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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5498
タイトルStructure of ABCA4, the photoreceptor-specific ATP-binding cassette transporter, in complex with AMPPNP
マップデータReconstruction of the ABCA4-AMPPNP complex
試料
  • 試料: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue
  • タンパク質・ペプチド: ABCA4
キーワードABC transporter / ABCA subfamily / vision / photoreceptor / retinoids
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.9 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Orban T / Molday RS / Taylor D / Palczewski K
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Molecular organization and ATP-induced conformational changes of ABCA4, the photoreceptor-specific ABC transporter.
著者: Yaroslav Tsybovsky / Tivadar Orban / Robert S Molday / Derek Taylor / Krzysztof Palczewski /
要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters use ATP to translocate various substrates across cellular membranes. Several members of subfamily A of mammalian ABC transporters are associated with severe ...ATP-binding cassette (ABC) transporters use ATP to translocate various substrates across cellular membranes. Several members of subfamily A of mammalian ABC transporters are associated with severe health disorders, but their unusual complexity and large size have so far precluded structural characterization. ABCA4 is localized to the discs of vertebrate photoreceptor outer segments. This protein transports N-retinylidene-phosphatidylethanolamine to the outer side of disc membranes to prevent formation of toxic compounds causing macular degeneration. An 18 Å-resolution structure of ABCA4 isolated from bovine rod outer segments was determined using electron microscopy and single-particle reconstruction. Significant conformational changes in the cytoplasmic and transmembrane regions were observed upon binding of a nonhydrolyzable ATP analog and accompanied by altered hydrogen/deuterium exchange in the Walker A motif of one of the nucleotide-binding domains. These findings provide an initial view of the molecular organization and functional rearrangements for any member of the ABCA subfamily of ABC transporters.
履歴
登録2012年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2013年4月17日-
更新2013年5月22日-
現状2013年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0363
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0363
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5498.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the ABCA4-AMPPNP complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0363 / ムービー #1: 0.0363
最小 - 最大-0.07316811 - 0.11665386
平均 (標準偏差)-0.00164775 (±0.010085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 306.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.720306.720306.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0730.117-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented wi...

全体名称: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue
要素
  • 試料: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue
  • タンパク質・ペプチド: ABCA4

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超分子 #1000: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented wi...

超分子名称: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The total molecular weight includes estimated MW of Amphipol 8-35 bound to the protein
集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 360 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: ABCA4

分子名称: ABCA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ABCR, rim protein
詳細: The total molecular weight includes estimated MW of Amphipol 8-35 bound to the protein
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Retina / 細胞: Rod photoreceptor / Organelle: outer segment / 細胞中の位置: outer segment disk membrane
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 360 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM BTP, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 1 mM AMPPNP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 1% w/v uranyl acetate for 10 seconds
グリッド詳細: Glow discharged Cu/Pd 400 mesh grids with thin carbon support.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年4月21日
撮影実像数: 200
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 70373 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected manually
CTF補正詳細: Each defocus group
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 38090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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