+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5230 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Alternative Oligomeric States of the Yeast Rvb1-Rvb2 Complex Induced by Histidine Tags | |||||||||
![]() | Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged Rvb2 proteins | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Rvb1 / Rvb2 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Cheung KLY / Huen J / Kakihara Y / Houry WA / Ortega J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Alternative oligomeric states of the yeast Rvb1/Rvb2 complex induced by histidine tags. 著者: Kevin L Y Cheung / Jennifer Huen / Yoshito Kakihara / Walid A Houry / Joaquin Ortega / ![]() 要旨: Rvb1 and Rvb2 are essential AAA(+) (ATPases associated with diverse cellular activities) helicases, which are important components of critical complexes such as chromatin remodeling and telomerase ...Rvb1 and Rvb2 are essential AAA(+) (ATPases associated with diverse cellular activities) helicases, which are important components of critical complexes such as chromatin remodeling and telomerase complexes. The oligomeric state of the Rvb proteins has been controversial. Independent studies from several groups have described the yeast and human Rvb1/Rvb2 complex both as a single and as a double hexameric ring complex. We found that histidine-tagged constructs of yeast Rvb proteins employed in some of these studies induced the assembly of double hexameric ring Rvb1/Rvb2 complexes. Instead, untagged versions of these proteins assemble into single hexameric rings. Furthermore, purified endogenous untagged Rvb1/Rvb2 complexes from Saccharomyces cerevisiae were also found as single hexameric rings, similar to the complexes assembled in vitro from the purified untagged components. These results demonstrate that some of the differences between the reported structures are caused by histidine tags and imply that further studies on the purified proteins should be carried out using untagged constructs. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 76.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged Rvb2 proteins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged R...
全体 | 名称: Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged Rvb2 proteins |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged R...
超分子 | 名称: Rvb1-Rvb2 complex assembled with His-tagged Rvb1 and His-tagged Rvb2 proteins タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dodecamer / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa 手法: Size exclusion chromatography and Blue native polyacrylamide gel electrophoresis |
-分子 #1: helicase
分子 | 名称: helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rvb1 and Rvb2 / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 25mM Tris, 80mM KCl, 10% glycerol |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 1 minute |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
---|---|
温度 | 平均: 298.15 K |
詳細 | Images were taken with FasTem low dose kit |
日付 | 2010年4月28日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single-tilt / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-
画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 10000 |
---|
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
詳細 | Protocol: Rigid body. The AAA domains were docked separately from the insertion domain manually using Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |