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- EMDB-51946: Cryo-EM structure of the Vibrio natrigens 30S ribosomal subunit i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51946
タイトルCryo-EM structure of the Vibrio natrigens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin.
マップデータpost processed masked map
試料
  • 複合体: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードVibrio natriegens / Ribosome / Bac5 / Bactenecin 5 / 50S / V. natriegens
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio natriegens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Raulf KF / Koller TO / Beckert B / Morici M / Lepak A / Bange G / Wilson DN
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentDLR01Kl1820
German Research Foundation (DFG)SPP1879 (DFG WI3285/5-2) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17).
著者: Karoline Raulf / Timm O Koller / Bertrand Beckert / Alexander Lepak / Martino Morici / Mario Mardirossian / Marco Scocchi / Gert Bange / Daniel N Wilson /
要旨: Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been ...Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been shown to help fight bacterial infection by binding to the bacterial ribosome and inhibiting protein synthesis. In the absence of Bac5-ribosome structures, the binding mode of Bac5 and exact mechanism of action has remained unclear. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of Bac5 in complex with the 70S ribosome from the Gram-negative marine bacterium Vibrio natriegens. The structure shows that, despite sequence similarity to Bac7 and other type I PrAMPs, Bac5 displays a completely distinct mode of interaction with the ribosomal exit tunnel. Bac5 overlaps with the binding site of both A- and P-site transfer RNAs bound at the peptidyltransferase center, suggesting that this type I PrAMP can interfere with late stages of translation initiation as well as early stages of elongation. Collectively, our study presents a ribosome structure from V. natriegens, a fast-growing bacterium that has interesting biotechnological and synthetic biology applications, as well as providing additional insights into the diverse binding modes that type I PrAMPs can utilize to inhibit protein synthesis.
履歴
登録2024年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_51946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 441.376 Å
α=β=γ: 90.0 °

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in compl...

全体名称: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin
要素
  • 複合体: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
  • リガンド: SPECTINOMYCIN
  • リガンド: water

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超分子 #1: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in compl...

超分子名称: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)

+
分子 #1: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 8.512055 KDa
配列文字列:
MPVVKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGILS EVRRREHYEK PTTVRKRAKA AAQKRHAKKL ARENARRVRL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 25.598854 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNA TWFANTKDFA DNLDGDFKVR QFLTGELKKA SLSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGVVIGKK GEDVEKLRA AVAKIAGVPA QINIAEVRKP ELDAQLVGDS IASQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARSEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNA TWFANTKDFA DNLDGDFKVR QFLTGELKKA SLSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGVVIGKK GEDVEKLRA AVAKIAGVPA QINIAEVRKP ELDAQLVGDS IASQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARSEWY REGRVPLHTL RADIDYATSS AHTQYGVIGI KTWIFKGEIL GGMPAANAVE PKGDKPKKQR KGRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 17.765768 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFKS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE KIVYTALDAM AEKSGKDHLA IFEEALENVR PAVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWLVEAAR KRGEKSMAQR LAAEMLDASE NKGTAVKKRE DVHRMADANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 10.084664 KDa
配列文字列:
MSLNAETKAA IVAEYAQSEG DTGSPEVQVA LLTASINHLQ GHFKAHKGDH HSRRGLLRMV SRRRKLLDYL KGKNLARYQD LIKRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 14.027628 KDa
配列文字列:
MSMQDPISDM LTRVRNGQAA NKVAVKMPSS KLKVAIAALL KAEGYIVDFA VEGEAKPELE VTLKYFQAKP VIEQLKRVSR PGLRVYKKK DQLPSVMGGL GIAIVSTSKG LMSDRAARKA GLGGEIICYV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 14.994074 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVAG MIERYTGSIT EAGGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEADQAV IDELETAFRF NDAVLRNMV MRTKAAITEQ SIMLKQKEER APRREERSEA KPEAKSEAAE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 17.609348 KDa
配列文字列:
MAKEQQVQAN DLQEKLIAVN RVSKTVKGGR IMSFTALTVV GDGNGRVGFG YGKAREVPAA IQKAMEKARR NMTTIALNEG TLHHPVKGR HSGSKVYMQP AAEGTGVIAG GAMRAVLEVA GVHNVLSKAY GSTNPINIVR ATIDALGSMK SPEMVAAKRG L TVESISE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 23.392094 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIDNAPGV HGARRGRLSE YGVQLREKQK VRRMYGVLEK QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLQLLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAILVNGKV VNVPSFKVAA NDVVSIREKA KQQSRIKAAL E VAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIDNAPGV HGARRGRLSE YGVQLREKQK VRRMYGVLEK QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLQLLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAILVNGKV VNVPSFKVAA NDVVSIREKA KQQSRIKAAL E VAEQREKP TWIEVDGGKM EGTFKRMPER SDLSADINEQ LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 14.638934 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGSGNIVV NKRNLDEYFG RPTARMVVQQ PLELVELTDK LDLYVTVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRPALR AAGYVTRDAR CVERKKVGLR KARRRPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 9.590353 KDa
配列文字列:
MANSKSAKKR AIQAEKRRQH NASRRSMMRT YMKKTVAAIE AGDKEAATAA FAVVTPILDR MATKGLIHKN KAARHKSRFT AQIKAL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 8.861315 KDa
配列文字列:
MARFFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDVATLK NYITEAGKIV PSRITGTSAK YQRQLARAIK RSRYLALLPY TDKHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 9.605193 KDa
配列文字列:
MSEVKRTQQG RVVSDKMDKS ITVAIERFVK HPIYGKYVKR TTKVHAHDEN NECGLGDTVE IAECRPLSKT KSWTLVKVLE KAKI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 9.080427 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQIV VADSRNAATG RFIEKVGFFN PTAKGQEEGL RLDLDRVNHW VGQGASVSDR VAKLVKDAQK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 13.738043 KDa
配列文字列:
MATINQLVRK PRAKQVVKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCAGVND RKQGRSKYGV KRPKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 13.916035 KDa
配列文字列:
MAKQPTRARK RVRKQVADGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALAWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC AEMAKEYGLK NLEVMVKGP GPGRESTVRA LNAAGFRITN IVDATPIPHN GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 11.481414 KDa
配列文字列:
MAKNSMKARE AKRAKLVAKF AEKRSALKAI ISDVNASEED RWNAVLKLQS LPRDSSASRQ RNRCNQTGRP HGYLRKFGLS RIKVREACM KGEIPGLRKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 11.741673 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDYKLIDA STAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKK ARDQYEIRTH KRLIDIVEPT DKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #10: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
分子量理論値: 500.566594 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAGCGGA AACGAGUUAU CUGAACCUU CGGGGAACGA UAACGGCGUC GAGCGGCGGA CGGGUGAGUA AUGCCUAGGA AAUUGCCCUG AUGUGGGGGA U AACCAUUG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAGCGGA AACGAGUUAU CUGAACCUU CGGGGAACGA UAACGGCGUC GAGCGGCGGA CGGGUGAGUA AUGCCUAGGA AAUUGCCCUG AUGUGGGGGA U AACCAUUG GAAACGAUGG CUAAUACCGC AUGAUGCCUA CGGGCCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU CGCGUCAGGA UA UGCCUAG GUGGGAUUAG CUAGUUGGUG AGGUAAGGGC UCACCAAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAU CAG CCACAC UGGAACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAU GCAGC CAUGCCGCGU GUGUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGCA CUUUCAGUCG UGAGGAAGGU AGUGUAGUUA AUAGC UGCA UUAUUUGACG UUAGCGACAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGGAGGGUG CGAGCG UUA AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCAUGCA GGUGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAGCCC GGGGCUCAAC CUCGGAA UA GCAUUUGAAA CUGGCAGACU AGAGUACUGU AGAGGGGGGU AGAAUUUCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUG A AGGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACAGAUACU GACACUCAGA UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCUACUUGG AGGUUGUGGC CUUGAGCCGU GGCUUUCGGA GCUAACGCGU UAAGUAGAC CGCCUGGGGA GUACGGUCGC AAGAUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA U GUGGUUUA AUUCGAUGCA ACGCGAAGAA CCUUACCUAC UCUUGACAUC CAGAGAACUU UUCAGAGAUG AAUUGGUGCC UU CGGGAAC UCUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCA ACCCUU AUCCUUGUUU GCCAGCGAGU AAUGUCGGGA ACUCCAGGGA GACUGCCGGU GAUAAACCGG AGGAAGGUGG GGAU GACGU CAAGUCAUCA UGGCCCUUAC GAGUAGGGCU ACACACGUGC UACAAUGGCG CAUACAGAGG GCGGCCAACU UGCGA AAGU GAGCGAAUCC CAAAAAGUGC GUCGUAGUCC GGAUUGGAGU CUGCAACUCG ACUCCAUGAA GUCGGAAUCG CUAGUA AUC GUGGAUCAGA AUGCCACGGU GAAUACGUUC CCGGGCCUUG UACACACCGC CCGUCACACC AUGGGAGUGG GCUGCAA AA GAAGUAGGUA GUUUAACCUU CGGGGGGACG CUUACCACUU UGUGGUUCAU GACUGGGGUG AAGUCGUAAC AAGGUAGC G CUAGGGGAAC CUGGCGCUGG AUC

+
分子 #19: SPECTINOMYCIN

分子名称: SPECTINOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: SCM
分子量理論値: 332.35 Da
Chemical component information

ChemComp-SCM:
SPECTINOMYCIN / スペクチノマイシン / 抗生剤*YM

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
9.0 mMMagnesium acetate
5.0 mMPotassium phosphate
95.0 mMPotassium glutamate
5.0 mMAmmonium chloride
0.5 mMCalcium chloride
1.0 mMSpermidine
8.0 mMPutrescine
1.0 mMDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K
詳細8 OD/ml ribosome concentration

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7k00

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 294068
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9h90:
Cryo-EM structure of the Vibrio natrigens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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