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万見
- EMDB-53397: Turnip Crinkle Virus: virions (TCV-M) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53397
タイトルTurnip Crinkle Virus: virions (TCV-M)
マップデータSharpened map at 3.43 A resolution used for model building and refinement
試料
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードssRNA plant virus / icosahedral / RNA packaging / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Saunders K / Shah S / Peyret H / Meshcheriakova Y / Richardson J / Eltschkner S / Lawson DM / Lomonossoff G
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y005732/1 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: The Specificity of RNA Packaging in Isometric RNA Plant Viruses is Principally Determined by Replication.
著者: Keith Saunders / Sachin N Shah / Hadrien Peyret / Yulia Meshcheriakova / Jake Richardson / Sandra Eltschkner / David M Lawson / George P Lomonossoff /
要旨: A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus ...A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus (TCV) and satellite tobacco necrosis virus-1 (STNV-1). Expression of the coat proteins from the subgenomic RNA derived from the replicating PVX genome results in the efficient production of virus-like particles (VLPs), indistinguishable in structure from native virus particles, and encapsidation of both the subgenomic RNA and truncated versions of the replicating genomic RNA. Non-specific encapsidation of host RNA (which is not replicating) could not be detected in this system, implying that replication is the major determinant of packaging in isometric as well as filamentous positive-strand RNA plant viruses. We further utilised the system to investigate the role of putative packaging signals previously identified within the coat protein open reading frames of both TCV and STNV-1. The results show that eliminating the hairpin structures previously identified as packaging signals has no detectable effect on the specificity of RNA packaging. Replacement of the 213 nucleotide sequence within the TCV coat protein coding region, believed to be important for genomic packaging, with an equivalent sequence codon-optimised for Plasmodium falciparum resulted in less efficient capsid formation and RNA packaging, but did not alter packaging specificity; addition of copies of the wild-type sequence did not complement the defects. We propose that replication is the major determinant of genome packaging specificity in plant RNA viruses, while packaging signals may play a role in packaging efficiency.
履歴
登録2025年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map at 3.43 A resolution used for model building and refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.26 Å/pix.
x 560 pix.
= 704.984 Å		1.26 Å/pix.
x 560 pix.
= 704.984 Å		1.26 Å/pix.
x 560 pix.
= 704.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2589 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.37311304 - 0.76814973
平均 (標準偏差)0.0014260543 (±0.02703926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 704.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53397_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_53397_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_53397_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_53397_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Turnip crinkle virus

全体名称: Turnip crinkle virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Turnip crinkle virus

超分子名称: Turnip crinkle virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: In the manuscript, this sample is designated TCV-M. The complete P38 coat protein gene was inserted into the pBin61 vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana ...詳細: In the manuscript, this sample is designated TCV-M. The complete P38 coat protein gene was inserted into the pBin61 vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harbouring this vector.
NCBI-ID: 11988 / 生物種: Turnip crinkle virus / Sci species strain: M / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa (カブラ)
分子量理論値: 6.86 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Turnip crinkle virus (ウイルス) / 株: M
分子量理論値: 38.170941 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MENDPRVRKF ASDGAQWAIK WQKKGWSTLT SRQKQTARAA MGIKLSPVAQ PVQKVTRLSA PVALAYREVS TQPRVSTARD GITRSGSEL ITTLKKNTDT EPKYTTAVLN PSEPGTFNQL IKEAAQYEKY RFTSLRFRYS PMSPSTTGGK VALAFDRDAA K PPPNDLAS ...文字列:
MENDPRVRKF ASDGAQWAIK WQKKGWSTLT SRQKQTARAA MGIKLSPVAQ PVQKVTRLSA PVALAYREVS TQPRVSTARD GITRSGSEL ITTLKKNTDT EPKYTTAVLN PSEPGTFNQL IKEAAQYEKY RFTSLRFRYS PMSPSTTGGK VALAFDRDAA K PPPNDLAS LYNIEGCVSS VPWTGFILTV PTDSTDRFVA DGISDPKLVD FGKLIMATYG QGANDAAQLG EVRVEYTVQL KN RTGSTSD AQIGDFAGVK DGPRLVSWSK TKGTAGWEHD CHFLGTGNFS LTLFYEKAPV SGLENADASD FSVLGEAAAG SVQ WAGVKV AERGQGVKMV TTEEQPKGKW QALRI

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
詳細: glow discharged for 60 seconds at 8 mA using an ACE 200 (Leica Microsystems)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2384 / 平均露光時間: 3.46 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN ELSA 698 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 22567
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9qvf

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 9981
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
詳細: 3 ab initio classes fed directly into heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9qvf


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 83
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9qvg:
Turnip Crinkle Virus: virions (TCV-M)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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