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万見
- EMDB-52306: Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52306
タイトルCryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
マップデータPostprocessed map of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
試料
  • 複合体: Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Separin
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSeparase / cell cycle / SCC1 / RAD21 / protease / chromosome segregation / Auto-cleavage / cohesin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sister chromatid cohesion / separase / meiotic chromosome separation / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex ...negative regulation of sister chromatid cohesion / separase / meiotic chromosome separation / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid separation / homologous chromosome segregation / negative regulation of glial cell apoptotic process / establishment of mitotic spindle localization / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / meiotic spindle organization / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / lncRNA binding / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis / positive regulation of interleukin-10 production / catalytic activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein localization to chromatin / cysteine-type peptidase activity / Meiotic synapsis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / nuclear matrix / spindle pole / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / double-strand break repair / chromosome / midbody / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / centrosome / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / Separin, protease domain / SEPARIN core domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein ...Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / Separin, protease domain / SEPARIN core domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Separin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Yu J / Schmidt S / Botto M / Boland A
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_185235 スイス
Swiss National Science FoundationTMSGI3_211581 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into cohesin cleavage by human separase
著者: Yu J / Schmidt S / Botto M / Ghent CM / Morgan DO / Boland A
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52306.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 400 pix.
= 360.96 Å		0.9 Å/pix.
x 400 pix.
= 360.96 Å		0.9 Å/pix.
x 400 pix.
= 360.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9024 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-0.24892184 - 20.077583000000001
平均 (標準偏差)-0.020232955 (±0.33833924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 360.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of human separase bound to phosphorylated...

ファイルemd_52306_additional_1.map
注釈Unsharpened map of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focus-refined map 1 (postprocessed) of human separase bound...

ファイルemd_52306_additional_2.map
注釈Focus-refined map 1 (postprocessed) of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focus-refined map 2 (postprocessed) of human separase bound...

ファイルemd_52306_additional_3.map
注釈Focus-refined map 2 (postprocessed) of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of human separase bound to...

ファイルemd_52306_half_map_1.map
注釈Half map A of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of human separase bound to...

ファイルemd_52306_half_map_2.map
注釈Half map B of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)

全体名称: Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
要素
  • 複合体: Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Separin
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)

超分子名称: Human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 262 KDa

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分子 #1: Double-strand-break repair protein rad21 homolog

分子名称: Double-strand-break repair protein rad21 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.773189 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DITVKETKAK RKRKLIVDSV KELDSKTIRA QLSDYSDIVT TLDLAPPTKK LMMWKETGGV EKLFSLPAQP LWNNRLLKLF TRCLTPLVP EDLRKRRKGG EADNLDEFLK EFENPEVPRE DQQQQHQQRD VIDEPIIEEP SRLQE(SEP)VMEA SRTNIDE SA ...文字列:
DITVKETKAK RKRKLIVDSV KELDSKTIRA QLSDYSDIVT TLDLAPPTKK LMMWKETGGV EKLFSLPAQP LWNNRLLKLF TRCLTPLVP EDLRKRRKGG EADNLDEFLK EFENPEVPRE DQQQQHQQRD VIDEPIIEEP SRLQE(SEP)VMEA SRTNIDE SA MPPPPPQGVK RKAGQIDPEP VMPPQQVEQM EIPPVELPPE EPPNICQLIP ELELLPEKEK EKEKEKEDDE EEEDEDAS G GDQD

UniProtKB: Double-strand-break repair protein rad21 homolog

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分子 #2: Separin

分子名称: Separin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: separase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 238.086344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKSGPGGSG GSGGGSGGGS GENLYFQGGG SGGSGMRSFK RVNFGTLLSS QKEAEELLPD LKEFLSNPP AGFPSSRSDA ERRQACDAIL RACNQQLTAK LACPRHLGSL LELAELACDG YLVSTPQRPP LYLERILFVL L RNAAAQGS ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKSGPGGSG GSGGGSGGGS GENLYFQGGG SGGSGMRSFK RVNFGTLLSS QKEAEELLPD LKEFLSNPP AGFPSSRSDA ERRQACDAIL RACNQQLTAK LACPRHLGSL LELAELACDG YLVSTPQRPP LYLERILFVL L RNAAAQGS PEVTLRLAQP LHACLVQCSR EAAPQDYEAV ARGSFSLLWK GAEALLERRA AFAARLKALS FLVLLEDEST PC EVPHFAS PTACRAVAAH QLFDASGHGL NEADADFLDD LLSRHVIRAL VGERGSSSGL LSPQRALCLL ELTLEHCRRF CWS RHHDKA ISAVEKAHSY LRNTNLAPSL QLCQLGVKLL QVGEEGPQAV AKLLIKASAV LSKSMEAPSP PLRALYESCQ FFLS GLERG TKRRYRLDAI LSLFAFLGGY CSLLQQLRDD GVYGGSSKQQ QSFLQMYFQG LHLYTVVVYD FAQGCQIVDL ADLTQ LVDS CKSTVVWMLE ALEGLSGQEL TDHMGMTASY TSNLAYSFYS HKLYAEACAI SEPLCQHLGL VKPGTYPEVP PEKLHR CFR LQVESLKKLG KQAQGCKMVI LWLAALQPCS PEHMAEPVTF WVRVKMDAAR AGDKELQLKT LRDSLSGWDP ETLALLL RE ELQAYKAVRA DTGQERFNII CDLLELSPEE TPAGAWARAT HLVELAQVLC YHDFTQQTNC SALDAIREAL QLLDSVRP E AQARDQLLDD KAQALLWLYI CTLEAKMQEG IERDRRAQAP GNLEEFEVND LNYEDKLQED RFLYSNIAFN LAADAAQSK CLDQALALWK ELLTKGQAPA VRCLQQTAAS LQILAALYQL VAKPMQALEV LLLLRIVSER LKDHSKAAGS SCHITQLLLT LGCPSYAQL HLEEAASSLK HLDQTTDTYL LLSLTCDLLR SQLYWTHQKV TKGVSLLLSV LRDPALQKSS KAWYLLRVQV L QLVAAYLS LPSNNLSHSL WEQLCAQGWQ TPEIALIDSH KLLRSIILLL MGSDILSTQK AAVETSFLDY GENLVQKWQV LS EVLSCSE KLVCHLGRLG SVSEAKAFCL EALKLTTKLQ IPRQCALFLV LKGELELARN DIDLCQSDLQ QVLFLLESCT EFG GVTQHL DSVKKVHLQK GKQQAQVPCP PQLPEEELFL RGPALELVAT VAKEPGPIAP STNSSPVLKT KPQPIPNFLS HSPT CDCSL CASPVLTAVC LRWVLVTAGV RLAMGHQAQG LDLLQVVLKG CPEAAERLTQ ALQASLNHKT PPSLVPSLLD EILAQ AYTL LALEGLNQPS NESLQKVLQS GLKFVAARIP HLEPWRASLL LIWALTKLGG LSCCTTQLFA SSWGWQPPLI KSVPGS EPS KTQGQKRSGR GRQKLASAPL SLNNTSQKGL EGRGLPCTPK PPDRIRQAGP HVPFTVFEEV CPTESKPEVP QAPRVQQ RV QTRLKVNFSD DSDLEDPVSA EAWLAEEPKR RGTASRGRGR ARKGLSLKTD AVVAPGSAPG NPGLNGRSRR AKKVASRH C EERRPQRASD QARPGGLEVL FQGPGSGDSS KKKLPSPCPD KESDKDLGPR LQLPSAPVAT GLSTLDSICD SLSVAFRGI SHCPPSGLYA HLCRFLALCL GHRDPYATAF LVTESVSITC RHQLLTHLHR QLSKAQKHRG SLEIADQLQG LSLQEMPGDV PLARIQRLF SFRALESGHF PQPEKESFQE RLALIPSGVT VCVLALATLQ PGTVGNTLLL TRLEKDSPPV SVQIPTGQNK L HLRSVLNE FDAIQKAQKE NSSCTDKREW WTGRLALDHR MEVLIASLEK SVLGCWKGLL LPSSEEPGPA QEASRLQELL QD CGWKYPD RTLLKIMLSG AGALTPQDIQ ALAYGLCPTQ PERAQELLNE AVGRLQGLTV PSNSHLVLVL DKDLQKLPWE SMP SLQALP VTRLPSFRFL LSYSIIKEYG ASPVLSQGVD PRSTFYVLNP HNNLSSTEEQ FRANFSSEAG WRGVVGEVPR PEQV QEALT KHDLYIYAGH GAGARFLDGQ AVLRLSCRAV ALLFGSSSAA LAVHGNLEGA GIVLKYIMAG CPLFLGNLWD VTDRD IDRY TEALLQGWLG AGPGAPLLYY VNQARQAPRL KYLIGAAPIA YGLPVSLRSS LAEENLYFQS WSHPQFEKGG GSGGGS GGG SWSHPQFEK

UniProtKB: Separin, Separin

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepes2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
80.0 mMKClPotassium chloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7451 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6692171 / 詳細: The particles were automatically selected
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement was used
使用した粒子像数: 298574
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7nj1


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9hn4:
Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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