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- EMDB-52635: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52635
タイトル50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin
マップデータ50S subunit map obtained from the Multibody refinement job of RELION.
試料
  • 複合体: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
    • RNA: x 1種
  • RNA: x 1種
  • リガンド: x 6種
キーワードRibosome / antibiotics / macrolide-resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 ...Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23 / DUF4295 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...Large ribosomal subunit protein uL23 / DUF4295 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hiregange DG / Bashan A / Yonath A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other privateTHE HELEN AND MILTON A. KIMMELMAN CENTER FOR BIOMOLECULAR STRUCTURE AND ASSEMBLY
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural studies of ribosome from an anaerobic Bacteroidetes human pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Disha-Gajanan Hiregange / Sarit Samiya / Danuta Mizgalska / Efrat Ben-Zeev / Miriam Waghalter / Andre Rivalta / K Shanmugha Rajan / Yehuda Halfon / Elinor Breiner-Goldstein / Igor Kaczmarczyk ...著者: Disha-Gajanan Hiregange / Sarit Samiya / Danuta Mizgalska / Efrat Ben-Zeev / Miriam Waghalter / Andre Rivalta / K Shanmugha Rajan / Yehuda Halfon / Elinor Breiner-Goldstein / Igor Kaczmarczyk / Aneta Sroka / Masato Taoka / Yuko Nobe / Toshiaki Isobe / Susanne Paukner / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Jan Potempa / Ada Yonath /
要旨: Porphyromonas gingivalis, an anaerobic pathogen in chronic periodontitis, belongs to the Bacteroidota phylum and is associated with various virulence factors. Its antibiotic-resistant strains and its ...Porphyromonas gingivalis, an anaerobic pathogen in chronic periodontitis, belongs to the Bacteroidota phylum and is associated with various virulence factors. Its antibiotic-resistant strains and its propensity to form biofilms pose a challenge to effective treatment. To explore therapeutic avenues, we studied the high-resolution cryogenic electron microscope structures of ribosomes from the wild-type P. gingivalis W83 and the macrolide-resistant mutant strain ermΔporN. The structural analysis revealed unique features primarily at the ribosome periphery. Together with the distinctive distribution of ribosomal RNA modifications, these findings offer insights into the therapeutical potential, such as creation of novel therapeutic compounds inhibiting the specific cellular functions of the P. gingivalis ribosomes. Moreover, the high-resolution structure of the ermΔporN ribosome in its complex with the approved antibiotic lefamulin suggests its repurposing against P. gingivalis. Furthermore, we provide a foundation for additional effective strategies to treat periodontitis and associated systemic diseases.
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52635.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈50S subunit map obtained from the Multibody refinement job of RELION.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 440 pix.
= 370.48 Å		0.84 Å/pix.
x 440 pix.
= 370.48 Å		0.84 Å/pix.
x 440 pix.
= 370.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.15341572 - 0.29371944
平均 (標準偏差)0.00028773042 (±0.0063967365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 370.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52635_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52635_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin

全体名称: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin
要素
  • 複合体: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL31B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36
    • RNA: 23S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL9
    • タンパク質・ペプチド: DUF4295 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
  • RNA: 5S rRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: Lefamulin
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin

超分子名称: 50S subunit of P. gingivalis ribosome with Lefamulin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10, #12-#32
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

+
分子 #1: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 9.027753 KDa
配列文字列:
MSKICQITGK KAMVGNNVSH SKRRTKRVFD VNLFRKKFYW VEQDCWVVLR ISAAGLRLIN KIGLDAAIKR AAEKGFLNA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 7.499825 KDa
配列文字列:
MKIAEIKELA TKELQERLDA EVAAYDQMRI NHAVSPLDSP AKLKHQRRMI AQMKTVLRQR ELNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 20.912633 KDa
配列文字列:
MSATANLKKD YQERIVPALM KQFGYTSVMQ VPVLKKIVIN QGLGMATGDK KIIDVAVSEL TAITGQKAVP TVSKKDISNF KLRKKMPIG VMVTLRREQM YEFLERLVRI ALPRIRDFKG IESKLDGRGN YTLGINEQII FPEINIDAIT KILGMNITFV T SAQSDEEG YALLKEFGLP FKNAKKQN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL31B

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL31B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 9.816323 KDa
配列文字列:
MKKGIHPENY RPVVFKDMSN EDIFITRSTM EAKETIEIDG VTYPLIKVEI SNTSHPFFTG KAKLVDTAGR VDKFMSRYGD RNKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 6.700087 KDa
配列文字列:
MAKIKIQQVR SRIRCPKDQK RTLDALGLRK LNQIVEHEAT PSILGMVNKV RHLVLIVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 6.958199 KDa
配列文字列:
MAHPKRRQSK TRTAKRRTHD KAVMPTLAKC PNCGAWHIYH TVCGDCGYYR GKLAIEKEVA V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 5.761748 KDa
配列文字列:
MKRTYQPSNR KRLNKHGFRS RMATANGRRV LAARRAKGRA KLTVSDEFVG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 7.518082 KDa
配列文字列:
MPKLKTNSGA KKRFALTGTG KIKRKHAFKS HILTKKTKKQ KRNLTYFSTV HKVDENAVKQ LLCLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein bL36

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 4.601648 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKR TPECKIVRRK GRLYVINKKN PKYKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 29.778553 KDa
配列文字列: MGIRKLKPTT PGQRHKVIGA FDKITASTPE KSLVVGKKKT GGRNNTGKMT MRYIGGGHKQ KYRFIDFKRT KDGIPATVKT IEYDPNRSS RIALLYYADG AKAYIIAPDG LEVGHTVMSG SEAAPEVGNA LPLANIPVGT IIHNIELRPG QGAKMVRSAG S FAQLTSRE ...文字列:
MGIRKLKPTT PGQRHKVIGA FDKITASTPE KSLVVGKKKT GGRNNTGKMT MRYIGGGHKQ KYRFIDFKRT KDGIPATVKT IEYDPNRSS RIALLYYADG AKAYIIAPDG LEVGHTVMSG SEAAPEVGNA LPLANIPVGT IIHNIELRPG QGAKMVRSAG S FAQLTSRE GTYVVIKMPS GEVRRILSTC KATIGSVGNS DHALEKSGKA GRSRWLGRRP HNRGVVMNPV DHPMGGGEGR QS GGHPRSR KGLYAKGLKT RAPKKHSSKY IIERRKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 21.925488 KDa
配列文字列: MPGLLGKKIG MTSVFSAEGK NLPCTVIEVG PCVVTQVKTL EKDGYSALQL GFVDAKEKHT TKPLAGHFKK ANVAPKRHLA EFKNFEGEH KLGDVLNVEF FSDADFVDVV GTSKGKGFQG VVKRHGFGGV GQATHGQHNR LRAPGAVGAC SYPAKVFKGT R MAGQMGNE ...文字列:
MPGLLGKKIG MTSVFSAEGK NLPCTVIEVG PCVVTQVKTL EKDGYSALQL GFVDAKEKHT TKPLAGHFKK ANVAPKRHLA EFKNFEGEH KLGDVLNVEF FSDADFVDVV GTSKGKGFQG VVKRHGFGGV GQATHGQHNR LRAPGAVGAC SYPAKVFKGT R MAGQMGNE RVTVQNLEVI KVMPEHNLLL VKGSVPGAKG SILLIEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 23.247879 KDa
配列文字列: MELSVYNIKG EDTGKKVVLD DSIFAIEPND HAIYLDVKQY MANQRQGTHK AKERSELSGS TRKLIRQKGS GGARRGDINS PLLSGGARV FGPRPRNYSF KLNKKLKALA RRSALSYKAK NNEIIVVEDF NFDAPKTKAF KAISAALKVG EKKVLYVLPE V NKNVYLSA ...文字列:
MELSVYNIKG EDTGKKVVLD DSIFAIEPND HAIYLDVKQY MANQRQGTHK AKERSELSGS TRKLIRQKGS GGARRGDINS PLLSGGARV FGPRPRNYSF KLNKKLKALA RRSALSYKAK NNEIIVVEDF NFDAPKTKAF KAISAALKVG EKKVLYVLPE V NKNVYLSA RNLPNTNLIL ANLINTYTVL ASKNLVLTER SVAVVNELFK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 17.075834 KDa
配列文字列:
MDTLSFKTIS ANKATVTKEW VIVDAEGQTL GRMCAKVAKL LRGKYKPNFT PHVDCGDNVI VINADKIVLS GNKWDGRIYL RHTGYPGGQ RQFTPRDFMN KGPEYLFRKV VKGMLPKNRL GAKIIGNLYV YAGTEHKHEA QQPRQLDINS LK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 15.61607 KDa
配列文字列:
MNLSSLKPAE GAVKSRKRIG RGPGSGLGGT STRGHKGAKS RSGYSKKIGF EGGQMPIQRR LPKFGFKNIN RVEYKPINLS VLQTLSEAN SLTKISVEDL IAAGLVSRNS LVKILANGTV TTALTVEAHA FSKTAEEAIV RAGGSVVKL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 16.344123 KDa
配列文字列:
MLQPKKTKFR RQQKGRMKGF AQRGNQLSFG SFGIKSLQSK WITGRQIEAA RIAVTRYMQR QGQVWVRIFP DKPITKKGEG VRMGKGKGA PEGFVAPITP GRIIFEVEGV PYEIAKEALR LAAQKLPVTT KFVVRHDYDI QNQNA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 18.074082 KDa
配列文字列:
MRHNKKFNHL GRKAAHRKAM LSNMAASLIL HKRIFTTVAK AKALRIYVEP LLTKTKEDTT HSRRIAFSYL QNKYALKELF GDVAAKIAD RPGGYTRILK TGYRLGDNAA MCFIELVDYN ENMLGEAAKK ATKTRRSRKR KSADVVVEAA PAEETPKAAE E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 12.560597 KDa
配列文字列:
MVTKEQRRQK IKARVRGKIS GTQEKPRLTV FRSNKQIYAQ LIDDIAGRTL ASASSLKLEM TGSKKEIAAK VGDEIAKAAT EAGISTVVF DRNGYLFHGR IKELADAARK GGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 14.120454 KDa
配列文字列:
MDFIKIVNEE FKSGKEHPKF NSGDTITVEY RIKEGNKERI QKYRGVVIRI SGHGDKKRFT VRKISDGIGV ERIFPIESPF IENITVEKY GKVRRAKLYY LRGLTGKKAR IKERRVALSS KD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 13.324705 KDa
配列文字列:
MPRSVNHVAS RAKRKRILKL TRGYFGARKN VWTVAKNTWE KGLTYAYRDR KSKKRNFRAL WIQRINAAAR LEGMSYSRLM GALHANGIE INRKVLADLA MNHPEAFRAI VAKVKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 11.843913 KDa
配列文字列:
MYVIVDIQGQ QMKVEQGRRL FVHHIKDVES GASVEFDKVL LVDNNGAITV GSPLVEGAKV VCEVLTPLVK GDKVLIFHKK RRKGYRKLN GHRQQFTEIL VKEVVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 15.35775 KDa
配列文字列:
MGARKHNSAE ARKEALKQMY FAKLRNVPTS PRKMRLVADM IRGMEVNRAL GVLKFSNKEA SARVEKLLRS AVANWEEKNE RKAEEGELF VSRICVDGAS TLKRLRPAPQ GRGYRIRKRS NHVTIYVDTL NNDNN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 11.116101 KDa
配列文字列:
MGIIIKPIIS EKMTAVTEKM SERYGFRVSP NANKIEIKKA VEAMYNVKVE DVNTMRYDGK RKNRYTKSGL IRGKEASFKK AIVTLKKGE TIDFFSNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 11.627664 KDa
配列文字列:
MSKLHIKKGD TVMVISGEDK GHSGRVLEVL VKEQRAIVEG LNMIKKHAKP SAKNPQGGII SKEAPIHISN LNVVDPKTGK ATRIGRRLN ENGKLVRYAK KSGEEIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 21.028605 KDa
配列文字列: MKTFQLTGTP RAEFGKKAAK AIRKEDQIPA VLYGGKGEGV NFIVSQDAVR NLIYSPEIFL VELTVEGSGS YKAILKEIQF HPVTDRIIH IDFLQVTDEK PVVMEVPVVL TGHAEGVKAG GKLSLEMRKL KVKALYSEIP EKLDIDVSDL QLGKTIQVGE L HFEGLTLM ...文字列:
MKTFQLTGTP RAEFGKKAAK AIRKEDQIPA VLYGGKGEGV NFIVSQDAVR NLIYSPEIFL VELTVEGSGS YKAILKEIQF HPVTDRIIH IDFLQVTDEK PVVMEVPVVL TGHAEGVKAG GKLSLEMRKL KVKALYSEIP EKLDIDVSDL QLGKTIQVGE L HFEGLTLM NAKNAVVCAV KLTRAARGAA VKKQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 9.244613 KDa
配列文字列:
MAHKKGVGSS KNGRESESKR LGVKVYGGEM AKAGNILVRQ RGTVHHPGEN VGIGKDHTLY ALKSGVVVFT RKKNDRSYVS IKTES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein bL9

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 19.356211 KDa
配列文字列:
MQVILKEDVV NLGYKDDIVT VKDGYGRNFL IPQGKAVIAS ESAKKVLAEN LRQRAHKIAQ IKKEAEEKAA SMQGISLTIK AKTSSTGTI FGSVTNIQIA EELAKKGVEV DRKIIVLKPA VKEVGNYTAV VRLHKEVTVE IPFEVVSENE TIIEAKPEGA P VPVAEEPA AEAEQAEVAA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #29: DUF4295 domain-containing protein

分子名称: DUF4295 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 5.559542 KDa
配列文字列:
MAKKSVATFK KGDGRTYSKV IKMVKSPKTG AYTFQEEMVP NEAVKDFFK

UniProtKB: DUF4295 domain-containing protein

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 20.389811 KDa
配列文字列:
MSRIGKLPIS IPAGVTVSHK DEIVTVKGPK GELSQYVDPR ITVVIEGGMI HLERKTDDRI ERSLHGLYRS LINNMVQGVS AGFKRELEL VGVGYRASNQ GQLLELSLGF THSIFMQLPK EVTVETKSER NKNPLIILES ADKQLLGQVC MKIRSFRKPE P YKGKGVKF VGEQIRRKSG KSAGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 13.086286 KDa
配列文字列:
MIQQESRLVV ADNSGAKEAL CIRVLGGTRR RYASVGDIIV VSVKSVIPSS DIKKGAVSKA VIVRTKKEVR RPDGSYIRFD DNACVLLNA AGDIRGSRIF GPVARELRGT NMKIVSLAPE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 7.356796 KDa
配列文字列:
MAKKVKGNRV QVILECTEHK ESGMPGISRY ITTKNRKNTT QRLELKKYNP ILRRMTLHKE IK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #10: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 934.217688 KDa
配列文字列: UAAGGGCAGA CGGUGGAUGC CUAGGCUCUC GGAGGCGAAG AAGGACGUGA UAAGCUGCGA AAAGCUGCGG GAAUCGGCAC AUACGAAUU GAUCCGCAGA UAUCCGAAUG GGGCAACCCG UCAGGCCAAG GCCUGACACA UGAAUUGAUU UCAUGAGCGA A CGCGGGGA ...文字列:
UAAGGGCAGA CGGUGGAUGC CUAGGCUCUC GGAGGCGAAG AAGGACGUGA UAAGCUGCGA AAAGCUGCGG GAAUCGGCAC AUACGAAUU GAUCCGCAGA UAUCCGAAUG GGGCAACCCG UCAGGCCAAG GCCUGACACA UGAAUUGAUU UCAUGAGCGA A CGCGGGGA ACUGAAACAU CUCAUUACCC GUAGGAGAAG AAAACAAAAG UGAUUCCCUC AGUAGUGGCG AGCGAACGGG GA UUAGCCC AAACCGGCUU UGUUUCGGCA AAGUCGGGGU AAUAGGACUU CGACAAAAGU UUAAUGAUAG AUAUAGGAGA ACC UACUGG AAAGUAUGGC CGAAGAGCAU GAAAGCUGCG UAUCCGACAU AUCGAACAAU AGACGACGGA GCACCUGAGU AGCG CGGGA CACGAGACAU CCUGUGUGAA UUGGCGGGGC CCAUCCCGUA AGGCUAAAUA CUCCCGAGAG ACCGAUAGUG AACCA GUAC CGUGAGGGAA AGGUGAAAAG AACCUCGAAC AGAGGAGUGC AAUAGACCCU GAACCCGUCU GCCUACAAGC GGUAGG AGC GCCAUUAAGG UGUGACUGCG UGCCUUUUGC AUAAUGAACC UACGAGUUAC UGUUUGUGGC AAGGUUAAUU GUUAUAA UC AAGACAAGGA GCCGAAGCGA AAGCGAGUCU UAAAAGGGCG CCCAUUUAGU CACGAGCAGU AGACGCGAAA CCAAGUGA U CUACCCUUGG UCAGGUUGAA GGUUAGGUAA CACUAACUGG AGGACCGAAU CGGUAAGCG(H2U) UGAAAAGCUU UCGAA UGAA CUGAGGGUAG GGGUGAAAGG CUAAUCAAAC UUGGAGAUAG CUCGUACUCC CCGAAAUGCA UUUAGGUGCA GCCUG (H2U)UGG AUGUUAUCAU GAGGUAGAGC GACUGAUUGG AUGCGAGGGU UUCACCGCCU AUCAAGUCCA GAUAAACUCC GA AUGCAUG AUAAUUGACC GAUGGAGUGA GGGCAUGGGU GCUAAGGUCC AUGUCCGAGA GGAGAAGAAU CCGGACCACC GGC UAAGGU CCCGAAAUAA UUGCUAAGUU GUAAAAACGA AGUCAAGAAG CAGAGACAGC UAGGAUGUUG GCUUGGAAGC AGCC AUUCA UUUAAAGAGU GCGUAACAGC UCACUAGUCG AGGAUUUUGG CAUGGAUAAU ACACGGGCAU AAGCAAUUUA CCGAA GCCG UGGGAUAUAG UUAAUAUAUC GGUAGGGGAG CAUUCCAGCG ACGUAGAAGG GAAAAGGGCG ACUUUUUCUG GAGUUU CUG GAAAAGCAAA UGUAGGUAUA AGUAACGAUA AAGGGGGCGA GAACCCCCCU CGCCGAAAGA CCAAGGUUUC CUGAUCA AC GCUAAUCGGA UCAGGGUUAG UCGGGGCCUA AGGAUAAGCC GAAUGGCGAU UCCGAUGGAA GAACCGGUUA AUAUUCCG G UACUGAUACU AGAGGCGAUG UGGUGACGGA GAAGUGACAG UCCGGCCGUC UGACGGAUUA GGCGGUUAAA GGGUGUAGA UGUUAUUCGG GGUAGGCAAA UCCGCCCUCA GAGUGCAACC UGACAGUACC GGAGUACAAG UACGAAGGGA UAAAGGACGU AACCCGGCU CCCAAGAAAA CCCGCUAAGA UAUUUCUUGU GUUACCCGUA CCGUAAACCG ACACAGGUGG UUGGGUUGAG U AUACUAAG GCGCUCGAGA GAUUCGCGGU UAAGGAACUA GGCAAAAUGG UCCUGUAACU UCGGGAGAAA GGACGCCUGU CC CGGGACA GGCCGCAGAA ACCAGGCCCA GGCGACUGUU UAACAAAAAC ACAAGGCUAU GCAAAAAAGC AAUUUGAGGU AUA UAGUCU GACACCUGCC CGGUGCUGGA AGGUUAAGAG GAGGAGUCAU GUCAAGGAGA AGCUCUGAAU UGAAGCCCCA GUAA ACGGC GCCGUAACUA UAACGGUCC(5MC) UAAGGUAGCG AAA(5MU)UCCUUG UCGGGUAAGU UCCGAC(5MC)UGC ACG AAUGGU GUAACGAUCU GGGCACUGUC UCAACCGCGA UCUCGGUGAA AUUGUAGUAU CGGUGAAGAU GCCGAUUACC CGCA ACGGG ACG(6MA)(MA6)(6MA)AGAC CCCGUGAACC UUUACUAUAG CUUUACAUUG UAUUGGGCAU CAGAUGUGUA GGA UAGGCC GGAGGCAGAG AAGCGGGUAC GCCAGUAUUC GUGGAGUCGA UGUUGAAAUA CGGCCCUUUU GAUGUUUGGG AUAC UAACU CGCGGGUGGC GAGGACAGUG UAUGGUGGGU AGUUUGACUG (OMG)GGUGGUCGC CUCCAAAAGC GUAACGGAGG C UUCUAAAG GUACCCUCAG GCCGAUUGUA AACCGGUCGC AGAGUGUAAU GGCACAAGGG UGCUUGACUG GGAGACAAAC AA GUCGCAC AGGUAGGAAA CUAGAGCAUA GUGAUCCGGU GGUCCCGCAU GGAAGGGCCA UCGCUCAAAG GAUAAAAGGU ACU CCG(2MG)GG A(OMU)AACAGGCU GAUCACUCCC AAGAGUCCAU AUCGACGGAG UGGUUUGGCA CCU(5OC)G(2MA)UG U CGGCUCGUCA CAUCCUGGGG CUGGAGAAGG UCCCAAGGGU UGGGCU(OMG)UUC GCCCAUUAAA GUGGCACGCG AGC (PSU)GGGUU CAGAACGUCG UGAGACAGU(PSU) CGGUCUCUAU CUG(H2U)UGUGGG CGCAGGAAAU UUGCGAGGGU CU GACACUA GUACGAGAGG ACCGUG(H2U)UGG ACAGACCCCU GGUUUACCGG UUGUACCGCC AGGUGCACCG CCGGGUAUC CACGUCUGGU AAGGAUAAGU GCUGAAAGCA UCUAAGCACG AAGCCGGCCU CAAGAUAAGA UUUCCAUAAA UAGGGUGGUU AAAGACUAU GACCUUGAUA GGCUGCAGGU GUAUGAUUGG UAACAAUUAA GCCGAGCAGU ACUAAUAGCC CGAACUUU

+
分子 #11: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
分子量理論値: 35.186926 KDa
配列文字列:
UCAGGUGGUU AUAACGUUGG GGAUCCACCU CUUCCCAUUC CGAACAGAGA AGUUAAGCCC AACGGUGCCG AUGGUACUGC GUCACAGUG GGAGAGUAGG ACGCCGCCGA

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 139 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #35: Lefamulin

分子名称: Lefamulin / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: 62B
分子量理論値: 507.726 Da
Chemical component information

ChemComp-62B:
Lefamulin / 薬剤, 抗生剤*YM

+
分子 #36: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 18 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #37: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 15
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #38: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1380 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 223396
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る