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- EMDB-53679: Local refinement of the N-terminal domain (NTD) and receptor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53679
タイトルLocal refinement of the N-terminal domain (NTD) and receptor binding domain (RBD) from the Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV) Spike in the closed conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Spike
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCoronavirus / Spike / Entry / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HEV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HEV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Fernandez I / Rey FA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Dipeptidase 1 is a functional receptor for a porcine coronavirus.
著者: Jérémy Dufloo / Ignacio Fernández / Atousa Arbabian / Ahmed Haouz / Nigel Temperton / Luis G Gimenez-Lirola / Félix A Rey / Rafael Sanjuán /
要旨: Coronaviruses of the subgenus Embecovirus include several important pathogens, such as the human seasonal coronaviruses HKU1 and OC43, bovine coronavirus and porcine haemagglutinating ...Coronaviruses of the subgenus Embecovirus include several important pathogens, such as the human seasonal coronaviruses HKU1 and OC43, bovine coronavirus and porcine haemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV). While sialic acid is thought to be required for embecovirus entry, protein receptors remain unknown for most of these viruses. Here we show that PHEV does not require sialic acid for entry and instead uses dipeptidase 1 (DPEP1) as a receptor. Cryo-electron microscopy at 3.4-4.4 Å resolution revealed that, unlike other embecoviruses, PHEV displays both open and closed conformations of its spike trimer at steady state. The spike receptor-binding domain (RBD) exhibits extremely high sequence variability across embecoviruses, and we found that DPEP1 usage is specific to PHEV. In contrast, the X-ray structure of the RBD-DPEP1 complex at 2.25 Å showed that the structural elements involved in receptor binding are conserved, highlighting the remarkable versatility of this structural organization in adopting novel receptor specificities.
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53679.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 252 pix.
= 292.32 Å		1.16 Å/pix.
x 252 pix.
= 292.32 Å		1.16 Å/pix.
x 252 pix.
= 292.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0675
最小 - 最大-0.11664796 - 0.31360662
平均 (標準偏差)-0.001173947 (±0.006528896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ252252252
Spacing252252252
セルA=B=C: 292.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53679_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map sharpened with DeepEMhancer

ファイルemd_53679_additional_1.map
注釈Map sharpened with DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53679_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53679_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike

全体名称: Spike
要素
  • 複合体: Spike
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Spike

超分子名称: Spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Trimeric protein obtained by recombinant expression
由来(天然)生物種: Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス)
分子量理論値: 147.88475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VLGDLKCNTS SINDVDTGVP SISSEVVDVT NGLGTFYVLD RVYLNTTLLL NGYYPISGAT FRNMALKGTR LLSTLWFKPP FLSPFNDGI FAKVKNSRFF KDGVIYSEFP AITIGSTFVN TSYSIVVEPH TLLINGNLQG LLQISVCQYT MCEYPHTICH P NLGNQRIE ...文字列:
VLGDLKCNTS SINDVDTGVP SISSEVVDVT NGLGTFYVLD RVYLNTTLLL NGYYPISGAT FRNMALKGTR LLSTLWFKPP FLSPFNDGI FAKVKNSRFF KDGVIYSEFP AITIGSTFVN TSYSIVVEPH TLLINGNLQG LLQISVCQYT MCEYPHTICH P NLGNQRIE LWHYDTDVVS CLYRRNFTYD VNADYLYFHF YQEGGTFYAY FTDTGFVTKF LFKLYLGTVL SHYYVMPLTC DS ALSLEYW VTPLTTRQFL LAFDQDGVLY HAVDCASDFM SEIMCKTSSI TPPTGVYELN GYTVQPVATV YRRIPDLPNC DIE AWLNSK TVSSPLNWER KIFSNCNFNM GRLMSFIQAD SFGCNNIDAS RLYGMCFGSI TIDKFAIPNS RKVDLQVGKS GYLQ SFNYK IDTAVSSCQL YYSLPAANVS VTHYNPSSWN RRYGFNNQSF GSRGLHDAVY SQQCFNTPNT YCPCRTSQCI GGAGT GTCP VGTTVRKCFA AVTNATKCTC WCQPDPSTYK GVNAWTCPQS KVSIQPGQHC PGLGLVEDDC SGNPCTCKPQ AFIGWS SET CLQNGRCNIF ANFILNDVNS GTTCSTDLQQ GNTNITTDVC VNYDLYGITG QGILIEVNAT YYNSWQNLLY DSSGNLY GF RDYLSNRTFL IRSCYSGRVS AVFHANSSEP ALMFRNLKCS HVFNNTILRQ IQLVNYFDSY LGCVVNAYNN TASAVSTC D LTVGSGYCVD YVTALRSRRS FTTGYRFTNF EPFAVNLVND SIEPVGGLYE IQIPSEFTIG NLEEFIQTSS PKVTIDCAT FVCGDYAACR QQLAEYGSFC ENINAILIEV NELLDTTQLQ VANSLMNGVT LSTKIKDGIN FNVDDINFSP VLGCLGSECN RASTRSAIE DLLFDKVKLS DVGFVQAYNN CTGGAEIRDL ICVQSYNGIK VLPPLLSENQ ISGYTLAATA ASLFPPWTAA A GVPFYLNV QYRINGLGVT MDVLSQNQKL IASAFNNALD AIQEGFDATN SALVKIQSVV NANAEALNNL LQQLSNRFGA IS ASLQEIL SRLDALEAKA QIDRLINGRL TALNAYVSQQ LSDSTLVKFS AAQAMEKVNE CVKSQSSRIN FCGNGNHIIS LVQ NAPYGL YFIHFSYVPT KYVTAKVSPG LCIAGDIGIS PKSGYFINVN NSWMFTGSGY YYPEPITQNN VVMMSTCAVN YTKA PDLML NTSTPNLPDF KEELYQWFKN QSSVAPDLSL DYINVTFLDL QDEMNRLQEA IKVLNGSGYI PEAPRDGQAY VRKDG EWVL LSTFLGSLVP RGSHHHHHHH HSAWSHPQFE KGTGGLNDIF EAQKIEWHE

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: Tris 10 mM, NaCl 100 mM, pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 240000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160524
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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