[日本語] English
万見
- EMDB-52346: Cryo-EM structure of mouse TMEM16F-YFP purified and plunged using... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52346
タイトルCryo-EM structure of mouse TMEM16F-YFP purified and plunged using MISO (microfluidic isolation)
マップデータ
試料
  • 細胞: Scramblase 16F with c-terminal venus GFP
    • タンパク質・ペプチド: Anoctamin-6,Yellow Fluorescent Protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードlipid scramblase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated phospholipid scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / activation of blood coagulation via clotting cascade / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity ...calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated phospholipid scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / activation of blood coagulation via clotting cascade / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity / bone mineralization involved in bone maturation / cholinergic synapse / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / pore complex assembly / negative regulation of cell volume / plasma membrane phospholipid scrambling / voltage-gated monoatomic ion channel activity / bleb assembly / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis / chloride transport / phospholipid translocation / chloride channel activity / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of bone mineralization / chloride channel complex / Neutrophil degranulation / chloride transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / synaptic membrane / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者De Gieter S / Eluru G / Schenck S / Stroobants A / Efremov RG / Brunner JD
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentG0H5916N
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
European Research Council (ERC)726436European Union
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2025
タイトル: MISO: microfluidic protein isolation enables single-particle cryo-EM structure determination from a single cell colony.
著者: Gangadhar Eluru / Steven De Gieter / Stephan Schenck / Annelore Stroobants / Binesh Shrestha / Paul Erbel / Janine D Brunner / Rouslan G Efremov /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) enables reconstruction of atomic-resolution 3D maps of proteins by visualizing thousands to millions of purified protein particles embedded in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) enables reconstruction of atomic-resolution 3D maps of proteins by visualizing thousands to millions of purified protein particles embedded in vitreous ice. This corresponds to picograms of purified protein, which can potentially be isolated from a few thousand cells. Hence, cryo-EM holds the potential of a very sensitive analytical method for delivering high-resolution protein structure as a readout. In practice, millions of times more starting biological material is required to prepare cryo-EM grids. Here we show that using a micro isolation (MISO) method, which combines microfluidics-based protein purification with cryo-EM grid preparation, cryo-EM structures of soluble bacterial and eukaryotic membrane proteins can be solved starting from less than 1 µg of a target protein and progressing from cells to cryo-EM grids within a few hours. This scales down the amount of starting biological material hundreds to thousands of times, opening possibilities for the structural characterization of hitherto inaccessible proteins.
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_52346.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 278. Å		0.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 278. Å		0.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 278. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.695 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.1925525 - 0.30663043
平均 (標準偏差)0.0003109353 (±0.005069578)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 278.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_52346_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52346_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52346_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Scramblase 16F with c-terminal venus GFP

全体名称: Scramblase 16F with c-terminal venus GFP
要素
  • 細胞: Scramblase 16F with c-terminal venus GFP
    • タンパク質・ペプチド: Anoctamin-6,Yellow Fluorescent Protein
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: Scramblase 16F with c-terminal venus GFP

超分子名称: Scramblase 16F with c-terminal venus GFP / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: Anoctamin-6,Yellow Fluorescent Protein

分子名称: Anoctamin-6,Yellow Fluorescent Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 140.666922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSQMMTRKVL LNMELEEDDD EDGDIVLENF DQTIVCPTFG SLENQQDFRT PEFEEFNGKP DSLFFTDGQR RIDFILVYED ESKKENNKK GTNEKQKRKR QAYESNLICH GLQLEATRSV SDDKLVFVKV HAPWEVLCTY AEIMHIKLPL KPNDLKTRSP F GNLNWFTK ...文字列:
MSQMMTRKVL LNMELEEDDD EDGDIVLENF DQTIVCPTFG SLENQQDFRT PEFEEFNGKP DSLFFTDGQR RIDFILVYED ESKKENNKK GTNEKQKRKR QAYESNLICH GLQLEATRSV SDDKLVFVKV HAPWEVLCTY AEIMHIKLPL KPNDLKTRSP F GNLNWFTK VLRVNESVIK PEQEFFTAPF EKSRMNDFYI LDRDSFFNPA TRSRIVYFIL SRVKYQVMNN VNKFGINRLV SS GIYKAAF PLHDCRFNYE SEDISCPSER YLLYREWAHP RSIYKKQPLD LIRKYYGEKI GIYFAWLGYY TQMLLLAAVV GVA CFLYGY LDQDNCTWSK EVCDPDIGGQ ILMCPQCDRL CPFWRLNITC ESSKKLCIFD SFGTLIFAVF MGVWVTLFLE FWKR RQAEL EYEWDTVELQ QEEQARPEYE AQCNHVVINE ITQEEERIPF TTCGKCIRVT LCASAVFFWI LLIIASVIGI IVYRL SVFI VFSTTLPKNP NGTDPIQKYL TPQMATSITA SIISFIIIMI LNTIYEKVAI MITNFELPRT QTDYENSLTM KMFLFQ FVN YYSSCFYIAF FKGKFVGYPG DPVYLLGKYR SEECDPGGCL LELTTQLTII MGGKAIWNNI QEVLLPWVMN LIGRYKR VS GSEKITPRWE QDYHLQPMGK LGLFYEYLEM IIQFGFVTLF VASFPLAPLL ALVNNILEIR VDAWKLTTQF RRMVPEKA Q DIGAWQPIMQ GIAILAVVTN AMIIAFTSDM IPRLVYYWSF SIPPYGDHTY YTMDGYINNT LSVFNITDFK NTDKENPYI GLGNYTLCRY RDFRNPPGHP QEYKHNIYYW HVIAAKLAFI IVMEHIIYSV KFFISYAIPD VSKITKSKIK REKYLTQKLL HESHLKDLT KNMGIIAERI GGTVDNSVRP KLEALEVLFQ GPQGTMVSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVSGEGE G DATYGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKQHDF FKSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FE GDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI MADKQKNGIK VNFKIRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLL PDNHYL STQSALSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYKGTE QKLISEEDLR GASMDEKTTG WRGGHVVEGL AGEL EQLRA RLEHHPQGQR EP

UniProtKB: Anoctamin-6

-
分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 150 mM NaCl, 30 mM HEPES-Na, pH 7.6, 0.0063% GDN, 10 mM D-(+)-biotin
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69117
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2.)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2.)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る