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- PDB-9i5v: 70S P. gingivalis ribosome erm-delta-porN strain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i5v
タイトル70S P. gingivalis ribosome erm-delta-porN strain
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 19
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
  • DUF4295 domain-containing protein
  • Ribosome-associated translation inhibitor RaiA
キーワードRIBOSOME / macrolide-resistant
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome segregation / DNA integration / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...chromosome segregation / DNA integration / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / DNA recombination / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain ...Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ribosome-associated translation inhibitor RaiA / DUF4295 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ribosome-associated translation inhibitor RaiA / DUF4295 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hiregange, D.G. / Bashan, A. / Yonath, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Other privateTHE HELEN AND MILTON A. KIMMELMAN CENTER FOR BIOMOLECULAR STRUCTURE AND ASSEMBLY イスラエル
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural studies of ribosome from an anaerobic Bacteroidetes human pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Disha-Gajanan Hiregange / Sarit Samiya / Danuta Mizgalska / Efrat Ben-Zeev / Miriam Waghalter / Andre Rivalta / K Shanmugha Rajan / Yehuda Halfon / Elinor Breiner-Goldstein / Igor Kaczmarczyk ...著者: Disha-Gajanan Hiregange / Sarit Samiya / Danuta Mizgalska / Efrat Ben-Zeev / Miriam Waghalter / Andre Rivalta / K Shanmugha Rajan / Yehuda Halfon / Elinor Breiner-Goldstein / Igor Kaczmarczyk / Aneta Sroka / Masato Taoka / Yuko Nobe / Toshiaki Isobe / Susanne Paukner / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Jan Potempa / Ada Yonath /
要旨: Porphyromonas gingivalis, an anaerobic pathogen in chronic periodontitis, belongs to the Bacteroidota phylum and is associated with various virulence factors. Its antibiotic-resistant strains and its ...Porphyromonas gingivalis, an anaerobic pathogen in chronic periodontitis, belongs to the Bacteroidota phylum and is associated with various virulence factors. Its antibiotic-resistant strains and its propensity to form biofilms pose a challenge to effective treatment. To explore therapeutic avenues, we studied the high-resolution cryogenic electron microscope structures of ribosomes from the wild-type P. gingivalis W83 and the macrolide-resistant mutant strain ermΔporN. The structural analysis revealed unique features primarily at the ribosome periphery. Together with the distinctive distribution of ribosomal RNA modifications, these findings offer insights into the therapeutical potential, such as creation of novel therapeutic compounds inhibiting the specific cellular functions of the P. gingivalis ribosomes. Moreover, the high-resolution structure of the ermΔporN ribosome in its complex with the approved antibiotic lefamulin suggests its repurposing against P. gingivalis. Furthermore, we provide a foundation for additional effective strategies to treat periodontitis and associated systemic diseases.
履歴
登録2025年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Small ribosomal subunit protein bS18
1: Large ribosomal subunit protein uL29
0: Large ribosomal subunit protein bL28
11: Large ribosomal subunit protein uL5
12: Large ribosomal subunit protein bL31B
13: Large ribosomal subunit protein uL6
14: Ribosome-associated translation inhibitor RaiA
2: Large ribosomal subunit protein uL30
4: Large ribosomal subunit protein bL32
5: Large ribosomal subunit protein bL33
6: Large ribosomal subunit protein bL34
7: Large ribosomal subunit protein bL35
8: Large ribosomal subunit protein bL36
9: Small ribosomal subunit protein bS21
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
D: Large ribosomal subunit protein uL2
E: Large ribosomal subunit protein uL3
F: Large ribosomal subunit protein uL4
K: Small ribosomal subunit protein uS10
L: Small ribosomal subunit protein uS11
M: Large ribosomal subunit protein uL13
N: Large ribosomal subunit protein uL14
O: Large ribosomal subunit protein uL15
P: Large ribosomal subunit protein uL16
Q: Large ribosomal subunit protein bL17
R: Large ribosomal subunit protein uL18
S: Large ribosomal subunit protein bL19
T: Large ribosomal subunit protein bL20
U: Large ribosomal subunit protein bL21
V: Large ribosomal subunit protein uL22
W: Large ribosomal subunit protein uL23
X: Large ribosomal subunit protein uL24
Y: Large ribosomal subunit protein bL25
Z: Large ribosomal subunit protein bL27
a: 16S rRNA
b: Small ribosomal subunit protein bS6
c: Small ribosomal subunit protein bS16
d: Small ribosomal subunit protein bS20
e: Small ribosomal subunit protein uS17
f: Small ribosomal subunit protein uS15
g: Small ribosomal subunit protein uS14
h: Large ribosomal subunit protein bL9
i: Small ribosomal subunit protein uS13
j: Small ribosomal subunit protein uS12
k: Small ribosomal subunit protein uS3
l: Small ribosomal subunit protein uS4
m: Small ribosomal subunit protein uS7
n: Small ribosomal subunit protein uS5
o: Small ribosomal subunit protein uS8
15: DUF4295 domain-containing protein
10: AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
p: Small ribosomal subunit protein uS19
J: Small ribosomal subunit protein uS9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,203,000232
ポリマ－2,198,23954
非ポリマー4,761178
水18,1051005
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 I9KLbcdefgijklmnopJ

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 10644.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RIG4
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S21


分子量: 7432.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MX34
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11468.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLZ3
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13857.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLW7
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S6


分子量: 13613.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RIG3
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 20703.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MT66
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9711.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RHR8
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 10020.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY3
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10584.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLH2
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 9970.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLX9
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 14023.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLW8
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 14802.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTK9
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 27620.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY6
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 22969.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLW6
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 18134.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTL0
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17870.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTN0
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14823.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLX8
#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 9929.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY8
#54: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14556.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RL63

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 10111213245678DEFMNOPQRSTUVWXYZh

#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7499.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY4
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RM15
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20912.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY0
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B / 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9816.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RIG0
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 20389.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLX7
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6700.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLX4
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6958.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RH62
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 7356.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RM14
#11: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5761.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RIL8
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7518.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RJD8
#13: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L36


分子量: 4601.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLW9
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29778.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY9
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 21925.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLZ2
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 23247.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTL4
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 17075.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MX43
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13086.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY2
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15616.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTN2
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 16344.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY5
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 18074.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLW4
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12560.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MTM9
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 14120.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RGQ9
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13324.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MVQ8
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11843.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MX95
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 15357.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY7
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11116.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A134DR82
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11627.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLY1
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21028.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RHF3
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9244.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RLC1
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 19356.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: B2RIG5

-
タンパク質 , 1種, 1分子 14

#7: タンパク質 Ribosome-associated translation inhibitor RaiA


分子量: 46441.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAE9X5J6

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa

#15: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 936466.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
#16: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 35186.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
#36: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 496748.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 1510

#51: タンパク質・ペプチド DUF4295 domain-containing protein


分子量: 5559.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAE9XCN0
#52: タンパク質・ペプチド AURKAIP1/COX24 domain-containing protein


分子量: 3827.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MV43

-
非ポリマー , 4種, 1183分子

#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#57: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#58: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S P. gingivalis ribosome erm-delta-porN strain / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155090 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006131113
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.676196032
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.59151324
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04125212
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00510643

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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