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万見
- EMDB-5314: Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacteria... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5314
タイトルStructures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system
マップデータreconstructed density of the E. coli cascade complex at 8 Angstroms resolution
試料
  • 試料: E. coli Cascade complex
  • 細胞器官・細胞要素: Cascade
キーワードCascade / bacterial immune system / CRISPR / RNA-guided / ribo-nucleoprotein / ssRNA
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Wiedenheft B / Lander GC / Zhou K / Jore MM / Brouns SJJ / van der Oost J / Doudna JA / Nogales E
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system.
著者: Blake Wiedenheft / Gabriel C Lander / Kaihong Zhou / Matthijs M Jore / Stan J J Brouns / John van der Oost / Jennifer A Doudna / Eva Nogales /
要旨: Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These ...Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These repetitive loci maintain a genetic record of all prior encounters with foreign transgressors. CRISPRs are transcribed and the long primary transcript is processed into a library of short CRISPR-derived RNAs (crRNAs) that contain a unique sequence complementary to a foreign nucleic-acid challenger. In Escherichia coli, crRNAs are incorporated into a multisubunit surveillance complex called Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defence), which is required for protection against bacteriophages. Here we use cryo-electron microscopy to determine the subnanometre structures of Cascade before and after binding to a target sequence. These structures reveal a sea-horse-shaped architecture in which the crRNA is displayed along a helical arrangement of protein subunits that protect the crRNA from degradation while maintaining its availability for base pairing. Cascade engages invading nucleic acids through high-affinity base-pairing interactions near the 5' end of the crRNA. Base pairing extends along the crRNA, resulting in a series of short helical segments that trigger a concerted conformational change. This conformational rearrangement may serve as a signal that recruits a trans-acting nuclease (Cas3) for destruction of invading nucleic-acid sequences.
履歴
登録2011年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月13日-
マップ公開2011年9月12日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5314_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstructed density of the E. coli cascade complex at 8 Angstroms resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.3 Å/pix.
x 144 pix.
= 331.2 Å		2.3 Å/pix.
x 144 pix.
= 331.2 Å		2.3 Å/pix.
x 144 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-13.261092189999999 - 19.555309300000001
平均 (標準偏差)0.03946149 (±0.45303169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 331.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32.32.3
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z331.200331.200331.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-13.26119.5550.039

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli Cascade complex

全体名称: E. coli Cascade complex
要素
  • 試料: E. coli Cascade complex
  • 細胞器官・細胞要素: Cascade

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超分子 #1000: E. coli Cascade complex

超分子名称: E. coli Cascade complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: one asymmetric complex / Number unique components: 1
分子量実験値: 405 KDa / 理論値: 405 KDa / 手法: Theoretical

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超分子 #1: Cascade

超分子名称: Cascade / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Cascade / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
Ref GO0: GO:0051607
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 別称: Escherichia coli
分子量実験値: 405 KDa / 理論値: 405 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. blotting at 4 degrees C
手法: 4 microliter aliquot of purified sample placed onto C-flat that had been glow-discharged in a nitrogen atmosphere for 60 sec using an Edwards Carbon Evaporator. The grids were blotted for 3 ...手法: 4 microliter aliquot of purified sample placed onto C-flat that had been glow-discharged in a nitrogen atmosphere for 60 sec using an Edwards Carbon Evaporator. The grids were blotted for 3 seconds using a blotting offset of -1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 78 K / 最高: 78 K / 平均: 78 K
日付2010年9月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 2370 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細From an initial set of 498137 automatically selected particles. Pre-processed with Appion.
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 SPARX / 使用した粒子像数: 275573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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