[日本語] English
万見
- EMDB-5376: Structure of a transcribing cypovirus by cryo-electron microscopy -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5376
タイトルStructure of a transcribing cypovirus by cryo-electron microscopy
マップデータThis is an image of a surface rendered twofold view of transcribing CPV
試料
  • 試料: transcribing cypovirus
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
キーワードdsRNA virus Reoviridae transcribing cypovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid
類似検索 - 分子機能
: / Viral structural protein 5 / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / : / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain ...: / Viral structural protein 5 / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / : / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 1 / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 2 / : / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral structural protein 5 / VP1 / Capsid protein VP1 / Structural protein VP3
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yang C / Ji G / Liu H / Zhang K / Liu G / Sun F / Zhu P / Cheng L
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structure of a transcribing cypovirus.
著者: Chongwen Yang / Gang Ji / Hongrong Liu / Kai Zhang / Guangqiao Liu / Fei Sun / Ping Zhu / Lingpeng Cheng /
要旨: Double-stranded RNA viruses in the family Reoviridae are capable of transcribing and capping nascent mRNA within an icosahedral viral capsid that remains intact throughout repeated transcription ...Double-stranded RNA viruses in the family Reoviridae are capable of transcribing and capping nascent mRNA within an icosahedral viral capsid that remains intact throughout repeated transcription cycles. However, how the highly coordinated mRNA transcription and capping process is facilitated by viral capsid proteins is still unknown. Cypovirus provides a good model system for studying the mRNA transcription and capping mechanism of viruses in the family Reoviridae. Here, we report a full backbone model of a transcribing cypovirus built from a near-atomic-resolution density map by cryoelectron microscopy. Compared with the structure of a nontranscribing cypovirus, the major capsid proteins of transcribing cypovirus undergo a series of conformational changes, giving rise to structural changes in the capsid shell: (i) an enlarged capsid chamber, which provides genomic RNA with more flexibility to move within the densely packed capsid, and (ii) a widened peripentonal channel in the capsid shell, which we confirmed to be a pathway for nascent mRNA. A rod-like structure attributable to a partially resolved nascent mRNA was observed in this channel. In addition, conformational change in the turret protein results in a relatively open turret at each fivefold axis. A GMP moiety, which is transferred to 5'-diphosphorylated mRNA during the mRNA capping reaction, was identified in the pocket-like guanylyltransferase domain of the turret protein.
履歴
登録2011年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月11日-
マップ公開2012年3月26日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j17
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j17
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5376_1.jpg

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 695.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered twofold view of transcribing CPV
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 430.56 Å		1.2 Å/pix.
x 720 pix.
= 861.12 Å		1.2 Å/pix.
x 720 pix.
= 861.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.196 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.6 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-10.0372839 - 15.12658882
平均 (標準偏差)0.0000934 (±1.00155878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-3600
サイズ720720360
Spacing720720360
セルA: 861.12 Å / B: 861.12 Å / C: 430.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1961.1961.196
M x/y/z720720360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z861.120861.120430.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-360-3600
NC/NR/NS720720360
D min/max/mean-10.03715.1270.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : transcribing cypovirus

全体名称: transcribing cypovirus
要素
  • 試料: transcribing cypovirus
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)

-
超分子 #1000: transcribing cypovirus

超分子名称: transcribing cypovirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5

-
超分子 #1: Bombyx mori cypovirus 1

超分子名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: cypovirus / NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cypovirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: cypovirus
宿主生物種: Bombyx mori (カイコ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 650 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: 300 mesh quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot Mark IV / 手法: blotted for 4s

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 92 K
詳細parallel beam
日付2011年7月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 845 / 平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 125390 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダー: Titan Krios / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMIRS and ISAF / 使用した粒子像数: 8000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る