超分子名称: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 313 KDa

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分子 #1: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial

分子名称: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate-CoA ligase (GDP-forming)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.161875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SYTASRQHLY VDKNTKIICQ GFTGKQGTFH SQQALEYGTK LVGGTTPGKG GQTHLGLPVF NTVKEAKEQT GATASVIYVP PPFAAAAIN EAIEAEIPLV VCITEGIPQQ DMVRVKHKLL RQEKTRLIGP NCPGVINPGE CKIGIMPGHI HKKGRIGIVS R SGTLTYEA ...文字列:
SYTASRQHLY VDKNTKIICQ GFTGKQGTFH SQQALEYGTK LVGGTTPGKG GQTHLGLPVF NTVKEAKEQT GATASVIYVP PPFAAAAIN EAIEAEIPLV VCITEGIPQQ DMVRVKHKLL RQEKTRLIGP NCPGVINPGE CKIGIMPGHI HKKGRIGIVS R SGTLTYEA VHQTTQVGLG QSLCVGIGGD PFNGTDFIDC LEIFLNDSAT EGIILIGEIG GNAEENAAEF LKQHNSGPNS KP VVSFIAG LTAPPGRRMG HAGAIIAGGK GGAKEKISAL QSAGVVVSMS PAQLGTTIYK EFEKRKML

UniProtKB: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial

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分子 #2: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial

分子名称: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate-CoA ligase (ADP-forming)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.757012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMNLSLHEY MSMELLQEAG VSVPKGYVAK SPDEAYAIAK KLGSKDVVIK AQVLAGGRGK GTFESGLKG GVKIVFSPEE AKAVSSQMIG KKLFTKQTGE KGRICNQVLV CERKYPRREY YFAITMERSF QGPVLIGSSH G GVNIEDVA ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMNLSLHEY MSMELLQEAG VSVPKGYVAK SPDEAYAIAK KLGSKDVVIK AQVLAGGRGK GTFESGLKG GVKIVFSPEE AKAVSSQMIG KKLFTKQTGE KGRICNQVLV CERKYPRREY YFAITMERSF QGPVLIGSSH G GVNIEDVA AESPEAIIKE PIDIEEGIKK EQALQLAQKM GFPPNIVESA AENMVKLYSL FLKYDATMIE INPMVEDSDG AV LCMDAKI NFDSNSAYRQ KKIFDLQDWT QEDERDKDAA KANLNYIGLD GNIGCLVNGA GLAMATMDII KLHGGTPANF LDV GGGATV HQVTEAFKLI TSDKKVLAIL VNIFGGIMRC DVIAQGIVMA VKDLEIKIPV VVRLQGTRVD DAKALIADSG LKIL ACDDL DEAARMVVKL SEIVTLAKQA HVDVKFQLPI WQ

UniProtKB: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial

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分子 #3: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4100 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 52.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 320000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6g4q

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 44786
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6g4q


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initially flexible fitting used the Namdinator server
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9swj:
Human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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