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万見
- EMDB-5179: The Interaction of Decay-accelerating Factor with Echovirus 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5179
タイトルThe Interaction of Decay-accelerating Factor with Echovirus 7
マップデータCryoEM reconstruction of human echovirus in complex with its cellular receptor DAF. (The map has positive values in regions of protein and nucleic acid density.)
試料
  • 試料: Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)
  • ウイルス: Human echovirus 7 (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Decay Accelerating Factor
キーワードVIRUS / RECEPTOR / COMPLEX / ECHOVIRUS / DAF / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane / side of membrane / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / virus receptor activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA replication / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / Golgi membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain ...Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement decay-accelerating factor / Genome polyprotein / Capsid protein VP0 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human echovirus 7 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者PLEVKA P / HAFENSTEIN S / ZHANG Y / HARRIS KG / CIEFUENTE JO / BOWMAN VD / CHIPMAN PR / LIN F / MEDOF DE / BATOR CM / ROSSMANN MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Interaction of decay-accelerating factor with echovirus 7.
著者: Pavel Plevka / Susan Hafenstein / Katherine G Harris / Javier O Cifuente / Ying Zhang / Valorie D Bowman / Paul R Chipman / Carol M Bator / Feng Lin / M Edward Medof / Michael G Rossmann /
要旨: Echovirus 7 (EV7) belongs to the Enterovirus genus within the family Picornaviridae. Many picornaviruses use IgG-like receptors that bind in the viral canyon and are required to initiate viral ...Echovirus 7 (EV7) belongs to the Enterovirus genus within the family Picornaviridae. Many picornaviruses use IgG-like receptors that bind in the viral canyon and are required to initiate viral uncoating during infection. However, in addition, some of the enteroviruses use an alternative or additional receptor that binds outside the canyon. Decay-accelerating factor (DAF) has been identified as a cellular receptor for EV7. The crystal structure of EV7 has been determined to 3.1-Å resolution and used to interpret the 7.2-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of EV7 complexed with DAF. Each DAF binding site on EV7 is near a 2-fold icosahedral symmetry axis, which differs from the binding site of DAF on the surface of coxsackievirus B3, indicating that there are independent evolutionary processes by which DAF was selected as a picornavirus accessory receptor. This suggests that there is an advantage for these viruses to recognize DAF during the initial process of infection.
履歴
登録2010年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月17日-
マップ公開2010年11月17日-
更新2011年9月23日-
現状2011年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iyp
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iyp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5179_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM reconstruction of human echovirus in complex with its cellular receptor DAF. (The map has positive values in regions of protein and nucleic acid density.)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.65 Å/pix.
x 173 pix.
= 458.45 Å		2.65 Å/pix.
x 173 pix.
= 458.45 Å		2.65 Å/pix.
x 173 pix.
= 458.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-2.92487 - 22.099
平均 (標準偏差)1.55084 (±4.00767)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-86-86-86
サイズ173173173
Spacing173173173
セルA=B=C: 458.45 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.652.652.65
M x/y/z173173173
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.450458.450458.450
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-86-86-86
NC/NR/NS173173173
D min/max/mean-2.92522.0991.551

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)

全体名称: Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)
要素
  • 試料: Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)
  • ウイルス: Human echovirus 7 (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Decay Accelerating Factor

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超分子 #1000: Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)

超分子名称: Human Echovirus 7 in complex with Decay-accelerating Factor (DAF)
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one DAF molecule binds to one asymmetric unit of EV7
Number unique components: 2
分子量理論値: 6.8 MDa

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超分子 #1: Human echovirus 7

超分子名称: Human echovirus 7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: human echovirus 7 / NCBI-ID: 46018 / 生物種: Human echovirus 7 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: human echovirus 7
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 5.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 320 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Decay Accelerating Factor

分子名称: Decay Accelerating Factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DAF / コピー数: 60 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 26 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換プラスミド: pPICZaA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M NaCl, 20mM Tris
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 113 K / 装置: OTHER
Timed resolved state: Vitrified 1 hour after mixing DAF with EV7
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 100 K
詳細Micrographs were digitized with a Zeiss PHODIS microdensitometer at 7-micron intervals.
日付2000年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 81 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: The scans were averaged in boxes of 2x2 pixels.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.67 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.12 µm
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.
試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 11430

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2x5i

詳細EV7 capsid protein coordinates were positioned into the cryoEM reconstruction by superimposing icosahedral symmetry elements.
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3iyp:
The Interaction of Decay-accelerating Factor with Echovirus 7

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ojy


Chain - Chain ID: a
ソフトウェア名称: EMfit
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Rcrit
得られたモデル

PDB-3iyp:
The Interaction of Decay-accelerating Factor with Echovirus 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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