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- EMDB-52601: Csu pilus rod type 1 stack -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52601
タイトルCsu pilus rod type 1 stack
マップデータCsu pilus type 1 antiparallel stack map, sharpened, pixel spacing adjusted, cropped around the model
試料
  • 複合体: Csu pilus rod type 1 stack
    • タンパク質・ペプチド: CsuA/B
キーワードpili / fimbriae / Acinetobacter baumannii pili / chaperone-usher pathway / archaic chaperone-usher pili / biofilm / 3D biofilm / adhesion / pathogenesis / pilus antiparallel binding junction / CELL ADHESION
機能・相同性: / Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Spore coat protein U/FanG domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.58 Å
データ登録者Malmi H / Pakharukova N / Zavialov AV
資金援助 フィンランド, 3件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland321762 フィンランド
Academy of Finland360760 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation2023 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antiparallel stacking of Csu pili drives Acinetobacter baumannii 3D biofilm assembly
著者: Malmi H / Pakharukova N / Paul B / Tuittila M / Ahmad I / Knight SD / Uhlin BE / Ghosal D / Zavialov AV
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 54.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Csu pilus type 1 antiparallel stack map, sharpened, pixel spacing adjusted, cropped around the model
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.82 Å/pix.
x 111 pix.
= 91.367 Å		0.82 Å/pix.
x 208 pix.
= 171.211 Å		0.82 Å/pix.
x 621 pix.
= 511.164 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82313 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.13744208 - 0.31232294
平均 (標準偏差)0.002925161 (±0.06888288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin25748305
サイズ208621111
Spacing111208621
セルA: 91.36743 Å / B: 171.21104 Å / C: 511.16373 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52601_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Csu pilus type 1 antiparallel stack map, not...

ファイルemd_52601_additional_1.map
注釈Csu pilus type 1 antiparallel stack map, not sharpened, pixel spacing adjusted, not cropped around the model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Csu pilus type 1 antiparallel stack map, sharpened,...

ファイルemd_52601_additional_2.map
注釈Csu pilus type 1 antiparallel stack map, sharpened, pixel spacing adjusted, not cropped around the model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Csu pilus type 1 antiparallel stack map, half...

ファイルemd_52601_half_map_1.map
注釈Csu pilus type 1 antiparallel stack map, half map A, pixel spacing adjusted
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Csu pilus type 1 antiparallel stack map, half...

ファイルemd_52601_half_map_2.map
注釈Csu pilus type 1 antiparallel stack map, half map B, pixel spacing adjusted
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Csu pilus rod type 1 stack

全体名称: Csu pilus rod type 1 stack
要素
  • 複合体: Csu pilus rod type 1 stack
    • タンパク質・ペプチド: CsuA/B

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超分子 #1: Csu pilus rod type 1 stack

超分子名称: Csu pilus rod type 1 stack / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks ...詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili.
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: 19096 / 組織: Planktonic bacteria / Organelle: Outer membrane / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量理論値: 16.05974 kDa/nm

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分子 #1: CsuA/B

分子名称: CsuA/B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. Structure depicts three Csu pilus rods forming type 1 stack architecture through antiparallel interactions.
コピー数: 57 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: 19096
分子量理論値: 16.069642 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
AVTGQVDVKL NISTGCTVGG SQTEGNMNKF GTLNFGKTSG TWNNVLTAEV ASAATGGNIS VTCDGTDPVD FTVAIDGGER TDRTLKNTA SADVVAYNVY RDAARTNLYV VNQPQQFTTV SGQATAVPIF GAIAPNTGTP KAQGDYKDTL LVTVNF

UniProtKB: Spore coat protein U/FanG domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
170.0 mMNaClsodium chloride

詳細: Sample is a fraction taken from an ion exchange column elution gradient, so the NaCl concentration may vary.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.014 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7941 / 平均露光時間: 2.79 sec. / 平均電子線量: 59.848 e/Å2
詳細: Grid squares and holes were selected manually as the pilus stacks were visible in the atlas.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 30605819
詳細: Two different types of Csu pilus stack architectures were solved from the same particle set. Particle picking failed to distinguish between the two, so the initial number of particles is the ...詳細: Two different types of Csu pilus stack architectures were solved from the same particle set. Particle picking failed to distinguish between the two, so the initial number of particles is the same for both stack architectures.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF Correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: We used an earlier, unpublished 8.5 A map of Csu pilus type 1 stack as the starting model. It had been generated using Ab Initio reconstruction and another dataset.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement
詳細: Local Refinement allowed generating a single map without individual particles flipping and settling into pseudosymmetric orientations.
使用した粒子像数: 504940
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3)
ソフトウェア - 詳細: Homogeneous Refinement and Heterogeneous Refinement
詳細: Homogeneous Refinement indicated that there are two types of stacks in the dataset. Generated masks based on an initial model overlapped with a 2D class allowed splitting the dataset between ...詳細: Homogeneous Refinement indicated that there are two types of stacks in the dataset. Generated masks based on an initial model overlapped with a 2D class allowed splitting the dataset between the two stack architectures.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous Refinement
詳細: The particles were too big for 3D Classification job, and the particles with Csu pilus stacks had a tendency to flip 180 degrees during refinement due to pseudosymmetries. We used models ...詳細: The particles were too big for 3D Classification job, and the particles with Csu pilus stacks had a tendency to flip 180 degrees during refinement due to pseudosymmetries. We used models flipped 180 degrees in every direction as classes to collect the flipped particles and reorient them for local refinement. With the original model, six flipped models and one waste class, we had eight classes.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7zl4


Chain - Residue range: 24-178 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The initial model consisted of a single pilus rod fragment of the same type. The initial model in turn is based on a crystal structure of CsuA/Bsc with PDB accession code 6FM5.
詳細UCSF Chimera was used to first fit the subunits into the single native pilus rod map (PDB Accession ID: 9I37) and average their relative angles, and it was also used to adjust pixel spacing of all maps to match model dimensions. Coot was used to adjust side chain and loop positions. A pair of antiparallel pili with subunit angles adjusted to 3-turns-per-7-subunits symmetry was overlapped with a 2D class to adjust the binding junction angle. Finally, Phenix was used to fit the type 1 stack model into the map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 668.1
得られたモデル

PDB-9i3n:
Csu pilus rod type 1 stack

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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