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タイトルTwo redox-responsive LysR-type transcription factors control the oxidative stress response of Agrobacterium tumefaciens.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 6, Year 2025
掲載日2025年3月20日
著者Janka J Schmidt / Vivian B Brandenburg / Hannah Elders / Saba Shahzad / Sina Schäkermann / Ronja Fiedler / Lisa R Knoke / Yvonne Pfänder / Pascal Dietze / Hannah Bille / Bela Gärtner / Lennart J Albin / Lars I Leichert / Julia E Bandow / Eckhard Hofmann / Franz Narberhaus /
PubMed 要旨Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type ...Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type transcriptional regulator (LTTR) OxyR is a widely conserved bacterial thiol-based redox sensor. However, members of the Rhizobiales also encode LsrB, a second LTTR with potential redox-sensing function. This study explores the roles of OxyR and LsrB in the plant-pathogen Agrobacterium tumefaciens. Through single and combined deletions, we observed increased H2O2 sensitivity, underscoring their function in oxidative defense. Genome-wide transcriptome profiling under H2O2 exposure revealed that OxyR and LsrB co-regulate key antioxidant genes, including katG, encoding a bifunctional catalase/peroxidase. Agrobacterium tumefaciens LsrB possesses four cysteine residues potentially involved in redox sensing. To elucidate the structural basis for redox-sensing, we applied single-particle cryo-EM (cryogenic electron microscopy) to experimentally confirm an AlphaFold model of LsrB, identifying two proximal cysteine pairs. In vitro thiol-trapping coupled with mass spectrometry confirmed reversible thiol modifications of all four residues, suggesting a functional role in redox regulation. Collectively, these findings reveal that A. tumefaciens employs two cysteine-based redox sensing transcription factors, OxyR and LsrB, to withstand oxidative stress encountered in host and soil environments.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:40193708 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 Å
構造データ

52168

9hh1

EMDB-52168, PDB-9hh1:
LysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumefaciens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

由来
  • Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
  • agrobacterium fabrum str. c58 (バクテリア)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LysR-type trancriptional regulator / DNA-Binding / Agrobacterium / transcription factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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