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万見
- EMDB-52439: PSMA without nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52439
タイトルPSMA without nanobody
マップデータPSMA
試料
  • 複合体: Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA)
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate carboxypeptidase 2
キーワードGlutamate carboxypeptidase 2 / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Zalk R / Alon G / Papo N / Zarivach R
資金援助 イスラエル, 米国, 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Other private846497 イスラエル
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2019303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM144393 米国
Rosetrees TrustOoR2022/100004 英国
Israel Science Foundation1615/19 イスラエル
Worldwide Cancer Research20-0238 英国
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of nanobody interactions with their prostate-specific membrane antigen binding epitopes.
著者: Gal Alon-Zchut / Ran Zalk / Truc T Huynh / Michael R Zalutsky / Yossi Weizmann / Raz Zarivach / Niv Papo /
要旨: Prostate-specific membrane antigen (PSMA), overexpressed in prostate cancer, is a promising target for diagnostics and therapy. However, the monoclonal antibodies in current use for PSMA targeting ...Prostate-specific membrane antigen (PSMA), overexpressed in prostate cancer, is a promising target for diagnostics and therapy. However, the monoclonal antibodies in current use for PSMA targeting and inhibition have suboptimal activities due to their poor tissue and cell penetration and slow normal tissue clearance. Potentially superior alternatives are nanobodies (NBs), the single-chain variable domains of heavy-chain antibodies derived from camelids. The advantages of NBs include small size (~15 kDa), ability to bind hidden epitopes, and rapid clearance. In contrast to most known PSMA inhibitors, which bind to the same catalytic site in PMSA, NBs can bind to different PSMA epitopes, facilitating heterovalent binding strategies that could enhance their therapeutic and diagnostic potential. The objective of this study was to map these binding epitopes and hence to acquire an atomic-resolution understanding of NB-PMSA binding by investigating the structural interactions between PSMA and three NBs (NB7, NB8, and NB37). Using cryo-electron microscopy to generate high-resolution structures of NB-PSMA complexes, we found that NB7 had the highest affinity for PSMA due to a larger interface and to stabilizing interactions, including salt bridges and π-π stacking. Notably, we also found that NB7 and NB8 can bind simultaneously to different PSMA epitopes without interfering with the function of PSMA (which is still not completely known), opening the way for the development of theranostic applications for prostate cancer treatment and imaging. Importantly, NB7 binds specifically to human PSMA but not to murine PSMA, due to key amino acid differences responsible for its species specificity.
履歴
登録2024年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSMA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.20859398 - 0.35603455
平均 (標準偏差)0.00025392213 (±0.012198993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 227.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: PSMA halfB

ファイルemd_52439_half_map_1.map
注釈PSMA halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PSMA halfA

ファイルemd_52439_half_map_2.map
注釈PSMA halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA)

全体名称: Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA)
要素
  • 複合体: Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA)
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate carboxypeptidase 2

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超分子 #1: Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA)

超分子名称: Glutamate carboxypeptidase 2 (PSMA) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170 MDa

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分子 #1: Glutamate carboxypeptidase 2

分子名称: Glutamate carboxypeptidase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Missing the TM domain / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate carboxypeptidase II
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWNLLHETDS AVATARRPRW LCAGALVLAG GFFLLGFLFG WFIKSSNEAT NITPKHNMKA FLDELKAEN IKKFLYNFTQ IPHLAGTEQN FQLAKQIQSQ WKEFGLDSVE LAHYDVLLSY P NKTHPNYI SIINEDGNEI FNTSLFEPPP PGYENVSDIV PPFSAFSPQG ...文字列:
MWNLLHETDS AVATARRPRW LCAGALVLAG GFFLLGFLFG WFIKSSNEAT NITPKHNMKA FLDELKAEN IKKFLYNFTQ IPHLAGTEQN FQLAKQIQSQ WKEFGLDSVE LAHYDVLLSY P NKTHPNYI SIINEDGNEI FNTSLFEPPP PGYENVSDIV PPFSAFSPQG MPEGDLVYVN YA RTEDFFK LERDMKINCS GKIVIARYGK VFRGNKVKNA QLAGAKGVIL YSDPADYFAP GVK SYPDGW NLPGGGVQRG NILNLNGAGD PLTPGYPANE YAYRRGIAEA VGLPSIPVHP IGYY DAQKL LEKMGGSAPP DSSWRGSLKV PYNVGPGFTG NFSTQKVKMH IHSTNEVTRI YNVIG TLRG AVEPDRYVIL GGHRDSWVFG GIDPQSGAAV VHEIVRSFGT LKKEGWRPRR TILFAS WDA EEFGLLGSTE WAEENSRLLQ ERGVAYINAD SSIEGNYTLR VDCTPLMYSL VHNLTKE LK SPDEGFEGKS LYESWTKKSP SPEFSGMPRI SKLGSGNDFE VFFQRLGIAS GRARYTKN W ETNKFSGYPL YHSVYETYEL VEKFYDPMFK YHLTVAQVRG GMVFELANSI VLPFDCRDY AVVLRKYADK IYSISMKHPQ EMKTYSVSFD SLFSAVKNFT EIASKFSERL QDFDKSNPIV LRMMNDQLM FLERAFIDPL GLPDRPFYRH VIYAPSSHNK YAGESFPGIY DALFDIESKV D PSKAWGEV KRQIYVAAFT VQAAAETLSE VA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46457
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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