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万見
- EMDB-5353: The 3D volume of the Birnavirus, Espirito Santo Virus. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5353
タイトルThe 3D volume of the Birnavirus, Espirito Santo Virus.
マップデータThis is the 3D volume of the Birnavirus, Espirito Santo Virus
試料
  • 試料: Espirito Santo Virus
  • ウイルス: Espirito Santo virus (ウイルス)
キーワードBirnavirus / cryoEM
生物種Espirito Santo virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Vancini R / Paredes A / Ribeiro M / Blackburn K / Ferreira D / Kononchik J / Hernandez R / Brown D
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Espirito Santo virus: a new birnavirus that replicates in insect cells.
著者: Ricardo Vancini / Angel Paredes / Mariana Ribeiro / Kevin Blackburn / Davis Ferreira / Joseph P Kononchik / Raquel Hernandez / Dennis Brown /
要旨: Espirito Santo virus (ESV) is a newly discovered virus recovered as contamination in a sample of a virulent strain of dengue-2 virus (strain 44/2), which was recovered from a patient in the state of ...Espirito Santo virus (ESV) is a newly discovered virus recovered as contamination in a sample of a virulent strain of dengue-2 virus (strain 44/2), which was recovered from a patient in the state of Espirito Santo, Brazil, and amplified in insect cells. ESV was found to be dependent upon coinfection with a virulent strain of dengue-2 virus and to replicate in C6/36 insect cells but not in mammalian Vero cells. A sequence of the genome has been produced by de novo assembly and was not found to match to any known viral sequence. An incomplete match to the nucleotide sequence of the RNA-dependent RNA polymerase from Drosophila X virus (DXV), another birnavirus, could be detected. Mass spectrometry analysis of ESV proteins found no matches in the protein data banks. However, peptides recovered by mass spectrometry corresponded to the de novo-assembled sequence by BLAST analysis. The composition and three-dimensional structure of ESV are presented, and its sequence is compared to those of other members of the birnavirus family. Although the virus was found to belong to the family Birnaviridae, biochemical and sequence information for ESV differed from that of DXV, the representative species of the genus Entomobirnavirus. Thus, significant differences underscore the uniqueness of this infectious agent, and its relationship to the coinfecting virus is discussed.
履歴
登録2011年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月28日-
マップ公開2012年1月23日-
更新2012年2月7日-
現状2012年2月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5353_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5353.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 141.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3D volume of the Birnavirus, Espirito Santo Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.29 Å/pix.
x 336 pix.
= 769.44 Å		2.29 Å/pix.
x 336 pix.
= 769.44 Å		2.29 Å/pix.
x 336 pix.
= 769.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.29 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.28 / ムービー #1: 1.28
最小 - 最大-8.09881592 - 9.754880910000001
平均 (標準偏差)0.14425604 (±1.28415811)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-168-168-168
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 769.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.292.292.29
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z769.440769.440769.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-168-168-168
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-8.0999.7550.144

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Espirito Santo Virus

全体名称: Espirito Santo Virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Espirito Santo Virus
  • ウイルス: Espirito Santo virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Espirito Santo Virus

超分子名称: Espirito Santo Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Espirito Santo virus

超分子名称: Espirito Santo virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: ESV / NCBI-ID: 1127767 / 生物種: Espirito Santo virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: ESV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 750 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1.5% glutaraldehyde, 20mM HEPES, pH 7.5
グリッド詳細: 400 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home made plunger. Vitrification carried out using home made lacey carbon films according to previously published protocols
手法: Applied specimen to lacey carbon grids, blotted from behind and plunged into cryogen after 2-3 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected using power spectrum
日付2010年6月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 199 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Screw ring cartidge / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using e2boxer.py in the EMAN2 suite of programs
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 5928

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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