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- EMDB-5278: 3D structure of a full-length type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5278
タイトル3D structure of a full-length type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor in the closed state
マップデータThis is a Cryo-EM density map of IP3R1 in the closed state.
試料
  • 試料: Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor
  • タンパク質・ペプチド: Ion channel
キーワードtype 1 inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate receptor / calcium channel / closed state / single particle cryo-EM
機能・相同性RIH domain / endoplasmic reticulum membrane
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Ludtke SJ / Tran TP / Ngo QT / Moiseenkova-Bell VY / Chiu W / Serysheva II
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Flexible architecture of IP3R1 by Cryo-EM.
著者: Steven J Ludtke / Thao P Tran / Que T Ngo / Vera Yu Moiseenkova-Bell / Wah Chiu / Irina I Serysheva /
要旨: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors (IP3Rs) play a fundamental role in generating Ca2+ signals that trigger many cellular processes in virtually all eukaryotic cells. Thus far, the three- ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors (IP3Rs) play a fundamental role in generating Ca2+ signals that trigger many cellular processes in virtually all eukaryotic cells. Thus far, the three-dimensional (3D) structure of these channels has remained extremely controversial. Here, we report a subnanometer resolution electron cryomicroscopy (cryo-EM) structure of a fully functional type 1 IP3R from cerebellum in the closed state. The transmembrane region reveals a twisted bundle of four α helices, one from each subunit, that form a funnel shaped structure around the 4-fold symmetry axis, strikingly similar to the ion-conduction pore of K+ channels. The lumenal face of IP3R1 has prominent densities that surround the pore entrance and similar to the highly structured turrets of Kir channels. 3D statistical analysis of the cryo-EM density map identifies high variance in the cytoplasmic region. This structural variation could be attributed to genuine structural flexibility of IP3R1.
履歴
登録2011年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年5月9日-
マップ公開2011年8月9日-
更新2011年9月12日-
現状2011年9月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5278.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a Cryo-EM density map of IP3R1 in the closed state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 463.36 Å		1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 463.36 Å		1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 463.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.675821 - 3.15368
平均 (標準偏差)0.043066 (±0.198278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 463.36 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z463.360463.360463.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6763.1540.043

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor

全体名称: Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor
要素
  • 試料: Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor
  • タンパク質・ペプチド: Ion channel

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超分子 #1000: Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor

超分子名称: Type 1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was frozen immediately upon channel protein purification
集合状態: Tetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Ion channel

分子名称: Ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IP3R1
詳細: IP3R1 channel was solubilized with CHAPS from rat cerebellum and purified by immunoaffinity chromatography.
コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat / 組織: Cerebellum / Organelle: Endoplasmic Reticulum Membranes / 細胞中の位置: Integral membrane protein
分子量理論値: 1.3 MDa
配列GO: endoplasmic reticulum membrane / InterPro: RIH domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.4% CHAPS, 5% sucrose, protease inhibitors
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Frozen-hydrated
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil holey grids covered with a continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot (FEI) / 手法: Blot for 2-3 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 103 K / 最高: 104 K / 平均: 103 K
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.81 µm / 実像数: 869 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細869 CCD frames
CTF補正詳細: Per particle phase-flipping with amplitude correction of class-averages
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.9
詳細: Direct Fourier Inversion based on Wiener-filtered and CTF amplitude-corrected class-averages
使用した粒子像数: 37231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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