EMDB-52487: Cryo-EM structure of TRPC6 (extra cellular domain) purified and p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-52487

タイトル

Cryo-EM structure of TRPC6 (extra cellular domain) purified and plunged using MISO (micro-purification)

マップデータ

試料

複合体: TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain)

キーワード

Unknown protein / MEMBRANE PROTEIN

生物種

unidentified (未定義)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

De Gieter S / Eluru G / Stroobants A / Shrestha B / Erbel P / Efremov RG

資金援助

ベルギー, European Union, 4件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2025
タイトル: MISO: microfluidic protein isolation enables single-particle cryo-EM structure determination from a single cell colony
著者: Eluru G / De Gieter S / Schenck S / Stroobants A / Shrestha B / Erbel P / Brunner JD / Efremov RG

履歴

登録	2025年1月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月5日	-
マップ公開	2025年11月5日	-
更新	2025年11月5日	-
現状	2025年11月5日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_52487.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_52487.map.gz	230 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-52487-v30.xml emd-52487.xml	14.5 KB 14.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_52487_fsc.xml	13.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_52487.png	127.4 KB
マスクデータ	emd_52487_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-52487.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_52487_half_map_1.map.gz emd_52487_half_map_2.map.gz	226.4 MB 226.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52487	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_52487_validation.pdf.gz	973.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_52487_full_validation.pdf.gz	972.9 KB	表示
XML形式データ	emd_52487_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_52487_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52487	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	52333C 52334C 52344C 52345C 52486C 9hplC 9hpmC 9hqnC 9hqoC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_52487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.72 Å/pix. x 400 pix. = 286.2 Å	0.72 Å/pix. x 400 pix. = 286.2 Å	0.72 Å/pix. x 400 pix. = 286.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.7155 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.033
最小 - 最大	-0.21684632 - 0.36524463
平均 (標準偏差)	0.0004903861 (±0.0059650633)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_52487_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_52487_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_52487_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain)

全体	名称: TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain)
要素	複合体: TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain)

-
超分子 #1: TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain)

超分子	名称: TRPC6 with C-terminal eGFP (extra cellular domain) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: unidentified (未定義)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5 詳細: 150 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.01% LMNG and 0.0006% CHS 15 mM D-(+)-biotin
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: MISO Chip: 3 ul single column chip filled with Pierce High-capacity streptavidin agarose resin Plunging: 80 nl.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₄ (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 75448
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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