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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5462 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography of a trimeric soluble HIV Env construct, gp140 SOSIP, in complex with Fab 17b | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of soluble KNH1144-SOSIP Env trimers in complex with Fab 17b | |||||||||
試料 |
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キーワード | HIV / gp140 / SOSIP / 17b | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Tran EEH / Borgnia MJ / Kuybeda O / Schauder DM / Bartesaghi A / Frank GA / Sapiro G / Milne JLS / Subramaniam S | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2012 タイトル: Structural mechanism of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein activation. 著者: Erin E H Tran / Mario J Borgnia / Oleg Kuybeda / David M Schauder / Alberto Bartesaghi / Gabriel A Frank / Guillermo Sapiro / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam / 要旨: HIV-1 infection begins with the binding of trimeric viral envelope glycoproteins (Env) to CD4 and a co-receptor on target T-cells. Understanding how these ligands influence the structure of Env is of ...HIV-1 infection begins with the binding of trimeric viral envelope glycoproteins (Env) to CD4 and a co-receptor on target T-cells. Understanding how these ligands influence the structure of Env is of fundamental interest for HIV vaccine development. Using cryo-electron microscopy, we describe the contrasting structural outcomes of trimeric Env binding to soluble CD4, to the broadly neutralizing, CD4-binding site antibodies VRC01, VRC03 and b12, or to the monoclonal antibody 17b, a co-receptor mimic. Binding of trimeric HIV-1 BaL Env to either soluble CD4 or 17b alone, is sufficient to trigger formation of the open quaternary conformation of Env. In contrast, VRC01 locks Env in the closed state, while b12 binding requires a partial opening in the quaternary structure of trimeric Env. Our results show that, despite general similarities in regions of the HIV-1 gp120 polypeptide that contact CD4, VRC01, VRC03 and b12, there are important differences in quaternary structures of the complexes these ligands form on native trimeric Env, and potentially explain differences in the neutralizing breadth and potency of antibodies with similar specificities. From cryo-electron microscopic analysis at ∼9 Å resolution of a cleaved, soluble version of trimeric Env, we show that a structural signature of the open Env conformation is a three-helix motif composed of α-helical segments derived from highly conserved, non-glycosylated N-terminal regions of the gp41 trimer. The three N-terminal gp41 helices in this novel, activated Env conformation are held apart by their interactions with the rest of Env, and are less compactly packed than in the post-fusion, six-helix bundle state. These findings suggest a new structural template for designing immunogens that can elicit antibodies targeting HIV at a vulnerable, pre-entry stage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5462.map.gz | 84.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5462-v30.xml emd-5462.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5462.png emd_5462_1.png | 225.8 KB 208.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5462 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5462_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5462_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5462_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5462 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of soluble KNH1144-SOSIP Env trimers in complex with Fab 17b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with 17b Fab.
全体 | 名称: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with 17b Fab. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with 17b Fab.
超分子 | 名称: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with 17b Fab. タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 670 KDa |
-分子 #1: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env 詳細: Membrane proximal external region of KNH1144 (Genbank accession no. AY736812) with the following residue substitutions A662E, S668N, and S676T コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HIV-1 isolate 00KE_KNH1144 / 別称: HIV-1 |
分子量 | 実験値: 420 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: SOSIP-PPI4 and furin-pcDNA3.1 |
-分子 #2: Fab portion of monoclonal antibody 17b
分子 | 名称: Fab portion of monoclonal antibody 17b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: 17b Fab / 詳細: Fab fragment / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.42 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: TNE Buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA) |
グリッド | 詳細: Protochips C-flat R 2/2, plasma cleaned |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: blot for 6 seconds, blot offset of -2, plunge into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2011年8月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 3299 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 80 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 138888 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 39001 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: G / Chain - #1 - Chain ID: H / Chain - #2 - Chain ID: L |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. Automated fitting procedures |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |