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万見
- EMDB-5357: Expansion Intermediates of the Bacteriophage phi6 Procapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5357
タイトルExpansion Intermediates of the Bacteriophage phi6 Procapsid
マップデータThis is an expansion intermediate of the bacteriophage phi6 procapsid that was obtained by partial release of RNA from already packaged capsids.
試料
  • 試料: Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6
  • ウイルス: Bacteriophage phi6 (ファージ)
キーワードdsRNA virus / Cystoviridae / capsid / expansion intermediate / segmented genome
生物種Bacteriophage phi6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Nemecek D / Cheng N / Qiao J / Mindich L / Steven AC / Heymann JB
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Stepwise expansion of the bacteriophage ϕ6 procapsid: possible packaging intermediates.
著者: Daniel Nemecek / Naiqian Cheng / Jian Qiao / Leonard Mindich / Alasdair C Steven / J Bernard Heymann /
要旨: The initial assembly product of bacteriophage ϕ6, the procapsid, undergoes major structural transformation during the sequential packaging of its three segments of single-stranded RNA. The ...The initial assembly product of bacteriophage ϕ6, the procapsid, undergoes major structural transformation during the sequential packaging of its three segments of single-stranded RNA. The procapsid, a compact icosahedrally symmetric particle with deeply recessed vertices, expands to the spherical mature capsid, increasing the volume available to accommodate the genome by 2.5-fold. It has been proposed that expansion and packaging are linked, with each stage in expansion presenting a binding site for a particular RNA segment. To investigate procapsid transformability, we induced expansion by acidification, heating, and elevated salt concentration. Cryo-electron microscopy reconstructions after all three treatments yielded the same partially expanded particle. Analysis by cryo-electron tomography showed that all vertices of a given capsid were either in a compact or an expanded state, indicating a highly cooperative transition. To benchmark the mature capsid, we analyzed filled (in vivo packaged) capsids. When these particles were induced to release their RNA, they reverted to the same intermediate state as expanded procapsids (intermediate 1) or to a second, further expanded state (intermediate 2). This partial reversibility of expansion suggests that the mature spherical capsid conformation is obtained only when sufficient outward pressure is exerted by packaged RNA. The observation of two intermediates is consistent with the proposed three-step packaging process. The model is further supported by the observation that a mutant capable of packaging the second RNA segment without previously packaging the first segment has enhanced susceptibility for switching spontaneously from the procapsid to the first intermediate state.
履歴
登録2011年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月23日-
マップ公開2012年5月23日-
更新2012年5月23日-
現状2012年5月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.58
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5357_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an expansion intermediate of the bacteriophage phi6 procapsid that was obtained by partial release of RNA from already packaged capsids.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.63 Å/pix.
x 260 pix.
= 683.259 Å		2.63 Å/pix.
x 260 pix.
= 683.259 Å		2.63 Å/pix.
x 260 pix.
= 683.259 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62792 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.58 / ムービー #1: 1.58
最小 - 最大-6.07369328 - 6.17716789
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-130-130-130
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 683.25916 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.62791923076922.62791923076922.6279192307692
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z683.259683.259683.259
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-130-130-130
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-6.0746.1770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6

全体名称: Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6
要素
  • 試料: Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6
  • ウイルス: Bacteriophage phi6 (ファージ)

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超分子 #1000: Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6

超分子名称: Expansion Intermediate 2 of the P1247 Procapsid of Bacteriophage phi6
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Icosahedral shell of P1 dimers with P2, P4 and P7 subunits
Number unique components: 4
分子量理論値: 12.6 MDa

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超分子 #1: Bacteriophage phi6

超分子名称: Bacteriophage phi6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage phi6 / 生物種: Bacteriophage phi6 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Bacteriophage phi6
宿主生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 12.6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: P1 / 直径: 420 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM potassium phosphate, 1 mM MgCl2, 100 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil 2/2/400 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA KF80 / 詳細: Vitrification instrument: Reichert - Jung KF80

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2008年9月23日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 52 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48327 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細class 3 of 3 from multi-reference alignment
CTF補正詳細: phase flip particle images
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft / 使用した粒子像数: 496
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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