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- EMDB-52168: LysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumef... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52168
タイトルLysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumefaciens
マップデータSharpened Map of the Lsrb-SBD Dimer from non-uniform refinement in Cryosparc
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator, LysR family
キーワードLysR-type trancriptional regulator / DNA-Binding / Agrobacterium / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator TtuA
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) / Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Elders H / Schmidt JJ / Fiedler R / Hofmann E / Narberhaus F
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)NA 240/11-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Research Training Group 2341 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Two redox-responsive LysR-type transcription factors control the oxidative stress response of Agrobacterium tumefaciens.
著者: Janka J Schmidt / Vivian B Brandenburg / Hannah Elders / Saba Shahzad / Sina Schäkermann / Ronja Fiedler / Lisa R Knoke / Yvonne Pfänder / Pascal Dietze / Hannah Bille / Bela Gärtner / ...著者: Janka J Schmidt / Vivian B Brandenburg / Hannah Elders / Saba Shahzad / Sina Schäkermann / Ronja Fiedler / Lisa R Knoke / Yvonne Pfänder / Pascal Dietze / Hannah Bille / Bela Gärtner / Lennart J Albin / Lars I Leichert / Julia E Bandow / Eckhard Hofmann / Franz Narberhaus /
要旨: Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type ...Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type transcriptional regulator (LTTR) OxyR is a widely conserved bacterial thiol-based redox sensor. However, members of the Rhizobiales also encode LsrB, a second LTTR with potential redox-sensing function. This study explores the roles of OxyR and LsrB in the plant-pathogen Agrobacterium tumefaciens. Through single and combined deletions, we observed increased H2O2 sensitivity, underscoring their function in oxidative defense. Genome-wide transcriptome profiling under H2O2 exposure revealed that OxyR and LsrB co-regulate key antioxidant genes, including katG, encoding a bifunctional catalase/peroxidase. Agrobacterium tumefaciens LsrB possesses four cysteine residues potentially involved in redox sensing. To elucidate the structural basis for redox-sensing, we applied single-particle cryo-EM (cryogenic electron microscopy) to experimentally confirm an AlphaFold model of LsrB, identifying two proximal cysteine pairs. In vitro thiol-trapping coupled with mass spectrometry confirmed reversible thiol modifications of all four residues, suggesting a functional role in redox regulation. Collectively, these findings reveal that A. tumefaciens employs two cysteine-based redox sensing transcription factors, OxyR and LsrB, to withstand oxidative stress encountered in host and soil environments.
履歴
登録2024年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52168.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map of the Lsrb-SBD Dimer from non-uniform refinement in Cryosparc
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å		0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å		0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-2.7731833 - 3.3499846
平均 (標準偏差)-0.00087680464 (±0.11227393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 164.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap A from non-uniform refinement in Cryosparc

ファイルemd_52168_half_map_1.map
注釈Halfmap A from non-uniform refinement in Cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap B from non-uniform refinement in Cryosparc

ファイルemd_52168_half_map_2.map
注釈Halfmap B from non-uniform refinement in Cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB

全体名称: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator, LysR family

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超分子 #1: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB

超分子名称: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 76 KDa

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分子 #1: Transcriptional regulator, LysR family

分子名称: Transcriptional regulator, LysR family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
分子量理論値: 35.374312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAMPLDWDKL RIFHAAAEAG SFTHAADKLH LSQSAISRQV SALEQDVGVK LFHRHARGLI LTEQGELLYR TAHDVLLKLE TVKMQLTET TEKPSGKLRV TTTVGLGQGW LTDKVQEFLQ LYPEMSIQLI LDNEELDVNM RHADCAIRLR QPQQSDLIQR K LFTVHMHV ...文字列:
MAMPLDWDKL RIFHAAAEAG SFTHAADKLH LSQSAISRQV SALEQDVGVK LFHRHARGLI LTEQGELLYR TAHDVLLKLE TVKMQLTET TEKPSGKLRV TTTVGLGQGW LTDKVQEFLQ LYPEMSIQLI LDNEELDVNM RHADCAIRLR QPQQSDLIQR K LFTVHMHV YAAPSYINRH GEPQSVEDLD NHRIISFGEP APNYLLDVNW LENAGRSSDN TRIPHLQINS QTSIKRACLL GI GIACLPD YIVGRDPGLI QLSLAADIPS FDTYFCYPDE MKNAAKLKAF RDFIVAKARN WNFGTSAWSH PQFEK

UniProtKB: HTH-type transcriptional regulator TtuA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 気圧: 4.0 kPa / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細homogeneous dimeric sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8864865
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold 3 model of LsrB SBD dimer
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 484971
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 500000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9hh1:
LysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumefaciens

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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