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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5334 | |||||||||
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タイトル | TRPA1 channel structure at 16A resolution | |||||||||
マップデータ | This is a TRPA1 channel map at 16A. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cvetkov TL / Huynh KW / Cohen MR / Moiseenkova-Bell VY | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011 タイトル: Molecular architecture and subunit organization of TRPA1 ion channel revealed by electron microscopy. 著者: Teresa L Cvetkov / Kevin W Huynh / Matthew R Cohen / Vera Y Moiseenkova-Bell / 要旨: Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a non-selective ion channel, which is expressed in nociceptor sensory neurons and transduces chemical, inflammatory, and neuropathic pain signals. ...Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a non-selective ion channel, which is expressed in nociceptor sensory neurons and transduces chemical, inflammatory, and neuropathic pain signals. Numerous non-reactive compounds and electrophilic compounds, such as endogenous inflammatory mediators and exogenous pungent chemicals, can activate TRPA1. Here we report a 16-Å resolution structure of purified, functional, amphipol-stabilized TRPA1 analyzed by single-particle EM. Molecular models of the N and C termini of the channel were generated using the I-TASSER protein structure prediction server and docked into the EM density to provide insight into the TRPA1 subunit organization. This structural analysis suggests a location for critical N-terminal cysteine residues involved in electrophilic activation at the interface between neighboring subunits. Our results indicate that covalent modifications within this pocket may alter interactions between subunits and promote conformational changes that lead to channel activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5334.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5334-v30.xml emd-5334.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5334_1.png | 133.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5334 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5334_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5334_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5334_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a TRPA1 channel map at 16A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPA1 channel
全体 | 名称: TRPA1 channel |
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要素 |
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-超分子 #1000: TRPA1 channel
超分子 | 名称: TRPA1 channel / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: Tetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 536 KDa / 理論値: 525 KDa / 手法: Gel filtration |
-分子 #1: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
分子 | 名称: transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TRPA1 / コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: house mouse / 細胞中の位置: Plasma Membrane |
分子量 | 実験値: 536 KDa / 理論値: 525 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: YeP |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1.0 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: TRPA1 was adsorbed on carbon-film coated copper grids, washed with 3 droplets of pure water and subsequently stained with 1% uranyl acetate. |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grids with carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
日付 | 2011年5月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 55000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each image |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 8505 |
最終 2次元分類 | クラス数: 218 |