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万見
- EMDB-5183: The structure of JC polyomavirus (pH 7.4) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5183
タイトルThe structure of JC polyomavirus (pH 7.4)
マップデータCryo-EM reconstruction of JC polyomavirus (pH 7.4)
試料
  • 試料: JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4)
  • ウイルス: JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
キーワードJC / JCV / polyomavirus
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Shen PS / Enderlein D / Nelson C / Carter WS / Kawano M / Xing L / Swenson RD / Olson NH / Baker TS / Cheng RH ...Shen PS / Enderlein D / Nelson C / Carter WS / Kawano M / Xing L / Swenson RD / Olson NH / Baker TS / Cheng RH / Atwood WJ / Johne R / Belnap DM
引用ジャーナル: Virology / 年: 2011
タイトル: The structure of avian polyomavirus reveals variably sized capsids, non-conserved inter-capsomere interactions, and a possible location of the minor capsid protein VP4.
著者: Peter S Shen / Dirk Enderlein / Christian D S Nelson / Weston S Carter / Masaaki Kawano / Li Xing / Robert D Swenson / Norman H Olson / Timothy S Baker / R Holland Cheng / Walter J Atwood / ...著者: Peter S Shen / Dirk Enderlein / Christian D S Nelson / Weston S Carter / Masaaki Kawano / Li Xing / Robert D Swenson / Norman H Olson / Timothy S Baker / R Holland Cheng / Walter J Atwood / Reimar Johne / David M Belnap /
要旨: Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and ...Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and compared it to that of mammalian polyomaviruses, particularly JC polyomavirus and simian virus 40. The structure of the pentameric major capsid protein (VP1) is mostly conserved; however, APV VP1 has a unique, truncated C-terminus that eliminates an intercapsomere-connecting β-hairpin observed in other polyomaviruses. We postulate that the terminal β-hairpin locks other polyomavirus capsids in a stable conformation and that absence of the hairpin leads to the observed capsid size variation in APV. Plug-like density features were observed at the base of the VP1 pentamers, consistent with the known location of minor capsid proteins VP2 and VP3. However, the plug density is more prominent in APV and may include VP4, a minor capsid protein unique to bird polyomaviruses.
履歴
登録2010年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月8日-
マップ公開2011年1月19日-
更新2011年9月23日-
現状2011年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 43
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 43
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5183_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of JC polyomavirus (pH 7.4)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 367 pix.
= 597.78 Å		1.62 Å/pix.
x 367 pix.
= 597.78 Å		1.62 Å/pix.
x 367 pix.
= 597.78 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 43.0 / ムービー #1: 43
最小 - 最大-72.718800000000002 - 139.521999999999991
平均 (標準偏差)10.425000000000001 (±32.636600000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-183-183-183
サイズ367367367
Spacing367367367
セルA=B=C: 597.78 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z369369369
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z597.780597.780597.780
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-183-183-183
NC/NR/NS367367367
D min/max/mean-72.719139.52210.425

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4)

全体名称: JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4)
要素
  • 試料: JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4)
  • ウイルス: JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

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超分子 #1000: JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4)

超分子名称: JC polyomavirus in buffer A (pH 7.4) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: virions / Number unique components: 1

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超分子 #1: JC polyomavirus

超分子名称: JC polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: JCV / 詳細: Cryo-EM of JC polyomavirus over holey carbon grids / NCBI-ID: 10632 / 生物種: JC polyomavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: JCV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 5000 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.01 mM CaCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper grid (holey carbon)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. vitrification carried out in nitrogen atmosphere
手法: 3 second blot before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 88 K / 最高: 95 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2007年4月23日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 50 / 詳細: Micrographs digitized in positive contrast mode. / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2 and EM3DR2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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