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- EMDB-51952: Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51952
タイトルPoliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: water
キーワードCapsid protein / virus-like particle / vaccine / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bahar MW / Sherry L / Stonehouse NJ / Rowlands DJ / Fry EE / Stuart DI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2025
タイトル: Production of an immunogenic trivalent poliovirus virus-like particle vaccine candidate in yeast using controlled fermentation.
著者: Lee Sherry / Keith Grehan / Mohammad W Bahar / Jessica J Swanson / Helen Fox / Sue Matthews / Sarah Carlyle / Ling Qin / Claudine Porta / Steven Wilkinson / Suzanne Robb / Naomi Clark / John ...著者: Lee Sherry / Keith Grehan / Mohammad W Bahar / Jessica J Swanson / Helen Fox / Sue Matthews / Sarah Carlyle / Ling Qin / Claudine Porta / Steven Wilkinson / Suzanne Robb / Naomi Clark / John Liddell / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Andrew J Macadam / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse /
要旨: The success of the poliovirus (PV) vaccines has enabled the near-eradication of wild PV, however, their continued use post-eradication poses concerns, due to the potential for virus escape during ...The success of the poliovirus (PV) vaccines has enabled the near-eradication of wild PV, however, their continued use post-eradication poses concerns, due to the potential for virus escape during vaccine manufacture. Recombinant virus-like particles (VLPs) that lack the viral genome remove this risk. Here, we demonstrate the production of PV VLPs for all three serotypes by controlled fermentation using Pichia pastoris. We determined the cryo-EM structure of a new PV2 mutant, termed SC5a, in comparison to PV2-SC6b VLPs described previously and investigated the immunogenicity of PV2-SC5a VLPs. Finally, a trivalent immunogenicity trial using bioreactor-derived VLPs of all three serotypes in the presence of Alhydrogel adjuvant, showed that these VLPs outperform the current IPV vaccine in the standard vaccine potency assay, offering the potential for dose-sparing. Overall, these results provide further evidence that yeast-produced VLPs have the potential to be a next-generation polio vaccine in a post-eradication world.
履歴
登録2024年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51952.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 576 pix.
= 478.08 Å		0.83 Å/pix.
x 576 pix.
= 478.08 Å		0.83 Å/pix.
x 576 pix.
= 478.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.5251106 - 2.6470897
平均 (標準偏差)0.008687618 (±0.13293183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 478.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51952_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51952_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Poliovirus 2

全体名称: Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Poliovirus 2

超分子名称: Poliovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of poliovirus type 2 (MEF-1 strain).
NCBI-ID: 12083 / 生物種: Poliovirus 2 / Sci species strain: MEF-1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.81 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 33.073246 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GLGDLIEGVV EGVTRNALTP LTPANNLPDT QSSGPAHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVIQKR TRSESTVESF FARGACVAI IEVDNDAPTK RASKLFSVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT SNYTDANNGH ALNQVYQIMF I PPGAPIPG ...文字列:
GLGDLIEGVV EGVTRNALTP LTPANNLPDT QSSGPAHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVIQKR TRSESTVESF FARGACVAI IEVDNDAPTK RASKLFSVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT SNYTDANNGH ALNQVYQIMF I PPGAPIPG KWNDYTWQTS SNPSVFYTYG APPARISVPY VGIANAYSHF YDGFAKVPLA GQASTEGDSL YGAASLNDFG SL AVRVVND HNPTKLTSKI RVYMKPKHVR VWCPRPPRAV PYYGPGVDYK DGLAPLPEKG LTTY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP0

分子名称: Capsid protein VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 37.456855 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFAQDP SKFTEPIKDV LIKTAPTLNS PNIEACGYSD RVMQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YIKDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVT WRKESRGWWW KLPDALKDMG L FGQNMFYH ...文字列:
MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFAQDP SKFTEPIKDV LIKTAPTLNS PNIEACGYSD RVMQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YIKDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVT WRKESRGWWW KLPDALKDMG L FGQNMFYH YLGRAGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSTTH MFTKYENANP GEKGGEFKGS FTLDTNATNP AR NFCPVDY LFGSGVLAGN AFVYPHQIIN LRTNNCATLV LPYVNSLSID SMTKHNNWGI AILPLAPLDF ATESSTEIPI TLT IAPMCC EFNGLRNITV PRTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 26.49134 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GLPVLNTPGS NQYLTADNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV RNMMELAEID TMIPLNLTNQ RKNTMDMYRV ELNDAAHSDT PILCFSLSP ASDPRLAHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA EAPKSRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVLNTPGS NQYLTADNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV RNMMELAEID TMIPLNLTNQ RKNTMDMYRV ELNDAAHSDT PILCFSLSP ASDPRLAHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA EAPKSRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV PWISNTTYRL TINDSFTEGG YISMFYQTRV VVPLSTPRKM DILGFVSACN DFSVRLLRDT THISQEAMPQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 194 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素:
濃度名称
1.0 xDPBS
20.0 mMEDTA
/ 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3ul of sample double blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV..
詳細Sample purified by sucrose density gradient ultracentrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1862 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 47.5 e/Å2
詳細: Pixel sampling was 0.831 A/pixel. Super-resolution collection mode was used 0.415 A/pixel. Energy filter was Gatan GIF Quantum.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 243874
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Startup model was generated using CryoSPARC ab initio modelling.
詳細: Five independent models generated with icosahedral symmetry imposed.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Homogeneous reconstruction
詳細: Icosahedral symmetry applied to final reconstruction. Final maps were post-processed with an inverse B-factor of -94.4 Angstrom squared.
使用した粒子像数: 147409
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: ab initio reconstruction
詳細: CryoSPARC ab intio reconstruction uses stochastic gradient descent.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Homogeneous reconstruction
詳細: Final angle assignment was performed using homogeneous reconstruction procedure in CryoSPARC, which uses branch-and-bound maximum likelihood.
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 49137 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous refinement
詳細: Final classification performed using heterogeneous refinement job in CryoSPARC. Total 147411 particles used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1eah


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9h94:
Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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