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万見
- EMDB-5221: Nitrogen-Responsive Transcription Factor NrpR form Methanococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5221
タイトルNitrogen-Responsive Transcription Factor NrpR form Methanococcus maripaludis in an apo form
マップデータReconstruction volume of apo-NrpR from Methanococcus maripaludis
試料
  • 試料: NrpR from Methanococcus maripaludis
  • タンパク質・ペプチド: NrpR
キーワードNitrogen assimilation / Nitrogen regulation / Transcriptional regulation
機能・相同性NrpR regulatory domain
機能・相同性情報
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Wisedchaisri G / Dranow DM / Lie TJ / Bonanno JB / Patskovsky Y / Ozyurt SA / Sauder JM / Almo SC / Wasserman SR / Burley SK ...Wisedchaisri G / Dranow DM / Lie TJ / Bonanno JB / Patskovsky Y / Ozyurt SA / Sauder JM / Almo SC / Wasserman SR / Burley SK / Leigh JA / Gonen T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural underpinnings of nitrogen regulation by the prototypical nitrogen-responsive transcriptional factor NrpR.
著者: Goragot Wisedchaisri / David M Dranow / Thomas J Lie / Jeffrey B Bonanno / Yury Patskovsky / Sinem A Ozyurt / J Michael Sauder / Steven C Almo / Stephen R Wasserman / Stephen K Burley / John ...著者: Goragot Wisedchaisri / David M Dranow / Thomas J Lie / Jeffrey B Bonanno / Yury Patskovsky / Sinem A Ozyurt / J Michael Sauder / Steven C Almo / Stephen R Wasserman / Stephen K Burley / John A Leigh / Tamir Gonen /
要旨: Plants and microorganisms reduce environmental inorganic nitrogen to ammonium, which then enters various metabolic pathways solely via conversion of 2-oxoglutarate (2OG) to glutamate and glutamine. ...Plants and microorganisms reduce environmental inorganic nitrogen to ammonium, which then enters various metabolic pathways solely via conversion of 2-oxoglutarate (2OG) to glutamate and glutamine. Cellular 2OG concentrations increase during nitrogen starvation. We recently identified a family of 2OG-sensing proteins--the nitrogen regulatory protein NrpR--that bind DNA and repress transcription of nitrogen assimilation genes. We used X-ray crystallography to determine the structure of NrpR regulatory domain. We identified the NrpR 2OG-binding cleft and show that residues predicted to interact directly with 2OG are conserved among diverse classes of 2OG-binding proteins. We show that high levels of 2OG inhibit NrpRs ability to bind DNA. Electron microscopy analyses document that NrpR adopts different quaternary structures in its inhibited 2OG-bound state compared with its active apo state. Our results indicate that upon 2OG release, NrpR repositions its DNA-binding domains correctly for optimal interaction with DNA thereby enabling gene repression.
履歴
登録2010年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月17日-
マップ公開2010年11月17日-
更新2010年11月17日-
現状2010年11月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5221_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction volume of apo-NrpR from Methanococcus maripaludis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-5.86548 - 18.527999999999999
平均 (標準偏差)-0.00000000396103 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-30-30
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 252 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-30-30-30
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-5.86518.528-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NrpR from Methanococcus maripaludis

全体名称: NrpR from Methanococcus maripaludis
要素
  • 試料: NrpR from Methanococcus maripaludis
  • タンパク質・ペプチド: NrpR

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超分子 #1000: NrpR from Methanococcus maripaludis

超分子名称: NrpR from Methanococcus maripaludis / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa

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分子 #1: NrpR

分子名称: NrpR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MMP0607 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌) / 株: Mm500RC / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 600 KDa
配列InterPro: NrpR regulatory domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM Tris HCl pH 7.5, 1M KCl and 5mM glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A 2 microlitre drop of NrpR was applied to a carbon-coated grid, washed 3 times with milliQ water and stained using 0.075% uranyl formate.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: Random conical tilt followed by angular refinement and reconstruction
使用した粒子像数: 8200

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3nek


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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