[日本語] English
万見
- EMDB-53200: Structure of the transmembrane domain of full-length Ist2 at low ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53200
タイトルStructure of the transmembrane domain of full-length Ist2 at low resolution
マップデータSharp map Ist2fl TM domain
試料
  • 複合体: Homodimeric transmembrane domain of Ist2
    • タンパク質・ペプチド: Increased sodium tolerance protein 2
キーワードlipid Transport / membrane contact sites / scramblase / TMEM16 protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / cellular bud membrane / endoplasmic reticulum membrane organization / regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation / cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / Neutrophil degranulation / chloride transmembrane transport / cell periphery / protein localization to plasma membrane ...Stimuli-sensing channels / cellular bud membrane / endoplasmic reticulum membrane organization / regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation / cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / Neutrophil degranulation / chloride transmembrane transport / cell periphery / protein localization to plasma membrane / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Increased sodium tolerance protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Arndt M / Dutzler R
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_215236 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for lipid transport at membrane contact sites by the IST2-OSH6 complex.
著者: Melanie Arndt / Angela Schweri / Raimund Dutzler /
要旨: Membrane contact sites are hubs for interorganellar lipid transport within eukaryotic cells. As a principal tether bridging the endoplasmic reticulum (ER) and the plasma membrane in Saccharomyces ...Membrane contact sites are hubs for interorganellar lipid transport within eukaryotic cells. As a principal tether bridging the endoplasmic reticulum (ER) and the plasma membrane in Saccharomyces cerevisiae, the protein IST2 has a major role during lipid transport between both compartments. Here, we show a comprehensive investigation elucidating the structural and mechanistic properties of IST2 and its interaction with the soluble lipid transfer protein OSH6. The ER-embedded transmembrane domain of IST2 is homologous to the TMEM16 family and acts as a constitutively active lipid scramblase. The extended C terminus binds to the plasma membrane and the phosphatidylserine-phosphatidylinositol 4-phosphate exchanger OSH6. Through cellular growth assays and biochemical and structural studies, we characterized the interaction between both proteins and show that OSH6 remains associated with IST2 during lipid shuttling between membranes. These results highlight the role of the IST2-OSH6 complex in lipid trafficking and offer initial insights into the relevance of scramblases for carrier-like lipid transport mechanisms.
履歴
登録2025年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53200.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp map Ist2fl TM domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312.48 Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312.48 Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.0017796699 - 2.312692
平均 (標準偏差)0.0007624756 (±0.020783423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 312.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half-map Ist2fl TM domain

ファイルemd_53200_half_map_1.map
注釈Half-map Ist2fl TM domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map Ist2fl TM domain

ファイルemd_53200_half_map_2.map
注釈Half-map Ist2fl TM domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Homodimeric transmembrane domain of Ist2

全体名称: Homodimeric transmembrane domain of Ist2
要素
  • 複合体: Homodimeric transmembrane domain of Ist2
    • タンパク質・ペプチド: Increased sodium tolerance protein 2

-
超分子 #1: Homodimeric transmembrane domain of Ist2

超分子名称: Homodimeric transmembrane domain of Ist2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
分子 #1: Increased sodium tolerance protein 2

分子名称: Increased sodium tolerance protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 112.529805 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPEQ KLISEEDLGT LEVLFQGPSS QTITSLDPNC VIVFNKTSSA NEKSLNVEF KRLNIHSIIE PGHDLQTSYA FIRIHQDNAK PLFSFLQNLD FIESIIPYHD TELSDDLHKL ISISKSKILE A PKQYELYN ...文字列:
MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPEQ KLISEEDLGT LEVLFQGPSS QTITSLDPNC VIVFNKTSSA NEKSLNVEF KRLNIHSIIE PGHDLQTSYA FIRIHQDNAK PLFSFLQNLD FIESIIPYHD TELSDDLHKL ISISKSKILE A PKQYELYN LSNLTNNPKQ SLYFAFLQNY IKWLIPFSFF GLSIRFLSNF TYEFNSTYSL FAILWTLSFT AFWLYKYEPF WS DRLSKYS SFSTIEFLQD KQKAQKKASS VIMLKKCCFI PVALLFGAIL LSFQLYCFAL EIFIKQIYNG PMISILSFLP TIL ICTFTP VLTVIYNKYF VEPMTKWENH SSVVNAKKSK EAKNFVIIFL SSYVPLLITL FLYLPMGHLL TAEIRTKVFN AFSI LARLP THDSDFIIDT KRYEDQFFYF IVINQLIQFS MENFVPSLVS IAQQKINGPN PNFVKAESEI GKAQLSSSDM KIWSK VKSY QTDPWGATFD LDANFKKLLL QFGYLVMFST IWPLAPFICL IVNLIVYQVD LRKAVLYSKP EYFPFPIYDK PSSVSN TQK LTVGLWNSVL VMFSILGCVI TATLTYMYQS CNIPGVGAHT SIHTNKAWYL ANPINHSWIN IVLYAVFIEH VSVAIFF LF SSILKSSHDD VANGIVPKHV VNVQNPPKQE VFEKIPSPEF NSNNEKELVQ RKGSANEKLH QELGEKQPAS SANGYEAH A ATHANNDPSS LSSASSPSLS SSSSSSKTGV VKAVDNDTAG SAGKKPLATE STEKRNSLVK VPTVGSYGVA GATLPETIP TSKNYYLRFD EDGKSIRDAK SSAESSNATN NNTLGTESKL LPDGDAVDAL SRKIDQIPKI AVTGGENNEN TQAKDDAATK TPLIKDANI KPVVNAAVND NQSKVSVATE QTKKTEVSTK NGPSRSISTK ETKDSARPSN NNTTTTTTTD ATQPHHHHHH H RHRDAGVK NVTNNSKTTE SSSSSSAAKE KPKHKKGLLH KLKKKLA

UniProtKB: Increased sodium tolerance protein 2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was frozen as a complex with the lipid transport protein Osh6, which binds to a disordered region of Ist2 and was therefore not found in the reconstruction of the transmembrane domain.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 62.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136329
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9hhe


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: high-resultion structure Ist2 1-716
得られたモデル

PDB-9qja:
Structure of the transmembrane domain of full-length Ist2 at low resolution

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る