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万見
- EMDB-5334: TRPA1 channel structure at 16A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5334
タイトルTRPA1 channel structure at 16A resolution
マップデータThis is a TRPA1 channel map at 16A.
試料
  • 試料: TRPA1 channel
  • タンパク質・ペプチド: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Cvetkov TL / Huynh KW / Cohen MR / Moiseenkova-Bell VY
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: Molecular architecture and subunit organization of TRPA1 ion channel revealed by electron microscopy.
著者: Teresa L Cvetkov / Kevin W Huynh / Matthew R Cohen / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a non-selective ion channel, which is expressed in nociceptor sensory neurons and transduces chemical, inflammatory, and neuropathic pain signals. ...Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a non-selective ion channel, which is expressed in nociceptor sensory neurons and transduces chemical, inflammatory, and neuropathic pain signals. Numerous non-reactive compounds and electrophilic compounds, such as endogenous inflammatory mediators and exogenous pungent chemicals, can activate TRPA1. Here we report a 16-Å resolution structure of purified, functional, amphipol-stabilized TRPA1 analyzed by single-particle EM. Molecular models of the N and C termini of the channel were generated using the I-TASSER protein structure prediction server and docked into the EM density to provide insight into the TRPA1 subunit organization. This structural analysis suggests a location for critical N-terminal cysteine residues involved in electrophilic activation at the interface between neighboring subunits. Our results indicate that covalent modifications within this pocket may alter interactions between subunits and promote conformational changes that lead to channel activation.
履歴
登録2011年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年9月6日-
マップ公開2011年9月13日-
更新2011年9月13日-
現状2011年9月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5334_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a TRPA1 channel map at 16A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 544. Å		3.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 544. Å		3.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 544. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.199999999999999 / ムービー #1: 9.2
最小 - 最大-11.9779 - 22.479700000000001
平均 (標準偏差)0.055064 (±1.58362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 544 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.43.43.4
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z544.000544.000544.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-11.97822.4800.055

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPA1 channel

全体名称: TRPA1 channel
要素
  • 試料: TRPA1 channel
  • タンパク質・ペプチド: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

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超分子 #1000: TRPA1 channel

超分子名称: TRPA1 channel / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: Tetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 536 KDa / 理論値: 525 KDa / 手法: Gel filtration

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分子 #1: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

分子名称: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TRPA1 / コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: house mouse / 細胞中の位置: Plasma Membrane
分子量実験値: 536 KDa / 理論値: 525 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: YeP

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1.0 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: TRPA1 was adsorbed on carbon-film coated copper grids, washed with 3 droplets of pure water and subsequently stained with 1% uranyl acetate.
グリッド詳細: 400 mesh copper grids with carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
日付2011年5月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 55000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each image
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 8505
最終 2次元分類クラス数: 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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