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- PDB-9h76: Bacterial LAT transporter BASC in complex with L-Ala and NB53 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h76
タイトルBacterial LAT transporter BASC in complex with L-Ala and NB53
要素
  • Nanobody NB53
  • Putative amino acid/polyamine transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter / nanobody / aminoacid transporter
機能・相同性: / L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / membrane / ALANINE / Putative amino acid/polyamine transport protein
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fort, J. / Palacin, M.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021- 122802OB-I00 スペイン
Generalitat de Catalunya2021 SGR 01281 スペイン
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2025
タイトル: The conserved lysine residue in transmembrane helix 5 is pivotal for the cytoplasmic gating of the L-amino acid transporters.
著者: Joana Fort / Adrià Nicolàs-Aragó / Luca Maggi / Maria Martinez-Molledo / Despoina Kapiki / Paula González-Novoa / Patricia Gómez-Gejo / Niels Zijlstra / Susanna Bodoy / Els Pardon / Jan ...著者: Joana Fort / Adrià Nicolàs-Aragó / Luca Maggi / Maria Martinez-Molledo / Despoina Kapiki / Paula González-Novoa / Patricia Gómez-Gejo / Niels Zijlstra / Susanna Bodoy / Els Pardon / Jan Steyaert / Oscar Llorca / Modesto Orozco / Thorben Cordes / Manuel Palacín /
要旨: L-Amino acid transporters (LATs) play a key role in a wide range of physiological processes. Defects in LATs can lead to neurological disorders and aminoacidurias, while the overexpression of these ...L-Amino acid transporters (LATs) play a key role in a wide range of physiological processes. Defects in LATs can lead to neurological disorders and aminoacidurias, while the overexpression of these transporters is related to cancer. BasC is a bacterial LAT transporter with an APC fold. In this study, to monitor the cytoplasmic motion of BasC, we developed a single-molecule Förster resonance energy transfer assay that can characterize the conformational states of the intracellular gate in solution at room temperature. Based on combined biochemical and biophysical data and molecular dynamics simulations, we propose a model in which the conserved lysine residue in TM5 supports TM1a to explore both open and closed states within the cytoplasmic gate under apo conditions. This equilibrium can be altered by substrates, mutation of conserved lysine 154 in TM5, or a transport-blocking nanobody interacting with TM1a. Overall, these findings provide insights into the transport mechanism of BasC and highlight the significance of the lysine residue in TM5 in the cytoplasmic gating of LATs.
履歴
登録2024年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative amino acid/polyamine transport protein
B: Nanobody NB53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0433
ポリマ－60,9542
非ポリマー891
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Putative amino acid/polyamine transport protein


分子量: 46696.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア)
遺伝子: CAT7_03719 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8UCQ5
#2: 抗体 Nanobody NB53


分子量: 14257.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BASC-NB53 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 45 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Carnobacterium sp. (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pttQ18
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 0.022 sec. / 電子線照射量: 1.04 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 38963

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv4.4.1粒子像選択Template Picker
4cryoSPARCv4.4.1CTF補正Patch Ctf
9cryoSPARCv4.4.1初期オイラー角割当Ab-initio
10cryoSPARCv4.4.1最終オイラー角割当NU-refinement
11cryoSPARCv4.4.1分類3D classification
12cryoSPARCv4.4.1３次元再構成NU refinement
画像処理詳細: 32312 images selected after Ctfs and Motion correct.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2000000
詳細: particle picked using CS template picker with low resolution volume abtained previously
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324910 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0054255
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5925806
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.364592
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042698
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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