EMDB-5317: FcRY dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-5317

タイトル

FcRY dimer

マップデータ

This is the cryoEM map of FcRY dimer.

試料

試料: FcRY
タンパク質・ペプチド: FcRY

キーワード

avian Fc receptor dimer

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å

データ登録者

He Y / Bjorkman PJ

引用

ジャーナル: PROC.NAT.ACAD.SCI.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of FcRY, an avian immunoglobulin receptor related to mammalian mannose receptors, and its complex with IgY.
著者: He Y / Bjorkman PJ

履歴

登録	2011年6月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2011年10月26日	-
マップ公開	2011年10月27日	-
更新	2011年10月27日	-
現状	2011年10月27日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 3.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 3.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_5317.map.gz	383.3 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-5317-v30.xml emd-5317.xml	8.5 KB 8.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_5317_1.png	67.4 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5317	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_5317_validation.pdf.gz	78 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_5317_full_validation.pdf.gz	77.1 KB	表示
XML形式データ	emd_5317_validation.xml.gz	494 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5317	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5316C 5318C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hrd-1 1v9l-d 2yfh-d 6vbp-d 6kl9-d 4r96-d 5xvi-d 3344 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_5317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 670.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

This is the cryoEM map of FcRY dimer.

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 4.24 Å

密度

表面レベル	登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大	-0.595648 - 4.04315
平均 (標準偏差)	0.0000000047407 (±1.0)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	56	56	56
Spacing	56	56	56

セル

A=B=C: 237.44 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	4.24	4.24	4.24
M x/y/z	56	56	56
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	237.440	237.440	237.440
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-62	-62	-62
NX/NY/NZ	125	125	125
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	56	56	56
D min/max/mean	-0.596	4.043	0.000

-
全体 : FcRY

全体	名称: FcRY
要素	試料: FcRY タンパク質・ペプチド: FcRY

-
超分子 #1000: FcRY

超分子	名称: FcRY / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 1
分子量	実験値: 360 KDa

-
分子 #1: FcRY

分子	名称: FcRY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FcRY / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: chcken
分子量	実験値: 180 KDa
組換発現	生物種: insect cell (unknown) / 組換プラスミド: pVL1392

-
構造解析

手法	ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	2 mg/mL
緩衝液	pH: 6 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl
染色	タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
凍結	凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI vitrobot

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI POLARA 300
温度	平均: 77 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: Gatan
撮影	カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) デジタル化 - サンプリング間隔: 4.24 µm / 平均電子線量: 20 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ	試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Frealign / 使用した粒子像数: 1883

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : FcRY

-
超分子 #1000: FcRY

-
分子 #1: FcRY

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

-添付データ

-試料の構成要素

-全体 : FcRY

-超分子 #1000: FcRY

-分子 #1: FcRY

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : FcRY

-
超分子 #1000: FcRY

-
分子 #1: FcRY

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)