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万見
- EMDB-52341: Partial (54mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52341
タイトルPartial (54mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis
マップデータpost processed masked
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 encapsulin shell protein
キーワードencapsulin / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.57 Å
データ登録者Lewis CJ / Berger C / Ravelli RBG
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
Other governmentLHSM18067
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: In situ and in vitro cryo-EM reveal structures of mycobacterial encapsulin assembly intermediates.
著者: Casper Berger / Chris Lewis / Ye Gao / Kèvin Knoops / Carmen López-Iglesias / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human ...Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human pathogens Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae. Structures of fully assembled encapsulin shells have been determined for several species, but encapsulin assembly and cargo encapsulation are still poorly characterised, because of the absence of encapsulin structures in intermediate assembly states. We combine in situ and in vitro structural electron microscopy to show that encapsulins are dynamic assemblies with intermediate states of cargo encapsulation and shell assembly. Using cryo-focused ion beam (FIB) lamella preparation and cryo-electron tomography (CET), we directly visualise encapsulins in Mycobacterium marinum, and observed ribbon-like attachments to the shell, encapsulin shells with and without cargoes, and encapsulin shells in partially assembled states. In vitro cryo-electron microscopy (EM) single-particle analysis of the Mycobacterium tuberculosis encapsulin was used to obtain three structures of the encapsulin shell in intermediate states, as well as a 2.3 Å structure of the fully assembled shell. Based on the analysis of the intermediate encapsulin shell structures, we propose a model of encapsulin self-assembly via the pairwise addition of monomers.
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post processed masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.256 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.256 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.256 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0075
最小 - 最大-0.0029568642 - 0.022060469
平均 (標準偏差)0.00087032095 (±0.002709324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 320.25598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52341_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: post process non masked

ファイルemd_52341_additional_1.map
注釈post process non masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1

ファイルemd_52341_half_map_1.map
注釈halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap2

ファイルemd_52341_half_map_2.map
注釈halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis

全体名称: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 encapsulin shell protein

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超分子 #1: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis

超分子名称: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: 54 of 60 monomers
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: Rv0798c

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分子 #1: Type 1 encapsulin shell protein

分子名称: Type 1 encapsulin shell protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 54 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 28.863346 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP ...文字列:
MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP YSVLLSADVY TKVSETSDHG YPIREHLNRL VDGDIIWAPA IDGAFVLTTR GGDFDLQLGT DVAIGYASHD TD TVRLYLQ ETLTFLCYTA EASVALSH

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 163000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 89072
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7p1t

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7p1t


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9hqc:
Partial (54mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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