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- EMDB-51912: Bacterial LAT transporter BASC in complex with L-Ala and NB53 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51912
タイトルBacterial LAT transporter BASC in complex with L-Ala and NB53
マップデータ
試料
  • 複合体: BASC-NB53 complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative amino acid/polyamine transport protein
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody NB53
  • リガンド: ALANINE
キーワードTransporter / nanobody / aminoacid transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / membrane / Putative amino acid/polyamine transport protein
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium sp. (バクテリア) / Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fort J / Palacin M
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021- 122802OB-I00 スペイン
Generalitat de Catalunya2021 SGR 01281 スペイン
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2025
タイトル: The conserved lysine residue in transmembrane helix 5 is pivotal for the cytoplasmic gating of the L-amino acid transporters.
著者: Joana Fort / Adrià Nicolàs-Aragó / Luca Maggi / Maria Martinez-Molledo / Despoina Kapiki / Paula González-Novoa / Patricia Gómez-Gejo / Niels Zijlstra / Susanna Bodoy / Els Pardon / Jan ...著者: Joana Fort / Adrià Nicolàs-Aragó / Luca Maggi / Maria Martinez-Molledo / Despoina Kapiki / Paula González-Novoa / Patricia Gómez-Gejo / Niels Zijlstra / Susanna Bodoy / Els Pardon / Jan Steyaert / Oscar Llorca / Modesto Orozco / Thorben Cordes / Manuel Palacín /
要旨: L-Amino acid transporters (LATs) play a key role in a wide range of physiological processes. Defects in LATs can lead to neurological disorders and aminoacidurias, while the overexpression of these ...L-Amino acid transporters (LATs) play a key role in a wide range of physiological processes. Defects in LATs can lead to neurological disorders and aminoacidurias, while the overexpression of these transporters is related to cancer. BasC is a bacterial LAT transporter with an APC fold. In this study, to monitor the cytoplasmic motion of BasC, we developed a single-molecule Förster resonance energy transfer assay that can characterize the conformational states of the intracellular gate in solution at room temperature. Based on combined biochemical and biophysical data and molecular dynamics simulations, we propose a model in which the conserved lysine residue in TM5 supports TM1a to explore both open and closed states within the cytoplasmic gate under apo conditions. This equilibrium can be altered by substrates, mutation of conserved lysine 154 in TM5, or a transport-blocking nanobody interacting with TM1a. Overall, these findings provide insights into the transport mechanism of BasC and highlight the significance of the lysine residue in TM5 in the cytoplasmic gating of LATs.
履歴
登録2024年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 261.12 Å		0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 261.12 Å		0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 261.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.046697933 - 0.10788762
平均 (標準偏差)0.000039861967 (±0.0018824129)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 261.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51912_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51912_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BASC-NB53 complex

全体名称: BASC-NB53 complex
要素
  • 複合体: BASC-NB53 complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative amino acid/polyamine transport protein
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody NB53
  • リガンド: ALANINE

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超分子 #1: BASC-NB53 complex

超分子名称: BASC-NB53 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Carnobacterium sp. (バクテリア)
分子量理論値: 45 kDa/nm

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分子 #1: Putative amino acid/polyamine transport protein

分子名称: Putative amino acid/polyamine transport protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア)
分子量理論値: 46.696609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKEVSGITAL TVVVGTVIGA GIFFKPTAVY GAAGAPGLGL LAWFVAGIIT IAGGLTVAEI GTIYPQTGGM MIYLEKVYGR WLGFLVGWA QMVIYYPANI AALAIIFATQ FVNLFALSDS TIVPTAILTS IFLMGVNFLG TKYSGWIQTL ATILKLIPLV V IIVAGLLY ...文字列:
MKEVSGITAL TVVVGTVIGA GIFFKPTAVY GAAGAPGLGL LAWFVAGIIT IAGGLTVAEI GTIYPQTGGM MIYLEKVYGR WLGFLVGWA QMVIYYPANI AALAIIFATQ FVNLFALSDS TIVPTAILTS IFLMGVNFLG TKYSGWIQTL ATILKLIPLV V IIVAGLLY PGGGVIRLVP FSVETHPVLT SFGSALIATL FAYDGWINVG TLAGEMKNPG KMLPKVIIGG LSIVMAVYLL TN IAYLFVL DSSQLAGTDT PAALVASHLF EGIGSKLVTI GILISVFGGI NGYIISGLRV PYALATQKML PFSDWFARIN PKT NLPING GLVMLGIAIV MILTGQFNQL TDLIVFVIWF FITLTFIAVI ILRKTQPDIE RPYRVPFYPV IPLIAIIGGL YIIF NTLIV QPKNAFIGIL LTLIGIPIYF YCKKKYGSPE

UniProtKB: Putative amino acid/polyamine transport protein

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分子 #2: Nanobody NB53

分子名称: Nanobody NB53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.257789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLVESG GGLVQAGGSL RLSCAASGIA FSRMSMAWYR QDPGKQRALV ARITNDGSTY YDDSVKGRFT ISRDNAKNTV HLQMNSLKP EDTAVYYCNA QLVAWSENYW GQGTQVTVSS HHHHHHEPEA

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分子 #3: ALANINE

分子名称: ALANINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ALA
分子量理論値: 89.093 Da
Chemical component information

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 38963 / 平均露光時間: 0.022 sec. / 平均電子線量: 1.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細32312 images selected after Ctfs and Motion correct.
粒子像選択選択した数: 2000000
詳細: particle picked using CS template picker with low resolution volume abtained previously
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6f2w

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: NU refinement / 使用した粒子像数: 324910
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: NU-refinement
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 320000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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