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万見
- EMDB-5239: human Low Density Lipoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5239
タイトルhuman Low Density Lipoprotein
マップデータIso-surface rendering of the overall structure of the human LDL particle
試料
  • 試料: human Low Density Lipoprotein
  • 細胞器官・細胞要素: humang Low Density Lipoprotein
キーワードLDL / cholesterol ester / apoB / atherosclerosis
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Liu Y / Atkinson D
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Enhancing the contrast of ApoB to locate the surface components in the 3D density map of human LDL.
著者: Yuhang Liu / David Atkinson /
要旨: A 26 Å resolution map of the structure of human low-density lipoprotein (LDL) was obtained from electron cryomicroscopy and single-particle image reconstruction. The structure showed a discoidal- ...A 26 Å resolution map of the structure of human low-density lipoprotein (LDL) was obtained from electron cryomicroscopy and single-particle image reconstruction. The structure showed a discoidal-shaped LDL particle with high-density regions mainly distributed at the edge of the particle and low-density regions at the flat surface that covers the core region. To determine the chemical components that correspond to these density regions and to delineate the distribution of protein and phospholipid located at the particle surface at the resolution of the map, we used Mono-Sulfo-NHS-Undecagold labeling to increase preferentially the contrast of the apolipoprotein B component on the LDL particle. In the three-dimensional map from the image reconstruction of the undecagold-labeled LDL particles, the high-density region from the undecagold label was distributed mainly at the edge of the particle, and lower density regions were found at the flat surfaces that cover the neutral lipid core. This suggests that apolipoprotein B mainly encircles LDL at the edge of the particle and the phospholipid monolayers are located at the flat surfaces, which are parallel to the cholesterol ester layers in the core and may interact with the core lipid layers through the acyl chains.
履歴
登録2010年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年1月3日-
マップ公開2011年1月3日-
更新2014年12月3日-
現状2014年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5239_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Iso-surface rendering of the overall structure of the human LDL particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-0.00030867 - 2.94348454
平均 (標準偏差)0.99999994 (±0.29761904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.85.85.8
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0002.9431.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Low Density Lipoprotein

全体名称: human Low Density Lipoprotein
要素
  • 試料: human Low Density Lipoprotein
  • 細胞器官・細胞要素: humang Low Density Lipoprotein

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超分子 #1000: human Low Density Lipoprotein

超分子名称: human Low Density Lipoprotein / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.2 MDa

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超分子 #1: humang Low Density Lipoprotein

超分子名称: humang Low Density Lipoprotein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: LDL / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 別称: human / 組織: plasma
分子量理論値: 2.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM phosphate, 150mM sodium chloride
グリッド詳細: 400 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times
日付2010年3月14日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.9 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: ctfit
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 31000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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